More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2452 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2452  short chain dehydrogenase  100 
 
 
250 aa  491  9.999999999999999e-139  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13470  short chain dehydrogenase  62.25 
 
 
251 aa  322  4e-87  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0117  short chain dehydrogenase  60.32 
 
 
250 aa  305  4.0000000000000004e-82  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2218  short chain dehydrogenase  53.04 
 
 
249 aa  287  1e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0885  short chain dehydrogenase  53.6 
 
 
250 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0632  short chain dehydrogenase  53.04 
 
 
249 aa  282  3.0000000000000004e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1188  short chain dehydrogenase  54.44 
 
 
291 aa  276  3e-73  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0152839  normal  0.145128 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1201  short chain dehydrogenase  54.44 
 
 
289 aa  274  8e-73  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0718298  normal  0.0224844 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10962  short chain dehydrogenase  56.07 
 
 
253 aa  271  7e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.247015 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4881  short chain dehydrogenase  54.81 
 
 
249 aa  271  9e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.968651 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4715  short chain dehydrogenase  55.65 
 
 
249 aa  270  1e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4421  short chain dehydrogenase  55.65 
 
 
249 aa  270  2e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.794825 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4335  short chain dehydrogenase  55.65 
 
 
249 aa  270  2e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0693718  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1853  short chain dehydrogenase  55.23 
 
 
249 aa  269  4e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.787999  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0469  short chain dehydrogenase  53.33 
 
 
292 aa  267  1e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56.07 
 
 
247 aa  255  4e-67  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.425796  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.1 
 
 
245 aa  233  3e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.53 
 
 
260 aa  205  5e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01994  short chain dehydrogenase  60.77 
 
 
130 aa  170  2e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000000979327  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.54 
 
 
242 aa  135  4e-31  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0352  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 
259 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0470  short chain dehydrogenase  38.02 
 
 
259 aa  129  3e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.382263 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  39.18 
 
 
259 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0185  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0087  short chain dehydrogenase  36.99 
 
 
259 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0589  short chain dehydrogenase  36.99 
 
 
259 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3096  short chain dehydrogenase  36.99 
 
 
259 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0407  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
259 aa  124  1e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.317505  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2000  short chain dehydrogenase  36.99 
 
 
259 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2288  short chain dehydrogenase  36.99 
 
 
259 aa  124  1e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  37.5 
 
 
261 aa  124  2e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0427  short chain dehydrogenase  36.59 
 
 
259 aa  122  4e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.71 
 
 
249 aa  121  9.999999999999999e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 
256 aa  119  4.9999999999999996e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6265  short chain dehydrogenase  39.39 
 
 
257 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0471  short chain dehydrogenase  36.98 
 
 
258 aa  117  1.9999999999999998e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2937  short chain dehydrogenase  40.4 
 
 
257 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2308  short chain dehydrogenase  40.4 
 
 
257 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2922  short chain dehydrogenase  40.4 
 
 
257 aa  116  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2834  short chain dehydrogenase  40.4 
 
 
257 aa  115  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.499263 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2971  short chain dehydrogenase  40.4 
 
 
257 aa  115  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5291  short chain dehydrogenase  36.15 
 
 
260 aa  114  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.37 
 
 
257 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0119499 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3806  short chain dehydrogenase  37.65 
 
 
260 aa  113  3e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1696  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.46 
 
 
258 aa  113  3e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.817291  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0205  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.47 
 
 
257 aa  112  5e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.76225  normal  0.242071 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0130  short chain dehydrogenase  36.55 
 
 
265 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727225  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0382  short chain dehydrogenase  40.91 
 
 
257 aa  110  1.0000000000000001e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.314117 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0171  short chain dehydrogenase  34.14 
 
 
246 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.808724 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2534  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 
247 aa  110  2.0000000000000002e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  34.29 
 
 
270 aa  110  3e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3938  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.2 
 
 
262 aa  110  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0449  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.18 
 
 
257 aa  109  5e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.237578  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  34.29 
 
 
270 aa  108  7.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4222  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.23 
 
 
242 aa  107  1e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.186526  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1650  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.7 
 
 
254 aa  107  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.206138  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3908  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.48 
 
 
272 aa  107  2e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.106718  normal  0.186536 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2676  short chain dehydrogenase  33.47 
 
 
264 aa  106  4e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.989358 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.71 
 
 
261 aa  105  5e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08440  putative short chain alcohol dehydrogenase  34.38 
 
 
266 aa  105  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000229698 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0159  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
249 aa  106  5e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.410897  normal  0.168063 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0044  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.13 
 
 
264 aa  105  6e-22  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  35.22 
 
 
260 aa  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0799  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  34.38 
 
 
266 aa  103  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3063  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.4 
 
 
248 aa  103  2e-21  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.172179  normal  0.840489 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.76 
 
 
238 aa  103  3e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000136725 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0099  short chain dehydrogenase  35.46 
 
 
265 aa  102  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.3 
 
 
267 aa  102  5e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0396452 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2573  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.38 
 
 
246 aa  102  9e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0338  hypothetical protein  35.26 
 
 
257 aa  101  1e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1841  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  35.94 
 
 
250 aa  101  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00165114  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.17 
 
 
249 aa  101  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0016  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.25 
 
 
260 aa  101  1e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0362  hypothetical protein  35.26 
 
 
257 aa  100  2e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1337  3-ketoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.39 
 
 
238 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.541378  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1976  3-hydroxy acid dehydrogenase  36.96 
 
 
249 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1864  3-hydroxy acid dehydrogenase  36.96 
 
 
249 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.612513  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  31.84 
 
 
344 aa  100  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0977  NADP-dependent l-serine/l-allo-threonine dehydrogenase ydfg  35.08 
 
 
248 aa  100  2e-20  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.616956  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0142  short chain dehydrogenase  35.92 
 
 
266 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.92 
 
 
255 aa  100  3e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01927  putative oxidoreductase  35.98 
 
 
252 aa  100  3e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.160278  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0138  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.69 
 
 
273 aa  100  3e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1376  NADP-dependent l-serine/l-allo-threonine dehydrogenase ydfg  31.94 
 
 
250 aa  99.4  4e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1352  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.81 
 
 
272 aa  99.4  5e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.15703  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4572  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.7 
 
 
258 aa  99.4  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10628  short chain dehydrogenase  31.55 
 
 
239 aa  99.4  5e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.10817  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0427  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.52 
 
 
256 aa  99  7e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2713  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.67 
 
 
266 aa  99  7e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3113  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
262 aa  98.6  9e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.999856 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_80053  NADP(+)-dependent dehydrogenase acts on serine, L-allo-threonine, and other 3-hydroxy acids  32.29 
 
 
269 aa  98.6  9e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2812  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.51 
 
 
257 aa  98.6  9e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.197802 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.63 
 
 
233 aa  98.2  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000223483  normal  0.996665 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0134  short chain dehydrogenase  35.92 
 
 
266 aa  98.2  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0729  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.03 
 
 
259 aa  98.2  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.503076  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0107  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.03 
 
 
271 aa  97.8  2e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0122  oxidoreductase  34.03 
 
 
253 aa  97.4  2e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.49595  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1414  short chain dehydrogenase  39.68 
 
 
270 aa  97.8  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0185  short chain dehydrogenase  35.68 
 
 
267 aa  97.4  2e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  32.39 
 
 
258 aa  97.4  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>