More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_2207 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_2207  aminotransferase, class V  100 
 
 
381 aa  753    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1341  aminotransferase class V  52 
 
 
377 aa  388  1e-106  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.365478 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3040  aminotransferase, class V  46.46 
 
 
381 aa  333  4e-90  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.130075  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0554  aminotransferase, class V  46.02 
 
 
355 aa  312  7.999999999999999e-84  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.721131  hitchhiker  0.00373299 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02090  hypothetical protein  37.3 
 
 
380 aa  284  2.0000000000000002e-75  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.468544  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2438  aminotransferase class V  36.92 
 
 
398 aa  255  9e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.359117 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5353  aminotransferase class V  42.06 
 
 
380 aa  246  6.999999999999999e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.11849 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7397  Selenocysteine lyase  39.32 
 
 
382 aa  243  3.9999999999999997e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.354097  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3773  aminotransferase class V  43.39 
 
 
391 aa  241  2e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.460998  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03589  aminotransferase, class V superfamily  35.2 
 
 
393 aa  206  5e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.301675  n/a   
 
 
-
 
NC_011675  PHATRDRAFT_45663  predicted protein  32.53 
 
 
356 aa  154  2e-36  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4343  selenocysteine lyase  35.2 
 
 
384 aa  150  4e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4490  aminotransferase class V  36.24 
 
 
389 aa  149  1.0000000000000001e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0650155 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4498  aminotransferase class V  35.47 
 
 
384 aa  144  2e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4479  aminotransferase class V  35.47 
 
 
384 aa  142  7e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0737  aminotransferase, class V  29.43 
 
 
368 aa  139  6e-32  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2765  aminotransferase class V  32.37 
 
 
379 aa  139  7.999999999999999e-32  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0911  aminotransferase, class V  33.65 
 
 
379 aa  137  4e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1866  aminotransferase class V  30.71 
 
 
387 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.733686  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1720  hypothetical protein  31.17 
 
 
401 aa  129  8.000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0138813  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1413  aminotransferase, class V  29.78 
 
 
381 aa  124  2e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.354567  normal  0.630226 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0034  aminotransferase class V  27.3 
 
 
376 aa  123  4e-27  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.163206  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1656  aminotransferase, class V  25.62 
 
 
377 aa  122  9.999999999999999e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000223228  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1763  class V aminotransferase  25.87 
 
 
381 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1280  hypothetical protein  30.41 
 
 
411 aa  119  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.586224  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1637  aminotransferase, class V  28.8 
 
 
377 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.681858  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0008  aminotransferase, class V  30.6 
 
 
376 aa  116  6.9999999999999995e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0672811  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1250  aminotransferase class V  29.79 
 
 
372 aa  116  7.999999999999999e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0788  aminotransferase class V  27.32 
 
 
367 aa  115  2.0000000000000002e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2373  aminotransferase, class V  27.79 
 
 
378 aa  112  8.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4777  aminotransferase, class V  30.89 
 
 
391 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0469336 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5012  aminotransferase class V  30.51 
 
 
407 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2945  aminotransferase, class V  31.82 
 
 
381 aa  107  3e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.119234  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6148  aminotransferase class V  27.84 
 
 
416 aa  106  7e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.922128  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5082  aminotransferase class V  29.95 
 
 
402 aa  105  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.0000086974  normal  0.0923906 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3088  aminotransferase class V  29.89 
 
 
374 aa  105  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1533  aminotransferase class V  26.75 
 
 
377 aa  103  7e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.172669  normal  0.519626 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15030  cysteine desulfurase protein  31.08 
 
 
377 aa  102  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0484  aminotransferase class V  30.03 
 
 
384 aa  102  1e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4796  aminotransferase class V  32.62 
 
 
362 aa  101  3e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.688685 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3417  kynureninase  29.23 
 
 
371 aa  100  4e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.746937 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1984  aminotransferase class V  31.5 
 
 
345 aa  99.8  8e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.817831  hitchhiker  0.0000368323 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1463  aminotransferase class V  30.7 
 
 
352 aa  97.4  3e-19  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3922  aminotransferase class V  27.7 
 
 
371 aa  96.3  8e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4459  aminotransferase class V  29.91 
 
 
341 aa  96.3  8e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  unclonable  0.0000000253677  hitchhiker  0.00260881 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1071  aminotransferase, class V  28.91 
 
 
382 aa  96.3  9e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5187  class-V aminotransferase  32.15 
 
 
395 aa  95.5  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0167126 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25790  hypothetical protein  28.99 
 
 
377 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.226944 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2385  aminotransferase class V  31.47 
 
 
357 aa  95.5  1e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00212379  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4802  aminotransferase class V  29.94 
 
 
391 aa  94.7  2e-18  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1864  aminotransferase class V  31.28 
 
 
352 aa  94  4e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.126544  normal  0.578311 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1973  aminotransferase class V  29.97 
 
 
388 aa  93.6  5e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.00000551025  unclonable  0.0000000445037 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0665  aminotransferase class V  26.74 
 
 
393 aa  92.8  8e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2203  hypothetical protein  28.72 
 
 
377 aa  92  1e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0407  aminotransferase, class V  27.4 
 
 
373 aa  91.3  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.482772  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4955  aminotransferase class V  26.12 
 
 
387 aa  90.5  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.38029  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2314  cysteine desulfurase SufS subfamily  27.08 
 
 
414 aa  90.1  6e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.828049 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1785  aminotransferase class V  31.79 
 
 
347 aa  89.7  7e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00235645 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8515  aminotransferase class V  29.14 
 
 
401 aa  89.7  8e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.372361  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0295  aminotransferase, class V  28.52 
 
 
373 aa  89  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000286273 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2304  aminotransferase class V  26.86 
 
 
379 aa  88.2  2e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  hitchhiker  0.00866664  normal  0.420378 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0690  cysteine desulfurase  24.58 
 
 
405 aa  88.6  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.144442  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3724  aminotransferase, class V  26.65 
 
 
374 aa  87.8  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00735712 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0295  aminotransferase, class V  26.37 
 
 
374 aa  86.7  6e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00361608 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0309  aminotransferase class V  29.18 
 
 
373 aa  86.7  7e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3072  aminotransferase class V  29.63 
 
 
357 aa  86.7  7e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.237704  decreased coverage  0.0000000313902 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0698  aminotransferase, class V  29.66 
 
 
347 aa  86.3  8e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0712  aminotransferase, class V  29.66 
 
 
347 aa  86.3  8e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0520963 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2612  aminotransferase class V  31.07 
 
 
399 aa  86.3  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4543  aminotransferase class V  22.57 
 
 
391 aa  85.9  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.119486 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3723  aminotransferase class V  27.2 
 
 
372 aa  85.5  0.000000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.15701  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17260  selenocysteine lyase  28.49 
 
 
413 aa  85.9  0.000000000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.118877  normal  0.0290981 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1377  aminotransferase, class V  25.44 
 
 
390 aa  85.5  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.446242 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0304  aminotransferase class V  28.83 
 
 
373 aa  85.5  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0028  hypothetical protein  29.06 
 
 
368 aa  85.1  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0300  aminotransferase class V  28.83 
 
 
373 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2329  SufS subfamily cysteine desulfurase  24.92 
 
 
409 aa  85.1  0.000000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0305  aminotransferase class V  28.83 
 
 
373 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1811  aminotransferase class V  24.1 
 
 
395 aa  84.3  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0747034  hitchhiker  0.00000000219699 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002694  cysteine desulfurase  27.87 
 
 
403 aa  84  0.000000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4866  aminotransferase, class V  22.08 
 
 
401 aa  83.2  0.000000000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.403598  unclonable  0.000000172014 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5365  aminotransferase class V  25.73 
 
 
379 aa  83.2  0.000000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.262525  normal  0.71759 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1785  aminotransferase class V  26.84 
 
 
394 aa  82  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.895354  normal  0.926046 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5290  aminotransferase class V  26.96 
 
 
380 aa  82.4  0.00000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00731204  normal  0.0470255 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0692  aminotransferase, class V  29.94 
 
 
347 aa  82  0.00000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0756141  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2036  cysteine sulfinate desulfinase/cysteine desulfurase  25.88 
 
 
408 aa  82.4  0.00000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2959  cysteine desulfurase, SufS subfamily  27 
 
 
433 aa  81.3  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1255  L-cysteine/cystine lyase  27.47 
 
 
387 aa  80.9  0.00000000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0542203  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0845  SufS subfamily cysteine desulfurase  25.16 
 
 
413 aa  80.5  0.00000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0861  SufS subfamily cysteine desulfurase  25.16 
 
 
413 aa  80.5  0.00000000000005  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.762782  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3782  aminotransferase class V  25.47 
 
 
384 aa  80.5  0.00000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1213  aminotransferase class V  28.65 
 
 
393 aa  80.1  0.00000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.145189  normal  0.43356 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3556  aminotransferase, class V  26.35 
 
 
370 aa  80.1  0.00000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1586  putative L-cysteine/cystine lyase  24.29 
 
 
400 aa  79.7  0.00000000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0124  cysteine desulphurases, SufS  27.12 
 
 
688 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1473  kynureninase  30.94 
 
 
409 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3584  aminotransferase class V  24.94 
 
 
388 aa  79.3  0.0000000000001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4413  kynureninase  28.47 
 
 
378 aa  78.2  0.0000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0448  putative cysteine desulfurase  27.17 
 
 
660 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0199  putative cysteine desulfurase  27.17 
 
 
660 aa  78.6  0.0000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.75031  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>