More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1604 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1604  RNAse R  100 
 
 		 535 aa  1056    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0268007  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1953  VacB/RNase II family 3'-5' exoribonuclease  37.14 
 
 		 735 aa  312  7.999999999999999e-84  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.223171  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4583  Exoribonuclease II  41.3 
 
 		 601 aa  312  7.999999999999999e-84  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.370367 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1646  ribonuclease R  41.58 
 
 		 781 aa  308  2.0000000000000002e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.353487 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2955  ribonuclease R  34.51 
 
 		 762 aa  303  6.000000000000001e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000417995  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0037  ribonuclease R  39.81 
 
 		 745 aa  303  6.000000000000001e-81  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3125  ribonuclease R  35.44 
 
 		 758 aa  302  8.000000000000001e-81  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3935  ribonuclease R  37.5 
 
 		 808 aa  302  1e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0749  ribonuclease R  37.21 
 
 		 807 aa  299  8e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000988982  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4921  ribonuclease R  34.83 
 
 		 814 aa  299  9e-80  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.411267  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0683  RNAse R  37.39 
 
 		 808 aa  298  1e-79  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0668572  hitchhiker  0.000463961 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0728  ribonuclease R  37.21 
 
 		 807 aa  298  2e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.14505  hitchhiker  0.000000257568 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0707  ribonuclease R  37.21 
 
 		 807 aa  298  2e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.419789  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0737  ribonuclease R  37.21 
 
 		 807 aa  298  2e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.034125  hitchhiker  0.00132247 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3264  RNAse R  37.62 
 
 		 808 aa  298  2e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000483036  decreased coverage  0.00000524837 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2177  ribonuclease R  37.59 
 
 		 821 aa  298  2e-79  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000855619  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2768  ribonuclease R  35.86 
 
 		 833 aa  297  3e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0697  RNAse R  36.31 
 
 		 809 aa  297  4e-79  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112836  hitchhiker  0.000328486 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002268  ribonuclease R  36.78 
 
 		 834 aa  296  5e-79  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3647  ribonuclease R  37.03 
 
 		 807 aa  296  6e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0028274  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5243  ribonuclease R  34.64 
 
 		 808 aa  296  7e-79  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4808  ribonuclease R (RNase R)  34.64 
 
 		 804 aa  296  9e-79  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000493308  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4818  ribonuclease R (RNase R)  34.64 
 
 		 810 aa  296  9e-79  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.174115  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2972  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II:ribonuclease R  35.96 
 
 		 805 aa  295  1e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5214  ribonuclease R  34.64 
 
 		 806 aa  295  1e-78  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.69895 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4956  ribonuclease R  34.46 
 
 		 808 aa  295  2e-78  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.744879  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5709  ribonuclease R  34.46 
 
 		 812 aa  295  2e-78  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0120471  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5334  ribonuclease R  34.46 
 
 		 808 aa  295  2e-78  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000223572  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1447  ribonuclease R  38.98 
 
 		 910 aa  295  2e-78  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5232  ribonuclease R  34.27 
 
 		 806 aa  293  4e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5278  ribonuclease R  34.27 
 
 		 806 aa  293  5e-78  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000124073  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3378  ribonuclease R  36.25 
 
 		 1055 aa  293  6e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1721  ribonuclease R  36.34 
 
 		 702 aa  293  7e-78  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1095  ribonuclease R  34.44 
 
 		 701 aa  292  9e-78  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0329  ribonuclease R  37.59 
 
 		 706 aa  292  1e-77  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00226264  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0356  ribonuclease R  37.94 
 
 		 778 aa  291  2e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3289  ribonuclease R  37.23 
 
 		 824 aa  291  3e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.457006  hitchhiker  0.0018456 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0994  ribonuclease R  36.25 
 
 		 810 aa  290  4e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3417  ribonuclease R  34.97 
 
 		 834 aa  290  5.0000000000000004e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.148177  normal  0.629084 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2853  ribonuclease R  38.52 
 
 		 754 aa  290  6e-77  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0608  RNAse R  37.24 
 
 		 758 aa  290  7e-77  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.189937 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3067  exoribonuclease II  37.7 
 
 		 808 aa  289  8e-77  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.802811  normal  0.171629 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1431  ribonuclease R  38.31 
 
 		 857 aa  288  1e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.746592  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00085  ribonuclease R  35.36 
 
 		 830 aa  289  1e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0659  ribonuclease R  38.25 
 
 		 842 aa  289  1e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0886  ribonuclease R  36.01 
 
 		 801 aa  288  2e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.127406  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0576  ribonuclease R  35.28 
 
 		 749 aa  288  2e-76  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03463  ribonuclease R  38.02 
 
 		 805 aa  288  2e-76  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2432  ribonuclease R  38.37 
 
 		 858 aa  287  2.9999999999999996e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3590  ribonuclease R  35.33 
 
 		 819 aa  287  4e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0101048  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3355  ribonuclease R  36.74 
 
 		 829 aa  286  4e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.334074  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0511  ribonuclease R  36.56 
 
 		 817 aa  286  5e-76  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2010  ribonuclease R  35.5 
 
 		 709 aa  286  5.999999999999999e-76  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000115062  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65200  exoribonuclease RNase R  37.64 
 
 		 907 aa  286  7e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0986  exoribonuclease II  38.29 
 
 		 836 aa  285  1.0000000000000001e-75  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5664  exoribonuclease RNase R  37.64 
 
 		 906 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0752  exoribonuclease II  36.59 
 
 		 833 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000040627  hitchhiker  0.00244525 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2699  ribonuclease R  36.5 
 
 		 763 aa  285  2.0000000000000002e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0320356  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4217  ribonuclease R  36.64 
 
 		 826 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.997198  hitchhiker  0.000734426 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1243  ribonuclease R  36.85 
 
 		 752 aa  284  2.0000000000000002e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0149067  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3673  ribonuclease R  33.52 
 
 		 792 aa  284  3.0000000000000004e-75  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0298135  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0532  RNAse R  37.41 
 
 		 876 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0373854 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0050  ribonuclease R  39.56 
 
 		 750 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0868  ribonuclease R  38.48 
 
 		 838 aa  283  5.000000000000001e-75  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0580  ribonuclease R  37.19 
 
 		 758 aa  283  7.000000000000001e-75  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000747077 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0106  hypothetical protein  36.67 
 
 		 726 aa  283  8.000000000000001e-75  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1490  ribonuclease R  34.26 
 
 		 818 aa  281  1e-74  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01238  ribonuclease R  39.44 
 
 		 842 aa  282  1e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0205  ribonuclease R  39.49 
 
 		 710 aa  282  1e-74  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0151  exoribonuclease II (ribonuclease R)  35.26 
 
 		 804 aa  282  1e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2237  ribonuclease R  34.38 
 
 		 770 aa  282  1e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1482  VacB/Rnb family exoribonuclease  35.79 
 
 		 801 aa  281  2e-74  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.0098629  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1126  RNAse R  39.27 
 
 		 752 aa  281  2e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2830  ribonuclease R  37.48 
 
 		 782 aa  281  2e-74  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.120928  normal  0.835648 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2787  ribonuclease R  39.45 
 
 		 752 aa  281  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1625  ribonuclease R  37.19 
 
 		 737 aa  281  2e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1015  exoribonuclease R  34.78 
 
 		 810 aa  281  2e-74  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7411  ribonuclease R  38.51 
 
 		 762 aa  280  3e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00900108  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2994  RNAse R  36.65 
 
 		 761 aa  280  3e-74  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.390398 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0091  hypothetical protein  36.29 
 
 		 726 aa  280  4e-74  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0207  ribonuclease R  39.1 
 
 		 710 aa  280  4e-74  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4670  ribonuclease R  36.3 
 
 		 859 aa  280  4e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.425963  normal  0.0849008 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4880  ribonuclease R  36.85 
 
 		 857 aa  280  5e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1526  ribonuclease R  38.37 
 
 		 857 aa  280  5e-74  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.420237  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3814  VacB and RNase II family 3'-5' exoribonuclease  37.6 
 
 		 813 aa  280  7e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0362  exoribonuclease R  37.4 
 
 		 824 aa  279  7e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00569814 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4710  exoribonuclease R  37.6 
 
 		 813 aa  279  7e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5695  exoribonuclease R  37.6 
 
 		 813 aa  279  7e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04046  exoribonuclease R, RNase R  37.6 
 
 		 813 aa  279  8e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.765624  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2247  ribonuclease R  35.23 
 
 		 788 aa  279  8e-74  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.165281  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04008  hypothetical protein  37.6 
 
 		 813 aa  279  8e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.863156  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0579  3'-5' exoribonuclease, VacB and RNase II  35.24 
 
 		 877 aa  279  9e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0643  RNAse R  34.91 
 
 		 828 aa  279  9e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00135735 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0450  VacB/RNase II family exoribonuclease  33.99 
 
 		 792 aa  279  1e-73  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0788  exoribonuclease R  38.21 
 
 		 819 aa  278  1e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1626  ribonuclease R  35.25 
 
 		 840 aa  278  1e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0588631  normal  0.0102881 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4760  ribonuclease R  36.79 
 
 		 857 aa  278  1e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.334111  normal  0.140366 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4936  ribonuclease R  36.79 
 
 		 857 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328048 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4422  exoribonuclease R  37.6 
 
 		 813 aa  278  2e-73  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4636  exoribonuclease R  37.21 
 
 		 812 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>