More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1579 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1579  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  100 
 
 
448 aa  846    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.13236  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7931  3-carboxy-cis,cis-muconate cyclo-isomerase  53.14 
 
 
452 aa  363  3e-99  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.46399  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2125  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.95 
 
 
453 aa  331  2e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.398562 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2341  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.27 
 
 
453 aa  324  2e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4598  fumarate lyase  44.98 
 
 
458 aa  319  7.999999999999999e-86  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.604906  normal  0.691601 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1273  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.23 
 
 
454 aa  318  1e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.281218  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0645  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.22 
 
 
459 aa  316  4e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0741414 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2505  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45 
 
 
452 aa  315  9.999999999999999e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4459  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.37 
 
 
476 aa  311  1e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.484308 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5023  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  47.25 
 
 
462 aa  310  2.9999999999999997e-83  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.261629  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1439  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.42 
 
 
460 aa  310  4e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.535279 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3127  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.59 
 
 
457 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4314  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.99 
 
 
459 aa  306  4.0000000000000004e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.417348  normal  0.728676 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3160  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.79 
 
 
457 aa  306  6e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5286  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.95 
 
 
451 aa  305  1.0000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.335784  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2456  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.86 
 
 
453 aa  304  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.786558  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1555  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.82 
 
 
452 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0757  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.37 
 
 
457 aa  304  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3622  fumarate lyase  42.6 
 
 
456 aa  304  3.0000000000000004e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0741551  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.82 
 
 
452 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1202  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.82 
 
 
452 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0058  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.82 
 
 
452 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.593603  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1485  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.82 
 
 
452 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0056  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.82 
 
 
452 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0457569  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02908  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.45 
 
 
450 aa  302  8.000000000000001e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0069  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.82 
 
 
452 aa  301  1e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.675451  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.05 
 
 
460 aa  301  1e-80  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.646656  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13030  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.86 
 
 
462 aa  301  1e-80  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5748  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.08 
 
 
452 aa  301  2e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.955684  normal  0.122503 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_04011  conserved hypothetical protein  39.46 
 
 
476 aa  300  3e-80  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.981247  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4344  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.75 
 
 
450 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.339693  normal  0.0393048 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0048  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.27 
 
 
465 aa  298  1e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1379  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.75 
 
 
450 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.449914  normal  0.617034 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1019  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  44.2 
 
 
450 aa  297  3e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00531997 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4015  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.86 
 
 
490 aa  296  5e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0773124  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1483  fumarate lyase  41.95 
 
 
450 aa  295  9e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.151746  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38190  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.07 
 
 
450 aa  295  1e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.569484  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5111  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  45.52 
 
 
406 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4475  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.08 
 
 
452 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4557  fumarate lyase  37.81 
 
 
449 aa  288  1e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2418  fumarate lyase  40 
 
 
448 aa  285  9e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.259458 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3811  fumarate lyase  37.59 
 
 
449 aa  284  2.0000000000000002e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.647921  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2251  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.67 
 
 
453 aa  283  3.0000000000000004e-75  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.001838  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3487  fumarate lyase  36.45 
 
 
450 aa  284  3.0000000000000004e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2745  fumarate lyase  39.41 
 
 
473 aa  283  4.0000000000000003e-75  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.632463  normal  0.0578708 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1072  adenylosuccinate lyase  43.61 
 
 
455 aa  282  7.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4409  fumarate lyase  41.84 
 
 
446 aa  282  1e-74  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.816365 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2457  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  50.42 
 
 
383 aa  282  1e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00336692  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2833  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  48.02 
 
 
464 aa  281  2e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.23357  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2063  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.19 
 
 
453 aa  281  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.146832  normal  0.884924 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1536  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  39.37 
 
 
438 aa  280  4e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0157227  normal  0.182398 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4435  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.3 
 
 
450 aa  279  9e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.115184  normal  0.0129696 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0014  fumarate lyase  41.59 
 
 
450 aa  278  2e-73  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  unclonable  0.000000353189  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02830  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  46.49 
 
 
459 aa  277  3e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00289129 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0316  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  47.17 
 
 
459 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1055  fumarate lyase  40.13 
 
 
488 aa  270  2.9999999999999997e-71  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0660253 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2324  fumarate lyase  42 
 
 
500 aa  270  4e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.387168  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4374  adenylosuccinate lyase  33.78 
 
 
451 aa  265  2e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  6.25048e-22 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21250  adenylosuccinate lyase  39 
 
 
452 aa  264  3e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0991556  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4654  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.54 
 
 
464 aa  261  3e-68  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0817649  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0280  adenylosuccinate lyase  35.22 
 
 
454 aa  246  4e-64  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2695  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.7 
 
 
453 aa  241  2e-62  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0450627  normal  0.5058 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2385  fumarate lyase  41.83 
 
 
463 aa  238  1e-61  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.72571  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2084  fumarate lyase  44.23 
 
 
451 aa  238  2e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.252524  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18830  adenylosuccinate lyase  38.11 
 
 
477 aa  236  9e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0801563 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4837  fumarate lyase  38.3 
 
 
450 aa  229  8e-59  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.616525  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1630  adenylosuccinate lyase  38.92 
 
 
477 aa  228  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4654  fumarate lyase  43.24 
 
 
451 aa  228  2e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.179746  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1657  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  42.46 
 
 
404 aa  227  3e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.919998 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1393  adenylosuccinate lyase  35.38 
 
 
455 aa  226  7e-58  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.00268576  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4188  adenylosuccinate lyase  33.19 
 
 
454 aa  226  7e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3997  adenylosuccinate lyase  32.75 
 
 
454 aa  225  1e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00709346  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0170  adenylosuccinate lyase  34.17 
 
 
454 aa  224  2e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.00265741  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0005  adenylosuccinate lyase  35.7 
 
 
454 aa  224  3e-57  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0215  adenylosuccinate lyase  33.86 
 
 
454 aa  223  4e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.314002  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1582  adenylosuccinate lyase  34.12 
 
 
455 aa  223  4.9999999999999996e-57  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1855  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  40.31 
 
 
419 aa  219  7e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.354329  normal  0.137347 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0298  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.04 
 
 
444 aa  217  2.9999999999999998e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1906  putative lyase  31.98 
 
 
445 aa  209  8e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5054  fumarate lyase  34.66 
 
 
456 aa  209  9e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0605282  normal  0.269052 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3324  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  41.28 
 
 
402 aa  202  9.999999999999999e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2188  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  50 
 
 
441 aa  199  9e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4874  fumarate lyase  33.85 
 
 
456 aa  199  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0760075  normal  0.0695852 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4818  fumarate lyase  35.08 
 
 
451 aa  194  3e-48  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.327057  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3210  adenylosuccinate lyase  35.73 
 
 
452 aa  193  6e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.127423  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2958  adenylosuccinate lyase  35.11 
 
 
471 aa  192  8e-48  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121926  hitchhiker  0.00625137 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18850  adenylosuccinate lyase  33.01 
 
 
483 aa  190  5e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.110706 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4076  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  36.14 
 
 
501 aa  189  1e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0617  fumarate lyase  42.93 
 
 
446 aa  187  5e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0794  adenylosuccinate lyase  33.02 
 
 
449 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.652976  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1631  adenylosuccinate lyase  32.62 
 
 
483 aa  182  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3852  3-carboxy-cis,cis-muconate cycloisomerase  43.91 
 
 
384 aa  182  1e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0767232  normal  0.573525 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0986  adenylosuccinate lyase  31.59 
 
 
448 aa  180  4e-44  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.00836427  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0992  adenylosuccinate lyase  36.68 
 
 
435 aa  179  5.999999999999999e-44  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0216  adenylosuccinate lyase  32.94 
 
 
449 aa  179  8e-44  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.595584 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1217  adenylosuccinate lyase  30.21 
 
 
457 aa  176  7e-43  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.0739358  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0018  adenylosuccinate lyase  30.4 
 
 
458 aa  174  1.9999999999999998e-42  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.146335  decreased coverage  0.000415583 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0781  adenylosuccinate lyase  36.73 
 
 
446 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0994774  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1684  adenylosuccinate lyase  32.7 
 
 
449 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.29073  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0824  adenylosuccinate lyase  32.34 
 
 
446 aa  173  5e-42  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.116488 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>