More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1542 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1542  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  100 
 
 
542 aa  1053    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0944  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding protein  55.64 
 
 
527 aa  502  1e-141  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.000374916  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6157  benzoylformate decarboxylase  47.2 
 
 
537 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0830904  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1999  benzoylformate decarboxylase  47.97 
 
 
529 aa  435  1e-121  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.563871 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6666  benzoylformate decarboxylase  45.66 
 
 
540 aa  434  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0705  benzoylformate decarboxylase  48.47 
 
 
539 aa  430  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.214381  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2607  benzoylformate decarboxylase  47.54 
 
 
535 aa  426  1e-118  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.955084  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1023  benzoylformate decarboxylase  46.67 
 
 
529 aa  425  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.624401 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0346  benzoylformate decarboxylase  49.22 
 
 
539 aa  423  1e-117  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0093  benzoylformate decarboxylase  49.22 
 
 
539 aa  423  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152709  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1048  benzoylformate decarboxylase  49.42 
 
 
539 aa  424  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1088  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  42.59 
 
 
533 aa  424  1e-117  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.703546  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1424  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  43.98 
 
 
536 aa  424  1e-117  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0645  benzoylformate decarboxylase  49.22 
 
 
539 aa  423  1e-117  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0521172  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0890  benzoylformate decarboxylase  49.42 
 
 
539 aa  424  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2583  benzoylformate decarboxylase  47.16 
 
 
535 aa  424  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.380504  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2480  benzoylformate decarboxylase  49.22 
 
 
539 aa  423  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.20481  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0887  benzoylformate decarboxylase  49.22 
 
 
539 aa  422  1e-116  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.152058  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1545  benzoylformate decarboxylase  46.93 
 
 
548 aa  419  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.936505  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1705  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  43.93 
 
 
540 aa  419  1e-116  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0714  benzoylformate decarboxylase  45.88 
 
 
536 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.331157 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2631  benzoylformate decarboxylase  47.35 
 
 
535 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5914  benzoylformate decarboxylase  46.95 
 
 
535 aa  409  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2502  benzoylformate decarboxylase  47.7 
 
 
535 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.745207 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0743  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  41.73 
 
 
551 aa  411  1e-113  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.341364 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0308  benzoylformate decarboxylase  46.06 
 
 
528 aa  402  1e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0935953  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2776  benzoylformate decarboxylase  43.02 
 
 
535 aa  403  1e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1679  benzoylformate decarboxylase  45.09 
 
 
518 aa  399  9.999999999999999e-111  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5624  benzoylformate decarboxylase  45 
 
 
549 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.335952  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2758  thiamine pyrophosphate protein central region  48.23 
 
 
540 aa  398  1e-109  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64770  benzoylformate decarboxylase  45.19 
 
 
528 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.819611  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1896  benzoylformate decarboxylase  42.94 
 
 
529 aa  397  1e-109  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0968821  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2941  benzoylformate decarboxylase  44.06 
 
 
528 aa  392  1e-108  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3699  benzoylformate decarboxylase  43.98 
 
 
540 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.637419  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1799  benzoylformate decarboxylase  44.06 
 
 
542 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.42222  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0137  benzoylformate decarboxylase  42.69 
 
 
525 aa  380  1e-104  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5047  benzoylformate decarboxylase  43.15 
 
 
533 aa  379  1e-103  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.133347  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3938  benzoylformate decarboxylase  43.54 
 
 
540 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.23105  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1594  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  39.25 
 
 
499 aa  344  2e-93  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000232472 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1644  putative thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  33.33 
 
 
554 aa  270  5e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1191  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  34.25 
 
 
545 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.492896  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2527  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  33.03 
 
 
562 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2750  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  33.58 
 
 
562 aa  254  3e-66  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2455  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  33.99 
 
 
562 aa  253  8.000000000000001e-66  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.521664  normal  0.561041 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1761  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  34.17 
 
 
559 aa  245  1.9999999999999999e-63  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.15439  hitchhiker  0.00802646 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1617  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  33.27 
 
 
562 aa  242  1e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0020174 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2432  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  34.57 
 
 
503 aa  236  9e-61  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.157396  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4704  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  30.3 
 
 
568 aa  218  2.9999999999999998e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0820  thiamine pyrophosphate-requiring enzyme  29.33 
 
 
589 aa  214  1.9999999999999998e-54  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.155153  unclonable  0.0000131955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2501  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  28.46 
 
 
658 aa  209  2e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.79319  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0092  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  30.94 
 
 
561 aa  197  4.0000000000000005e-49  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.554485  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1973  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  31.72 
 
 
572 aa  189  1e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1108  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.98 
 
 
489 aa  186  9e-46  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0811747  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0534  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  30.87 
 
 
565 aa  183  6e-45  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2867  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  30.85 
 
 
542 aa  181  4e-44  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0382  thiamine pyrophosphate protein  26.44 
 
 
552 aa  177  3e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1252  thiamine pyrophosphate protein  28.31 
 
 
551 aa  176  8e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1242  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.92 
 
 
563 aa  170  5e-41  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.0519918 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1115  thiamine pyrophosphate protein TPP binding domain protein  31.91 
 
 
566 aa  168  2.9999999999999998e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1851  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  30.81 
 
 
566 aa  166  8e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0223  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.15 
 
 
552 aa  163  8.000000000000001e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.387939  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2516  acetolactate synthase, large subunit  25.28 
 
 
542 aa  163  9e-39  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.0000744784  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1921  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.68 
 
 
576 aa  160  4e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.299558 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1062  acetolactate synthase, large subunit  28.19 
 
 
556 aa  160  5e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2048  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.91 
 
 
596 aa  160  6e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.979203  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0502  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25 
 
 
535 aa  158  2e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0235829  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2981  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.51 
 
 
556 aa  157  5.0000000000000005e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.0018312  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3023  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  27.51 
 
 
561 aa  157  5.0000000000000005e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  hitchhiker  0.000478309  normal  0.133355 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0352  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  28.2 
 
 
556 aa  155  1e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2267  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  27.04 
 
 
549 aa  155  1e-36  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal  0.158148 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0019  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.26 
 
 
554 aa  155  2.9999999999999998e-36  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_737  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.21 
 
 
569 aa  154  5e-36  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00716267  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0325  thiamine pyrophosphate protein central region  27.88 
 
 
576 aa  153  8.999999999999999e-36  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.555432  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3681  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  24.5 
 
 
586 aa  152  2e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.358413  normal  0.114348 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0281  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.84 
 
 
554 aa  152  2e-35  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08850  acetolactate synthase, large subunit  25 
 
 
623 aa  152  2e-35  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.369585  normal  0.232213 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0752  acetolactate synthase, large subunit  25.84 
 
 
569 aa  151  3e-35  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5914  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.95 
 
 
588 aa  150  6e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0833  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  26.02 
 
 
569 aa  150  7e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.469559  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0372  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  23.76 
 
 
581 aa  150  8e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1072  acetolactate synthase large subunit, biosynthetic type  25.23 
 
 
566 aa  150  8e-35  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3624  acetolactate synthase catalytic subunit  27.86 
 
 
554 aa  150  8e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2168  acetolactate synthase, large subunit  27.5 
 
 
562 aa  149  1.0000000000000001e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1410  thiamine pyrophosphate protein  26.27 
 
 
564 aa  148  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.372474  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0594  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.37 
 
 
557 aa  149  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000784156  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5548  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  28.81 
 
 
568 aa  149  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3430  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25 
 
 
574 aa  148  2.0000000000000003e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.646845  normal  0.0217288 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1228  thiamine pyrophosphate protein  27.9 
 
 
575 aa  148  3e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.299499  normal  0.940009 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1092  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  26.84 
 
 
600 aa  148  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01970  acetolactate synthase, large subunit  25.68 
 
 
622 aa  147  4.0000000000000006e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00241919  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2477  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP binding region  31.55 
 
 
543 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.374586  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0633  thiamine pyrophosphate protein  28.73 
 
 
553 aa  147  5e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.151923  normal  0.532094 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0605  acetolactate synthase, large subunit  25.61 
 
 
567 aa  147  5e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.102703 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0945  thiamine pyrophosphate protein  25.64 
 
 
561 aa  147  7.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.252392  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3813  acetolactate synthase catalytic subunit  28.85 
 
 
554 aa  146  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38200  thiamine pyrophosphate protein  27.61 
 
 
552 aa  145  1e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00112999 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0389  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  23.02 
 
 
581 aa  146  1e-33  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.143896  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0110  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.29 
 
 
557 aa  145  2e-33  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3250  thiamine pyrophosphate protein  27.88 
 
 
552 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0654784  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2117  thiamine pyrophosphate protein  29.68 
 
 
556 aa  144  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.925616  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>