More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1513 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1513  hypothetical protein  100 
 
 
242 aa  457  9.999999999999999e-129  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.680118  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5042  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.22 
 
 
235 aa  134  9.999999999999999e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.319742  normal  0.272315 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0765  hypothetical protein  35.91 
 
 
235 aa  134  1.9999999999999998e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.417208  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1295  protein of unknown function DUF558  34.7 
 
 
239 aa  132  3.9999999999999996e-30  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  45.3 
 
 
246 aa  132  3.9999999999999996e-30  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.104604 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1323  protein of unknown function DUF558  34.25 
 
 
239 aa  131  7.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.107771 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3545  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.5 
 
 
258 aa  129  3e-29  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1319  hypothetical protein  32.1 
 
 
247 aa  127  1.0000000000000001e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.681076  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0519  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.53 
 
 
240 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0806  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.55 
 
 
243 aa  121  9.999999999999999e-27  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4176  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.37 
 
 
243 aa  121  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2370  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.27 
 
 
248 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00405719  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5288  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  36.36 
 
 
239 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.448814 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5035  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.93 
 
 
239 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05450  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.61 
 
 
240 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.689901  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0479  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.5 
 
 
239 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5076  conserved hypothetical protein TIGR00046  37 
 
 
239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0453  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.68 
 
 
239 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0587  hypothetical protein  38.4 
 
 
246 aa  114  1.0000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.256095  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0247  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.15 
 
 
240 aa  114  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.148044  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1461  protein of unknown function DUF558  35.51 
 
 
245 aa  114  1.0000000000000001e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.7294  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1016  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.1 
 
 
258 aa  114  1.0000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13143  hypothetical protein  29.82 
 
 
235 aa  114  1.0000000000000001e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0147396  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2283  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  28.75 
 
 
250 aa  113  2.0000000000000002e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03190  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.53 
 
 
239 aa  113  3e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4859  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.06 
 
 
239 aa  113  3e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.771335  normal  0.0487283 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4985  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.06 
 
 
239 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0506786  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2076  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.39 
 
 
245 aa  112  5e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1795  protein of unknown function DUF558  32.16 
 
 
245 aa  112  5e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1646  protein of unknown function DUF558  40.09 
 
 
291 aa  112  6e-24  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.600892  hitchhiker  0.00800846 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0412  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.78 
 
 
241 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1175  protein of unknown function DUF558  31.65 
 
 
241 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0162  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.42 
 
 
244 aa  111  1.0000000000000001e-23  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3218  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.08 
 
 
257 aa  109  4.0000000000000004e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000318733  hitchhiker  0.0000151601 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0143  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.31 
 
 
242 aa  109  4.0000000000000004e-23  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1998  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.58 
 
 
250 aa  109  5e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1575  hypothetical protein  31.22 
 
 
248 aa  109  5e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0110049  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2303  hypothetical protein  29.73 
 
 
246 aa  107  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07670  conserved hypothetical protein TIGR00046  34.25 
 
 
260 aa  107  2e-22  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.437211 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0337  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.68 
 
 
247 aa  107  2e-22  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01646  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.54 
 
 
244 aa  106  3e-22  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3333  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.92 
 
 
243 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.338082  normal  0.6082 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1500  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  38.43 
 
 
246 aa  106  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0500353  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.92 
 
 
259 aa  105  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0123615  normal  0.0473044 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3341  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.92 
 
 
259 aa  105  4e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0620938  normal  0.265707 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3050  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.47 
 
 
244 aa  105  4e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0610  protein of unknown function DUF558  37.12 
 
 
251 aa  105  6e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.15 
 
 
240 aa  105  6e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.58191  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3088  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.64 
 
 
243 aa  105  9e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00138853  hitchhiker  0.0000146734 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2054  hypothetical protein  41.47 
 
 
249 aa  104  1e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0227  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.24 
 
 
247 aa  104  1e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3082  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.96 
 
 
245 aa  105  1e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.584805  normal  0.179452 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0268  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  46.15 
 
 
240 aa  104  1e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0317407  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02776  hypothetical protein  32.22 
 
 
243 aa  103  2e-21  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0749  protein of unknown function DUF558  32.22 
 
 
243 aa  103  2e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.115865  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.22 
 
 
243 aa  103  2e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.699703  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0768  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.22 
 
 
243 aa  103  2e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000951962  decreased coverage  0.000000313548 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4249  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.22 
 
 
243 aa  103  2e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.781388  normal  0.255618 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02739  hypothetical protein  32.22 
 
 
243 aa  103  2e-21  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.379942  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3378  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.22 
 
 
243 aa  103  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3110  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  35.85 
 
 
247 aa  104  2e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00328118  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3104  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.22 
 
 
243 aa  103  2e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3241  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  37.26 
 
 
234 aa  103  3e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.108692 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0018  hypothetical protein  38.22 
 
 
243 aa  102  4e-21  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3257  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.08 
 
 
259 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000349077  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3437  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.08 
 
 
259 aa  102  5e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00490733  hitchhiker  0.000657001 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3350  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.09 
 
 
243 aa  102  7e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000530934  decreased coverage  0.00215529 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1823  hypothetical protein  30.71 
 
 
245 aa  102  8e-21  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.432103  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12770  conserved hypothetical protein TIGR00046  28.33 
 
 
249 aa  101  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000425435  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2898  protein of unknown function DUF558  34.57 
 
 
244 aa  100  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1573  protein of unknown function DUF558  37.66 
 
 
259 aa  100  2e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.475919  normal  0.0145737 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4321  hypothetical protein  29.75 
 
 
248 aa  100  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.333132  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0201  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.64 
 
 
247 aa  99.4  5e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2434  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  27.8 
 
 
249 aa  99.4  5e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454475  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0837  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.79 
 
 
243 aa  98.6  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0839  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.79 
 
 
243 aa  98.6  7e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000000711088  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3343  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.79 
 
 
243 aa  98.6  7e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03291  hypothetical protein  30.38 
 
 
242 aa  98.6  8e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3038  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.46 
 
 
260 aa  98.2  9e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3975  protein of unknown function DUF558  30.58 
 
 
251 aa  98.6  9e-20  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4134  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.96 
 
 
243 aa  98.2  1e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.0859841 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1732  hypothetical protein  31.51 
 
 
245 aa  98.2  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.127797  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1285  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  33.48 
 
 
243 aa  97.1  2e-19  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4289  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.25 
 
 
246 aa  97.1  2e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00156993  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4594  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  29.95 
 
 
235 aa  97.1  2e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.246782  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1993  protein of unknown function DUF558  38.87 
 
 
250 aa  97.4  2e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.049099  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0049  hypothetical protein  36.75 
 
 
242 aa  96.3  4e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0420  protein of unknown function DUF558  33.48 
 
 
244 aa  95.9  5e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2865  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 
244 aa  95.9  6e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3224  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  32.2 
 
 
243 aa  95.5  6e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000433897  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0832  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.51 
 
 
243 aa  95.5  7e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0841  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.51 
 
 
243 aa  94.7  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000333783  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0047  hypothetical protein  32.81 
 
 
251 aa  94.7  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.133218 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3004  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30 
 
 
244 aa  94.7  1e-18  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2843  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  34.29 
 
 
249 aa  94.4  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0503  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.93 
 
 
244 aa  94.7  1e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000164616  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2161  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  26.05 
 
 
244 aa  94.7  1e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2013  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  31.42 
 
 
245 aa  94.7  1e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.551557 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0690  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.51 
 
 
243 aa  94.4  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000126975  normal  0.647464 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3332  16S ribosomal RNA methyltransferase RsmE  30.51 
 
 
243 aa  94.4  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000119246  normal  0.831105 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>