More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1482 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1482  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  100 
 
 
305 aa  585  1e-166  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.696906  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1604  pseudouridine synthase, RluA family  51.68 
 
 
331 aa  245  8e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.357256  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2363  pseudouridine synthase, RluA family  46.08 
 
 
305 aa  241  1e-62  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3518  pseudouridine synthase, RluA family  51.5 
 
 
299 aa  239  5e-62  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3056  pseudouridine synthase, RluA family  40.97 
 
 
305 aa  238  1e-61  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1186  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.24 
 
 
300 aa  232  5e-60  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000204845  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1375  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.36 
 
 
300 aa  230  2e-59  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000447138  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0908  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.81 
 
 
303 aa  230  3e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00261324  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0610  pseudouridine synthase, RluA family  42.14 
 
 
304 aa  230  3e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0358231  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2289  pseudouridine synthase, RluA family  46.71 
 
 
310 aa  226  3e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.677026 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1082  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.82 
 
 
301 aa  225  6e-58  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.463864  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1372  pseudouridine synthase, RluA family  44.44 
 
 
300 aa  224  1e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2552  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  47.81 
 
 
313 aa  224  1e-57  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0920144  normal  0.0397584 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1156  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluD subfamily  43.17 
 
 
302 aa  224  2e-57  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0116106  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1353  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.91 
 
 
403 aa  224  2e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.270637  normal  0.743014 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09330  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  38.21 
 
 
308 aa  223  2e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00125155  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1673  RluA family pseudouridine synthase  42.86 
 
 
306 aa  223  4e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.529944  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1813  pseudouridine synthase, RluA family  39.8 
 
 
303 aa  221  8e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0881  RluA family pseudouridine synthase  44.98 
 
 
320 aa  219  5e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000267472  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1612  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.71 
 
 
356 aa  219  5e-56  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000933226 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0554  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.27 
 
 
296 aa  219  5e-56  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.0069072  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0869  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  48.52 
 
 
306 aa  218  1e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2903  RluA family pseudouridine synthase  42.02 
 
 
323 aa  218  1e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0413037  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0763  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.13 
 
 
305 aa  216  2.9999999999999998e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1373  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.18 
 
 
312 aa  216  5e-55  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1365  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.91 
 
 
296 aa  215  5.9999999999999996e-55  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  hitchhiker  0.00766831  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4022  pseudouridine synthase, RluA family  45.73 
 
 
334 aa  215  5.9999999999999996e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000767359  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01005  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.69 
 
 
325 aa  215  8e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004394  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.79 
 
 
325 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.530574  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0984  pseudouridine synthase, RluA family  43.49 
 
 
320 aa  214  1.9999999999999998e-54  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0148654  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1911  pseudouridine synthase, RluA family  43 
 
 
304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1303  pseudouridine synthase, RluA family  46.03 
 
 
314 aa  213  3.9999999999999995e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2975  23S rRNA pseudouridine synthase D  42.49 
 
 
326 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0427325  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3127  pseudouridine synthase, RluA family  47.91 
 
 
327 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1014  pseudouridylate synthase, 23S RNA-specific  39.67 
 
 
304 aa  212  4.9999999999999996e-54  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  0.00000716198  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1083  pseudouridine synthase, RluA family  45.39 
 
 
334 aa  212  5.999999999999999e-54  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0421612  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02484  23S rRNA pseudouridine synthase  41.85 
 
 
326 aa  211  1e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.174607  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1078  pseudouridine synthase, RluA family  41.85 
 
 
326 aa  211  1e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0158788  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3074  23S rRNA pseudouridine synthase D  42.49 
 
 
326 aa  211  1e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.273549  normal  0.0295932 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1087  23S rRNA pseudouridine synthase D  41.85 
 
 
326 aa  211  1e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.097503  decreased coverage  0.000000284548 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1344  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.42 
 
 
403 aa  211  1e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1041  pseudouridine synthase, RluA family  42.91 
 
 
304 aa  211  1e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000866742  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3046  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.41 
 
 
332 aa  211  1e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2752  23S rRNA pseudouridine synthase D  41.85 
 
 
326 aa  211  1e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000325368  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02448  hypothetical protein  41.85 
 
 
326 aa  211  1e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.166137  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2880  23S rRNA pseudouridine synthase D  42.17 
 
 
326 aa  211  1e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0196126  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1628  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D protein  45.27 
 
 
358 aa  210  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1919  pseudouridine synthase, RluA family  44.74 
 
 
370 aa  211  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338974  normal  0.0110313 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0282  RluA family pseudouridine synthase  44 
 
 
315 aa  210  2e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.418859  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1591  pseudouridine synthase, RluA family  44.74 
 
 
370 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.150486  decreased coverage  0.00904495 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1370  pseudouridine synthase, RluD  43.48 
 
 
352 aa  210  2e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3835  23S rRNA pseudouridine synthase D  42.17 
 
 
326 aa  211  2e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000664381  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1818  pseudouridine synthase  40.27 
 
 
306 aa  210  3e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.05074  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2748  23S rRNA pseudouridine synthase D  41.85 
 
 
326 aa  210  3e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0255935  normal  0.237135 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0989  RluA family pseudouridine synthase  40.07 
 
 
306 aa  209  4e-53  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00899774  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0238  23S rRNA pseudouridine synthase D  44.44 
 
 
324 aa  209  4e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.846353  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1324  pseudouridine synthase, RluA family  39.55 
 
 
328 aa  209  5e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0969  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.81 
 
 
324 aa  209  6e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.466312 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1163  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.71 
 
 
334 aa  209  7e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1821  RluA family pseudouridine synthase  40.99 
 
 
305 aa  208  7e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1286  pseudouridylate synthase  42.01 
 
 
305 aa  208  7e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00677773  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2104  RluA family pseudouridine synthase  40.27 
 
 
306 aa  208  9e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04873  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.41 
 
 
333 aa  208  1e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2615  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  44.33 
 
 
344 aa  208  1e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0357699  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2911  pseudouridine synthase, RluA family  46.02 
 
 
309 aa  207  2e-52  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000259384  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3719  RluA family pseudouridine synthase  39.24 
 
 
302 aa  207  2e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00132143  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3937  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.21 
 
 
302 aa  207  2e-52  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000000762664  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3743  RNA pseudouridylate synthase  40.21 
 
 
302 aa  207  2e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00315275  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3906  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.21 
 
 
302 aa  207  2e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000340417 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1123  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  46.02 
 
 
309 aa  207  2e-52  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.095131  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2034  pseudouridine synthase, RluA family  47.26 
 
 
319 aa  207  2e-52  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3143  23S rRNA pseudouridine synthase D  41.85 
 
 
325 aa  207  2e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3944  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  40.21 
 
 
302 aa  207  2e-52  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000328194  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1079  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.99 
 
 
304 aa  207  2e-52  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0458  RluA family pseudouridine synthase  40.88 
 
 
311 aa  207  2e-52  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3634  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  40.21 
 
 
302 aa  206  3e-52  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0043574  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0949  RluA family pseudouridine synthase  45.33 
 
 
309 aa  206  3e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2253  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.28 
 
 
391 aa  207  3e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00391915  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0061  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.04 
 
 
321 aa  206  3e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.102185  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5183  pseudouridine synthase  43.93 
 
 
320 aa  206  3e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.521194  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0008  pseudouridine synthase, RluA family  45.23 
 
 
323 aa  207  3e-52  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0473  RluA family pseudouridine synthase  40.54 
 
 
311 aa  206  4e-52  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1002  pseudouridine synthase, RluA family  42.09 
 
 
325 aa  206  4e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.550845  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3159  pseudouridine synthase, RluA family  44.97 
 
 
329 aa  206  4e-52  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3351  23S rRNA pseudouridine synthase D  42.09 
 
 
325 aa  206  4e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11955  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3477  23S rRNA pseudouridine synthase D  42.09 
 
 
325 aa  206  4e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.118484  normal  0.239433 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10900  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  43.73 
 
 
308 aa  206  4e-52  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295076  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3651  pseudouridylate synthase (pseudouridine synthase)  39.86 
 
 
302 aa  206  5e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000169242  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2950  suppressor of ftsH mutation  41.31 
 
 
326 aa  206  5e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0664  23S rRNA pseudouridine synthase D  43.43 
 
 
324 aa  206  6e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.0008107  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0884  23S rRNA pseudouridine synthase D  41.53 
 
 
325 aa  205  6e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0692792  normal  0.0818759 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2774  23S rRNA pseudouridine synthase D  40.89 
 
 
326 aa  205  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00023272  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2877  23S rRNA pseudouridine synthase D  40.89 
 
 
326 aa  205  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.673786 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2858  23S rRNA pseudouridine synthase D  40.89 
 
 
326 aa  205  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0524542 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2879  23S rRNA pseudouridine synthase D  40.89 
 
 
326 aa  205  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.206538 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1248  ribosomal large subunit pseudouridine synthase, RluA family  41.4 
 
 
302 aa  205  7e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.000362529  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2991  23S rRNA pseudouridine synthase D  40.89 
 
 
326 aa  205  7e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2551  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  42.67 
 
 
321 aa  205  8e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.682293  hitchhiker  0.00325884 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2346  ribosomal large subunit pseudouridine synthase D  45.1 
 
 
438 aa  205  8e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0455755 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0878  RluA family pseudouridine synthase  42.09 
 
 
325 aa  205  8e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.175115  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>