More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_1334 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_1334  protein-export membrane protein SecD  100 
 
 
487 aa  948  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.763605  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3212  protein-export membrane protein SecD  40.15 
 
 
525 aa  268  2e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3183  protein-export membrane protein SecD  36.19 
 
 
989 aa  266  4e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0406791  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3221  protein-export membrane protein SecD  35.5 
 
 
761 aa  256  5e-67  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.390214  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2738  protein-export membrane protein SecD  35.89 
 
 
406 aa  256  5e-67  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1691  protein-export membrane protein SecD  33.12 
 
 
461 aa  256  1e-66  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0199339  normal  0.405053 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1425  preprotein translocase subunit SecD  34.14 
 
 
403 aa  254  2e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  2.90493e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1285  protein-export membrane protein SecD  35.53 
 
 
423 aa  254  2e-66  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0952765  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1859  preprotein translocase subunit SecD  37 
 
 
554 aa  254  3e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.182959  normal  0.940484 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1123  preprotein translocase subunit SecD  34.52 
 
 
416 aa  253  4e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  3.01062e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1798  preprotein translocase subunit SecD  36.05 
 
 
530 aa  253  6e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1718  preprotein translocase subunit SecD  36.81 
 
 
533 aa  252  1e-65  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2617  preprotein translocase subunit SecD  37.35 
 
 
533 aa  251  3e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1784  preprotein translocase subunit SecD  37.5 
 
 
532 aa  250  3e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00162006 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1669  preprotein translocase subunit SecD  34.62 
 
 
413 aa  249  8e-65  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  2.93049e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_07161  preprotein translocase subunit SecD  36.99 
 
 
489 aa  247  3e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.145798 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0456  preprotein translocase subunit SecD  39.6 
 
 
554 aa  247  3e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.171448  normal  0.0964807 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1818  preprotein translocase subunit SecD  39.3 
 
 
530 aa  246  6e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00022831  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1769  protein-export membrane protein SecD  36.15 
 
 
512 aa  246  6e-64  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4539  protein-export membrane protein SecD  34.66 
 
 
470 aa  245  1e-63  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.470079  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1217  protein-export membrane protein SecD  39.51 
 
 
457 aa  244  2e-63  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000711082  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1356  preprotein translocase subunit SecD  35.2 
 
 
410 aa  244  2e-63  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.066873  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5077  preprotein translocase subunit SecD  36.13 
 
 
461 aa  244  2e-63  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0079  protein-export membrane protein SecD  33.33 
 
 
515 aa  244  3e-63  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0996  preprotein translocase subunit SecD  38.86 
 
 
554 aa  244  4e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1462  preprotein translocase subunit SecD  35.9 
 
 
411 aa  243  5e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  5.72302e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0444  preprotein translocase subunit SecD  38.35 
 
 
554 aa  243  5e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0562014  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1798  preprotein translocase subunit SecD  38.35 
 
 
554 aa  243  5e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1084  preprotein translocase subunit SecD  38.52 
 
 
556 aa  242  9e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.111435 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1239  protein-export membrane protein SecD  37.5 
 
 
533 aa  242  1e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1471  protein-export membrane protein SecD  38.16 
 
 
740 aa  242  1e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  hitchhiker  6.74169e-05 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3036  preprotein translocase subunit SecD  38.54 
 
 
535 aa  242  1e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1191  preprotein translocase subunit SecD  37.14 
 
 
493 aa  241  2e-62  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1272  preprotein translocase subunit SecD  35.14 
 
 
411 aa  241  2e-62  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0854  preprotein translocase subunit SecD  37.12 
 
 
533 aa  241  3e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1715  protein-export membrane protein SecD  35.85 
 
 
594 aa  240  4e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2057  protein-export membrane protein SecD  35.85 
 
 
594 aa  240  4e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2009  preprotein translocase subunit SecD  37.04 
 
 
530 aa  239  8e-62  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_16221  preprotein translocase subunit SecD  37.79 
 
 
495 aa  239  8e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.130277 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1490  preprotein translocase subunit SecD  35.04 
 
 
474 aa  239  9e-62  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0681  preprotein translocase subunit SecD  37.12 
 
 
531 aa  239  1e-61  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.565803  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3212  preprotein translocase subunit SecD  37.15 
 
 
470 aa  238  1e-61  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.718211  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0290  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37 
 
 
849 aa  239  1e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.870898 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2433  preprotein translocase subunit SecD  36.75 
 
 
532 aa  239  1e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.932422  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2884  preprotein translocase subunit SecD  37.15 
 
 
470 aa  238  1e-61  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2442  protein-export membrane protein SecD  36.28 
 
 
524 aa  238  2e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  3.11445e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0541  preprotein translocase subunit SecD  36.97 
 
 
532 aa  238  2e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0137043 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0007  preprotein translocase subunit SecD  33.19 
 
 
595 aa  238  2e-61  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1279  preprotein translocase subunit SecD  35.89 
 
 
495 aa  238  2e-61  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.221382  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4072  protein-export membrane protein SecD  32.62 
 
 
885 aa  237  4e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12260  protein-export membrane protein SecD  34.53 
 
 
403 aa  237  4e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  7.64404e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3262  preprotein translocase subunit SecD  36.5 
 
 
604 aa  237  5e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.103027  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3382  preprotein translocase subunit SecD  36.21 
 
 
615 aa  236  5e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00120261  normal  0.627671 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3121  preprotein translocase subunit SecD  36.21 
 
 
615 aa  236  5e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000987582  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1575  preprotein translocase subunit SecD  35.58 
 
 
521 aa  236  6e-61  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1453  preprotein translocase subunit SecD  34.7 
 
 
531 aa  235  1e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10121  preprotein translocase subunit SecD  32.02 
 
 
486 aa  235  1e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0321  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  36.1 
 
 
848 aa  234  2e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.898839 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1571  protein-export membrane protein SecD  34.92 
 
 
503 aa  234  3e-60  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1892  preprotein translocase subunit SecD  34.69 
 
 
533 aa  233  6e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  2.56259e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0984  protein-export membrane protein SecD  30.49 
 
 
900 aa  233  6e-60  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.583326 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1769  preprotein translocase subunit SecD  35.44 
 
 
532 aa  232  1e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.462584  normal  0.0130342 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_09311  preprotein translocase subunit SecD  31.83 
 
 
489 aa  231  3e-59  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.483137  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0011  preprotein translocase subunit SecD  36.38 
 
 
605 aa  230  3e-59  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.019109  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0012  preprotein translocase subunit SecD  35.21 
 
 
594 aa  230  5e-59  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.216124  hitchhiker  0.00885825 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_09521  preprotein translocase subunit SecD  32.53 
 
 
496 aa  230  5e-59  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.1601 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1799  preprotein translocase subunit SecD  35.28 
 
 
533 aa  229  7e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.127943  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1063  preprotein translocase subunit SecD  35.48 
 
 
615 aa  229  8e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00256647 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2776  preprotein translocase subunit SecD  35.84 
 
 
534 aa  229  8e-59  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.336703  normal  0.245371 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3671  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  37.41 
 
 
853 aa  229  1e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0862684  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0846  preprotein translocase subunit SecD  38.22 
 
 
533 aa  228  1e-58  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000476642  normal  0.132271 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0870  preprotein translocase subunit SecD  32.28 
 
 
489 aa  229  1e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.451271  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0877  preprotein translocase subunit SecD  34.45 
 
 
615 aa  229  1e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0503  preprotein translocase subunit SecD  34.82 
 
 
534 aa  228  2e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.153104  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1116  protein-export membrane protein SecD  35.99 
 
 
472 aa  228  2e-58  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.887298  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03171  Acriflavin resistance protein  35.29 
 
 
843 aa  228  2e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_09291  preprotein translocase subunit SecD  31.52 
 
 
487 aa  227  4e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0282  preprotein translocase subunit SecD  33.13 
 
 
496 aa  226  5e-58  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.621699  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0507  preprotein translocase subunit SecD  34.45 
 
 
615 aa  226  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.714923  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0466  preprotein translocase subunit SecD  34.45 
 
 
615 aa  226  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0453  preprotein translocase subunit SecD  34.45 
 
 
615 aa  226  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0447  preprotein translocase subunit SecD  34.45 
 
 
615 aa  226  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0446  preprotein translocase subunit SecD  34.45 
 
 
615 aa  226  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00360  hypothetical protein  34.84 
 
 
615 aa  226  8e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.674482  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0488  preprotein translocase subunit SecD  34.84 
 
 
615 aa  226  8e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00356  protein export protein SecD  34.84 
 
 
615 aa  226  8e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.698554  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0478  preprotein translocase subunit SecD  34.84 
 
 
615 aa  226  8e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0440  preprotein translocase subunit SecD  34.84 
 
 
615 aa  226  8e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0327  preprotein translocase subunit SecD  34.84 
 
 
615 aa  226  8e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.328268  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0438  preprotein translocase subunit SecD  34.84 
 
 
615 aa  226  8e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3225  preprotein translocase subunit SecD  34.84 
 
 
604 aa  226  9e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.457914  hitchhiker  2.20398e-06 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8810  bifunctional preprotein translocase subunit SecD/SecF  35.18 
 
 
756 aa  226  9e-58  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3201  protein-export membrane protein SecD  34.84 
 
 
604 aa  226  9e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.167397  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1028  preprotein translocase subunit SecD  36.22 
 
 
471 aa  225  1e-57  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.016566 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4309  preprotein translocase subunit SecD  35.29 
 
 
535 aa  225  1e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2073  preprotein translocase subunit SecD  36.06 
 
 
535 aa  225  2e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0142  preprotein translocase subunit SecD  35.5 
 
 
464 aa  224  2e-57  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3289  preprotein translocase subunit SecD  34.87 
 
 
604 aa  224  2e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1021  preprotein translocase subunit SecD  34.87 
 
 
604 aa  224  2e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1341  preprotein translocase subunit SecD  36.5 
 
 
532 aa  224  2e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.087277  normal  0.613358 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>