More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rxyl_0004 on replicon NC_008148
Organism: Rubrobacter xylanophilus DSM 9941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008148  Rxyl_0004  DNA replication and repair protein RecF  100 
 
 
374 aa  744    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000920069  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.32 
 
 
360 aa  223  4e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  34.83 
 
 
369 aa  216  4e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.97 
 
 
372 aa  214  1.9999999999999998e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  32.7 
 
 
375 aa  210  3e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  32.7 
 
 
375 aa  210  3e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  32.7 
 
 
375 aa  210  3e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  32.7 
 
 
375 aa  210  4e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  32.7 
 
 
375 aa  209  6e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  32.7 
 
 
375 aa  209  7e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  32.7 
 
 
375 aa  209  7e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  32.7 
 
 
375 aa  209  7e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  32.7 
 
 
375 aa  208  1e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  31.98 
 
 
373 aa  208  1e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  31.89 
 
 
375 aa  206  7e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0004  recombination protein F  30.03 
 
 
361 aa  204  2e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  30.03 
 
 
361 aa  204  2e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00040  DNA replication and repair protein RecF  33.33 
 
 
375 aa  203  4e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0003  DNA replication and repair protein RecF  43.75 
 
 
370 aa  201  9.999999999999999e-51  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  33.25 
 
 
369 aa  200  3e-50  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2550  recombination protein F  30.87 
 
 
371 aa  196  6e-49  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0191996  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0004  recombination protein F  34.39 
 
 
371 aa  196  6e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.106759  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  30.82 
 
 
362 aa  195  8.000000000000001e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0004  recombination protein F  30.69 
 
 
370 aa  195  9e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.188075  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0004  recombination protein F  30.69 
 
 
370 aa  195  9e-49  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.320094  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  33.6 
 
 
370 aa  195  1e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0004  recombination protein F  30.19 
 
 
374 aa  194  3e-48  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000414234  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0004  recombination protein F  32.08 
 
 
374 aa  192  7e-48  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0004  DNA replication and repair protein RecF  36.83 
 
 
371 aa  192  1e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.244423  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0004  recombination protein F  32.89 
 
 
374 aa  190  4e-47  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0004  recombination protein F  32.08 
 
 
372 aa  189  5e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  30.53 
 
 
386 aa  187  2e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2436  DNA replication and repair protein RecF  36.55 
 
 
398 aa  184  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.532549  normal  0.0198697 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.18 
 
 
365 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.390569  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2238  recombination protein F  33.02 
 
 
359 aa  182  9.000000000000001e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0004  recombination protein F  32.08 
 
 
374 aa  181  1e-44  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  2.60396e-25 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0004  recombination protein F  38.38 
 
 
376 aa  180  4e-44  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.366352  unclonable  0.0000000175389 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.08 
 
 
378 aa  180  4e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.332828  normal  0.294433 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  33.42 
 
 
402 aa  179  7e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0003  DNA replication and repair protein RecF  38.9 
 
 
369 aa  179  8e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.979634 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  27.32 
 
 
376 aa  178  1e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  35.71 
 
 
392 aa  178  1e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  32.77 
 
 
366 aa  178  1e-43  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0004  DNA replication and repair protein RecF  32.35 
 
 
363 aa  178  2e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1772  DNA replication and repair protein RecF  30.83 
 
 
371 aa  176  8e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0003  DNA replication and repair protein RecF  35.51 
 
 
358 aa  175  9.999999999999999e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0005  recombination protein F  38.17 
 
 
377 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.000288317  hitchhiker  0.00404548 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00030  DNA replication and repair protein RecF  32.05 
 
 
414 aa  174  2.9999999999999996e-42  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0950556  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0003  recombination protein F  35.84 
 
 
371 aa  174  2.9999999999999996e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.56 
 
 
377 aa  173  3.9999999999999995e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.780515  decreased coverage  0.00205006 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.67 
 
 
372 aa  173  5e-42  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0005  Recombinational DNA repair ATPase (RecF pathway)- like protein  35.69 
 
 
390 aa  172  6.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.518698  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00040  recombination protein F  34.06 
 
 
390 aa  171  1e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.0000332989  normal  0.373412 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.4 
 
 
372 aa  170  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0003  DNA replication and repair protein RecF  37.95 
 
 
372 aa  171  3e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.49 
 
 
373 aa  170  4e-41  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  32.33 
 
 
401 aa  170  4e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  34.29 
 
 
377 aa  170  5e-41  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.67 
 
 
397 aa  169  7e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0003  DNA replication and repair protein RecF  30.26 
 
 
363 aa  167  2e-40  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.222725  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0004  DNA replication and repair protein RecF  28.65 
 
 
359 aa  167  2.9999999999999998e-40  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.58 
 
 
360 aa  167  2.9999999999999998e-40  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.447101  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0004  recombination protein F  33.83 
 
 
399 aa  166  4e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000897119  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0004  recombination protein F  35.69 
 
 
380 aa  166  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0012  recombination protein F  35.69 
 
 
380 aa  166  5.9999999999999996e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.121144 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0004  recombination protein F  35.69 
 
 
380 aa  166  6.9999999999999995e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.0716162 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_00040  DNA replication and repair protein RecF  31.89 
 
 
414 aa  165  1.0000000000000001e-39  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0004  recombination protein F  34.77 
 
 
371 aa  165  2.0000000000000002e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00656338  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  34.25 
 
 
390 aa  164  2.0000000000000002e-39  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0005  DNA replication and repair protein RecF  33.89 
 
 
401 aa  163  5.0000000000000005e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.66 
 
 
380 aa  162  7e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.28 
 
 
381 aa  162  9e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.321306  normal  0.933031 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3717  DNA replication and repair protein  28.75 
 
 
377 aa  161  1e-38  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.329241 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0824  recombination protein F  33.99 
 
 
389 aa  161  2e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2998  DNA replication and repair protein RecF  35.19 
 
 
357 aa  160  3e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0957887  normal  0.356139 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0004  DNA replication and repair protein RecF  36.62 
 
 
379 aa  160  4e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  35.42 
 
 
404 aa  160  5e-38  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0004  recombination protein F  33.71 
 
 
386 aa  159  9e-38  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.187663 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  34.06 
 
 
382 aa  158  1e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2214  DNA replication and repair protein RecF  35.1 
 
 
394 aa  159  1e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00444262 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0004  DNA replication and repair protein RecF  34.47 
 
 
420 aa  157  3e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000011529  hitchhiker  0.000000444236 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1620  recombination protein F  34.81 
 
 
358 aa  157  4e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.251361 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.36 
 
 
391 aa  156  5.0000000000000005e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00428915 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0003  recombination protein F  29.19 
 
 
364 aa  156  7e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3391  recombination protein F  31.18 
 
 
376 aa  155  9e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.42 
 
 
399 aa  155  9e-37  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5273  recombination protein F  31.07 
 
 
384 aa  155  9e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0402761 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0004  DNA replication and repair protein RecF  33.74 
 
 
401 aa  155  1e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0234523  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2750  DNA replication and repair protein RecF  35.24 
 
 
387 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.433504  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0002  recombination protein F  34.94 
 
 
365 aa  153  5.9999999999999996e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.02 
 
 
363 aa  152  5.9999999999999996e-36  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3722  DNA replication and repair protein RecF  31.99 
 
 
385 aa  152  1e-35  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000891221  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0025  DNA replication and repair protein RecF  33.25 
 
 
386 aa  150  3e-35  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0004  DNA replication and repair protein RecF  31.55 
 
 
398 aa  150  4e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.61 
 
 
370 aa  150  4e-35  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.152297 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10003  recombination protein F  33.06 
 
 
385 aa  150  4e-35  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  29.89 
 
 
365 aa  150  5e-35  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0003  DNA replication and repair protein RecF  26.47 
 
 
365 aa  149  5e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2248  recombination protein F  31.08 
 
 
377 aa  149  6e-35  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0003  DNA replication and repair protein RecF  29.35 
 
 
415 aa  149  6e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000951254  normal  0.107465 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>