More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_3895 on replicon NC_009050
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009050  Rsph17029_3895  ABC-2 type transporter  100 
 
 
374 aa  734    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.505485  normal  0.0804287 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3157  ABC transporter, inner membrane subunit  99.2 
 
 
374 aa  733    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00527406  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3215  hypothetical protein  84.18 
 
 
374 aa  611  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0501  ABC-2 type transporter  49.33 
 
 
399 aa  361  1e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0566  ABC-2 type transporter  49.33 
 
 
399 aa  361  1e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.222842  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1742  ABC-2 type transporter  47.3 
 
 
401 aa  361  1e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00338931 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0537  ABC-2 type transporter  49.06 
 
 
398 aa  355  5.999999999999999e-97  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3789  ABC-2 type transporter  49.46 
 
 
390 aa  352  5e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0750  ABC-2 type transporter  46.38 
 
 
375 aa  340  2e-92  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.212958  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1951  ABC-2 type transporter  45.08 
 
 
373 aa  308  8e-83  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.171698  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2362  ABC-2 type transporter  44.35 
 
 
382 aa  308  1.0000000000000001e-82  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0759041  normal  0.863187 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1496  ABC-2 type transporter  44.09 
 
 
382 aa  306  5.0000000000000004e-82  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.679397  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0811  ABC-2 type transporter  43.43 
 
 
375 aa  300  3e-80  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0758  ABC-2 type transporter  43.9 
 
 
376 aa  299  6e-80  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0209  ABC-2 type transporter  44.44 
 
 
393 aa  296  3e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.223728  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2685  hypothetical protein  43.63 
 
 
373 aa  296  4e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0080  ABC-2 type transporter  46.32 
 
 
379 aa  295  7e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0879828  normal  0.577589 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3447  ABC-2 type transporter  41.49 
 
 
376 aa  294  2e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0565648  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4844  ABC-2 type transporter  44.47 
 
 
375 aa  293  3e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0699099 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4830  ABC transporter, ATP-binding protein  41.24 
 
 
374 aa  293  5e-78  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3854  ABC transporter ATP-binding protein  42.32 
 
 
374 aa  292  6e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3967  ABC transporter, ATP-binding protein  41.24 
 
 
374 aa  291  9e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3774  ABC transporter, ATP-binding protein  41.24 
 
 
374 aa  291  9e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03335  predicted transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  40.97 
 
 
374 aa  291  1e-77  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0229  ABC-2 type transporter  40.97 
 
 
374 aa  291  1e-77  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03287  hypothetical protein  40.97 
 
 
374 aa  291  1e-77  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5269  ABC-2 type transporter  41.58 
 
 
370 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.139137  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3837  ABC transporter, ATP-binding protein  40.97 
 
 
374 aa  291  1e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2341  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  43.55 
 
 
374 aa  291  1e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.612393  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5749  ABC-2 type transporter  42.05 
 
 
375 aa  291  1e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.166668  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3418  ABC-2 type transporter  42.35 
 
 
373 aa  290  2e-77  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3957  ABC transporter ATP-binding protein  41.78 
 
 
374 aa  290  2e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3684  ABC transporter, ATP-binding protein  40.97 
 
 
374 aa  290  3e-77  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3787  ABC transporter, ATP-binding protein  41.78 
 
 
374 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0230  ABC-2 type transporter  40.97 
 
 
374 aa  290  3e-77  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3897  ABC transporter ATP-binding protein  41.78 
 
 
374 aa  290  3e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4914  ABC-2 type transporter  42.9 
 
 
370 aa  290  4e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5116  ABC-2 type transporter  41.58 
 
 
370 aa  289  4e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.75858  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3777  ABC transporter ATP-binding protein  42.05 
 
 
374 aa  289  5.0000000000000004e-77  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.439357  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1683  multidrug ABC transporter permease component  42.05 
 
 
397 aa  289  6e-77  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0017586  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5208  ABC transporter  41.3 
 
 
370 aa  289  7e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.325379  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0166  hypothetical protein  41.24 
 
 
374 aa  288  1e-76  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000154077 
 
 
-
 
NC_004310  BR1349  ABC transporter, permease protein, putative  42.12 
 
 
370 aa  287  2e-76  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1505  ABC-2 type transporter  41.96 
 
 
373 aa  287  2e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.366767  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1431  hypothetical protein  43.17 
 
 
371 aa  287  2e-76  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16770  ABC-2 type transporter, permease component  41.94 
 
 
372 aa  286  2.9999999999999996e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00841824  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1307  putative ABC transporter, permease protein  42.12 
 
 
370 aa  286  5.999999999999999e-76  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1613  ABC-2 type transporter  43.32 
 
 
374 aa  285  7e-76  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5443  hypothetical protein  42.59 
 
 
372 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00889571 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0169  hypothetical protein  42.43 
 
 
371 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.466784  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1825  ABC-2 type transporter  41.58 
 
 
370 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0526143  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0171  hypothetical protein  43.32 
 
 
375 aa  283  4.0000000000000003e-75  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.330821  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1150  ABC-2 type transporter  41.19 
 
 
412 aa  282  7.000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.13202  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7848  putative ABC transporter (permease protein)  44.14 
 
 
376 aa  281  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00792305  normal  0.174905 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1562  ABC-2 type transporter  40.97 
 
 
374 aa  281  1e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.986622  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0626  ABC-2 type transporter  43.36 
 
 
373 aa  281  2e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0988  hypothetical protein  40.98 
 
 
374 aa  281  2e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.564547  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0019  ABC-2 type transporter  39.78 
 
 
373 aa  280  2e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2181  ABC-2 type transporter  40.97 
 
 
374 aa  280  4e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.64312  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0437  ABC transporter, permease  40.75 
 
 
374 aa  277  2e-73  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69060  putative permease of ABC transporter  39.73 
 
 
374 aa  277  2e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3659  putative ABC transporter (permease protein)  42.23 
 
 
370 aa  276  3e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00759514  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1040  ABC transporter, permease  40.75 
 
 
374 aa  275  8e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5973  ABC transporter permease  39.47 
 
 
374 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0138  ABC transporter, permease  40.75 
 
 
374 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1308  ABC transporter, permease protein  40.75 
 
 
374 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00132  putative ABC transport protein  40 
 
 
373 aa  274  2.0000000000000002e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0164  ABC transporter, permease protein  40.75 
 
 
374 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0920361  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2777  ABC-type multidrug transport system, permease component  40.48 
 
 
374 aa  273  3e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2634  ABC transporter, permease protein  40.48 
 
 
374 aa  273  3e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4687  ABC-2 type transporter  39.02 
 
 
370 aa  267  2.9999999999999995e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.696171  normal  0.325536 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3576  hypothetical protein  38.52 
 
 
370 aa  266  4e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6205  ABC-2 type transporter  42.12 
 
 
374 aa  266  4e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.261883 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9218  ABC transporter  38.61 
 
 
374 aa  262  6e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.797463  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2949  ABC-2 type transporter  41.34 
 
 
382 aa  259  4e-68  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0557  hypothetical protein  39.78 
 
 
379 aa  258  1e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4663  hypothetical protein  41.3 
 
 
370 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.736815  normal  0.215518 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3879  ABC transporter  41.04 
 
 
350 aa  255  1.0000000000000001e-66  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5884  ABC-2 type transporter  42.19 
 
 
374 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0315  ABC-2 type transporter  40.37 
 
 
374 aa  245  6.999999999999999e-64  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1136  hypothetical protein  27.78 
 
 
381 aa  151  2e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0811  ABC-2 type transporter  28.61 
 
 
377 aa  144  2e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3253  ABC-2 type transporter  32.53 
 
 
369 aa  142  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0790326  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1106  ABC-2 type transporter  28.01 
 
 
379 aa  139  4.999999999999999e-32  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.762924 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4695  ABC-2 type transporter  31.72 
 
 
370 aa  138  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.595113 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3003  ABC-2 type transporter  31.72 
 
 
370 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0165  hypothetical protein  30.08 
 
 
381 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0147217  normal  0.470058 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0054  ABC-2 type transporter  29.38 
 
 
388 aa  132  1.0000000000000001e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0850  ABC-2 type transporter, permease protein  28.53 
 
 
368 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0878  ABC-2 type transporter, permease protein  28.53 
 
 
368 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0942  ABC-2 type transporter, permease  28.53 
 
 
368 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0820172  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0963  ABC-2 type transporter permease  28.53 
 
 
368 aa  129  6e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4310  ABC-2 type transporter  27.81 
 
 
390 aa  129  7.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1738  ABC-2 type transporter  30.13 
 
 
372 aa  129  9.000000000000001e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0910  ABC transporter permease  28.18 
 
 
368 aa  129  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.881818  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3454  hypothetical protein  28.99 
 
 
374 aa  127  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.206797  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2479  ABC-2 type transporter  27.94 
 
 
376 aa  127  4.0000000000000003e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.664004  normal  0.270232 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2850  ABC-2 type transporter  27.65 
 
 
368 aa  125  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.146675  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2561  ABC-2 type transporter, permease protein  27.65 
 
 
368 aa  125  1e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0814  ABC-2 type transporter, permease protein  27.65 
 
 
368 aa  125  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.547864  normal  0.91145 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>