More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_3807 on replicon NC_009050
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011901  Tgr7_3129  choline/carnitine/betaine transporter  64.98 
 
 		 554 aa  661    Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.32452  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3807  choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 		 551 aa  1089    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00825508  normal  0.301611 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02455  choline/carnitine/betaine transporter  65.86 
 
 		 582 aa  727    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4552  choline/carnitine/betaine transporter  68.52 
 
 		 555 aa  736    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3080  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  100 
 
 		 551 aa  1089    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4548  choline/carnitine/betaine transporter  66.11 
 
 		 551 aa  674    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0980  choline/carnitine/betaine transport  65.49 
 
 		 548 aa  687    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3929  hypothetical protein  91.29 
 
 		 551 aa  965    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.720842  normal  0.613133 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2125  choline/carnitine/betaine transport  63.22 
 
 		 549 aa  672    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2505  choline/carnitine/betaine transporter  66.23 
 
 		 541 aa  685    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0835  choline/carnitine/betaine transporter  69.78 
 
 		 574 aa  756    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.475223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003606  High-affinity choline uptake protein BetT  65.3 
 
 		 553 aa  711    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3038  choline/carnitine/betaine transporter  74.16 
 
 		 554 aa  779    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2045  choline/carnitine/betaine transporter  53.11 
 
 		 554 aa  549  1e-155  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0189191  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2003  choline/carnitine/betaine transport family protein  51.87 
 
 		 535 aa  539  9.999999999999999e-153  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2648  choline/carnitine/betaine transporter  52.16 
 
 		 534 aa  540  9.999999999999999e-153  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4336  choline/carnitine/betaine transporter  53.17 
 
 		 529 aa  541  9.999999999999999e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0898  BCCT family transporter  51.12 
 
 		 540 aa  535  1e-151  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0237  choline/carnitine/betaine transporter  54.2 
 
 		 550 aa  535  1e-151  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.000527978  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0049  choline/carnitine/betaine transporter  52.43 
 
 		 523 aa  533  1e-150  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.335489  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0023  choline/carnitine/betaine transporter  54.15 
 
 		 539 aa  530  1e-149  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.16107 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0098  transporter, BCCT family  50.84 
 
 		 526 aa  524  1e-147  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1809  choline/carnitine/betaine transporter  51.21 
 
 		 526 aa  523  1e-147  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003545  choline-glycine betaine transporter  52.33 
 
 		 526 aa  525  1e-147  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01883  choline/carnitine/betaine transporter  51.68 
 
 		 529 aa  519  1e-146  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0433  transporter, BCCT family  50.84 
 
 		 531 aa  509  1e-143  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0969  choline/carnitine/betaine transporter  51.11 
 
 		 525 aa  508  1e-143  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.375142  normal  0.0777887 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06429  hypothetical protein  50.75 
 
 		 535 aa  509  1e-143  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2323  glycine betaine transporter  51.21 
 
 		 525 aa  499  1e-140  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.100678  hitchhiker  0.00817837 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1888  choline/carnitine/betaine transporter  48.14 
 
 		 606 aa  494  9.999999999999999e-139  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.541906  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003138  High-affinity choline uptake protein BetT  55.05 
 
 		 450 aa  487  1e-136  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000429409  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3305  choline/carnitine/betaine transport  49.9 
 
 		 545 aa  485  1e-135  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4819  choline/carnitine/betaine transporter  49.31 
 
 		 538 aa  468  9.999999999999999e-131  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0648582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1282  transporter, BCCT family  46.31 
 
 		 534 aa  457  1e-127  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0293  choline/carnitine/betaine transporter  45.03 
 
 		 637 aa  427  1e-118  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0308209  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0066  choline/carnitine/betaine transporter  46 
 
 		 583 aa  422  1e-117  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.432279  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2472  choline/carnitine/betaine transporter  45.82 
 
 		 667 aa  424  1e-117  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4403  choline/carnitine/betaine transporter  45.19 
 
 		 659 aa  415  9.999999999999999e-116  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4866  choline/carnitine/betaine transporter  44.99 
 
 		 659 aa  413  1e-114  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0140106 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01813  Choline-glycine betaine transporter  46.22 
 
 		 656 aa  410  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.000594064  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3957  choline/carnitine/betaine transporter family protein  42.26 
 
 		 657 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0148602  normal  0.612846 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1003  choline/carnitine/betaine transporter  43.39 
 
 		 553 aa  406  1.0000000000000001e-112  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.399191 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69850  putative choline transporter  43.78 
 
 		 661 aa  405  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.545233 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04148  secondary glycine betaine transporter BetU  45.67 
 
 		 667 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4850  BCCT family transporter  46.27 
 
 		 667 aa  401  9.999999999999999e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1055  choline/carnitine/betaine transporter  47.04 
 
 		 520 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.144567  normal  0.0392371 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6064  putative choline transporter  43.6 
 
 		 661 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0764  transporter, BCCT family  46.08 
 
 		 667 aa  400  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.846408  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04111  hypothetical protein  45.67 
 
 		 667 aa  399  9.999999999999999e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1805  choline/carnitine/betaine transporter  45.67 
 
 		 664 aa  395  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.376035  hitchhiker  0.00814736 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3164  choline/carnitine/betaine transporter  45.28 
 
 		 660 aa  398  1e-109  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1362  choline/carnitine/betaine transport  45.6 
 
 		 673 aa  396  1e-109  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000623924  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0845  choline/carnitine/betaine transport  41.34 
 
 		 551 aa  397  1e-109  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.626779  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0600  choline/carnitine/betaine transporter  42.86 
 
 		 584 aa  394  1e-108  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000857259  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3576  choline/carnitine/betaine transporter  42.88 
 
 		 567 aa  391  1e-107  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.440158  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1909  choline/carnitine/betaine transport  43.23 
 
 		 660 aa  385  1e-106  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.30039  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1505  choline/carnitine/betaine transporter  44.69 
 
 		 668 aa  387  1e-106  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1610  hypothetical protein  41.26 
 
 		 646 aa  386  1e-106  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00096761  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1576  choline/carnitine/betaine transporter  44.79 
 
 		 658 aa  385  1e-105  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.823699 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1542  choline/carnitine/betaine transporter  44.79 
 
 		 658 aa  385  1e-105  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.869304  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2552  choline/carnitine/betaine transporter  45.13 
 
 		 658 aa  384  1e-105  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.000125111  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2804  choline/carnitine/betaine transporter  44.79 
 
 		 658 aa  385  1e-105  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2741  choline/carnitine/betaine transporter  44.77 
 
 		 661 aa  379  1e-104  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0826  BCCT family choline/carnitine/betaine transporter  42.24 
 
 		 550 aa  379  1e-104  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0130314 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2619  choline/carnitine/betaine transporter  45.13 
 
 		 658 aa  379  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000908403  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0877  choline/carnitine/betaine transporter  42.01 
 
 		 542 aa  379  1e-104  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.359976  hitchhiker  0.00000108541 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2719  choline/carnitine/betaine transporter  44.73 
 
 		 658 aa  380  1e-104  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1546  choline/carnitine/betaine transporter  44.6 
 
 		 658 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1441  choline/carnitine/betaine transporter  44.16 
 
 		 658 aa  376  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1175  choline/carnitine/betaine transport  47.31 
 
 		 658 aa  377  1e-103  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0833615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2364  choline/carnitine/betaine transporter  42.62 
 
 		 685 aa  376  1e-103  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0421  choline/carnitine/betaine transporter  45.19 
 
 		 661 aa  375  1e-102  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.45567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1301  BCCT family betaine/choline/carnitine/glycine transporter  41.18 
 
 		 682 aa  370  1e-101  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1109  choline/carnitine/betaine transporter  44.07 
 
 		 676 aa  369  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.507446  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0608  choline/carnitine/betaine transporter  40.86 
 
 		 490 aa  365  1e-100  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0154  choline/carnitine/betaine transporter  41.13 
 
 		 682 aa  364  2e-99  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01010  choline/carnitine/betaine transport  41.26 
 
 		 573 aa  362  9e-99  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.883034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0174  choline/carnitine/betaine transporter  43.2 
 
 		 541 aa  362  1e-98  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.525828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4042  choline/carnitine/betaine transporter  38.51 
 
 		 526 aa  360  5e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5310  choline/carnitine/betaine transporter  41.54 
 
 		 698 aa  359  8e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.910175  normal  0.618905 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1774  BCCT family transporter  43.45 
 
 		 676 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0841224  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0328  choline/carnitine/betaine transporter  43.45 
 
 		 676 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.140196  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4430  choline/carnitine/betaine transporter  44.06 
 
 		 691 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1859  BCCT family transporter  43.45 
 
 		 676 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4027  BCCT family transporter  40.31 
 
 		 530 aa  358  1.9999999999999998e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1364  BCCT family transporter  43.45 
 
 		 676 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0971  choline/carnitine/betaine transporter  43.45 
 
 		 676 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.745252  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0407  BCCT family transporter  43.45 
 
 		 716 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0234  BCCT family transporter  43.45 
 
 		 716 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3360  choline/carnitine/betaine transporter  44.24 
 
 		 676 aa  357  2.9999999999999997e-97  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0225578  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1219  choline/carnitine/betaine transporter  40.5 
 
 		 503 aa  357  3.9999999999999996e-97  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0077  choline/carnitine/betaine transporter  43.67 
 
 		 546 aa  356  5e-97  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4045  choline/carnitine/betaine transporter  44.03 
 
 		 673 aa  355  2e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.158094  normal  0.57128 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1337  choline/carnitine/betaine transport  40.25 
 
 		 687 aa  354  2e-96  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1077  choline/carnitine/betaine transport  42.92 
 
 		 682 aa  355  2e-96  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.892042  normal  0.109945 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1874  BCCT transporter  43.83 
 
 		 676 aa  353  4e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0838618  normal  0.235512 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0224  high-affinity choline transport protein  39.21 
 
 		 644 aa  353  4e-96  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0160  choline/carnitine/betaine transporter  41.6 
 
 		 497 aa  353  5e-96  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3772  choline/carnitine/betaine transporter  38.04 
 
 		 505 aa  352  1e-95  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2320  choline/carnitine/betaine transporter  37.08 
 
 		 530 aa  351  2e-95  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.439021  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>