More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_3422 on replicon NC_009050
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3687  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  99.68 
 
 
310 aa  608  1e-173  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.743219  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3422  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 
310 aa  609  1e-173  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.544688  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  69.09 
 
 
317 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000221092 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7473  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  67.61 
 
 
319 aa  390  1e-107  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0461677  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1480  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  53.94 
 
 
312 aa  292  5e-78  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2582  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  54.09 
 
 
322 aa  290  2e-77  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0776  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50.16 
 
 
314 aa  271  1e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.198135 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1618  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.27 
 
 
316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.41 
 
 
311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3621  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.82 
 
 
329 aa  120  3e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  32.72 
 
 
308 aa  119  6e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06143  D-ribose transporter subunit RbsB  30.82 
 
 
292 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000339  ribose ABC transport system ribose-binding protein RbsB  30.51 
 
 
292 aa  113  4.0000000000000004e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  28.87 
 
 
296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.89 
 
 
320 aa  108  8.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0566218  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1401  ribose ABC transporter, substrate binding protein  28.03 
 
 
315 aa  108  1e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0952777 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2522  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.72 
 
 
315 aa  108  1e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1369  D-ribose transporter subunit RbsB  29.49 
 
 
292 aa  108  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.470278  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3328  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.74 
 
 
311 aa  108  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  31.32 
 
 
295 aa  108  2e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.77 
 
 
343 aa  107  3e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0166  monosaccharide-transporting ATPase  28.33 
 
 
307 aa  106  6e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2277  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.19 
 
 
321 aa  104  2e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.455143  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0008  D-ribose transporter subunit RbsB  27.46 
 
 
294 aa  103  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0612  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.75 
 
 
326 aa  103  4e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0583  monosaccharide-transporting ATPase  28.91 
 
 
307 aa  103  5e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0564  monosaccharide-transporting ATPase  29.96 
 
 
307 aa  103  5e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000302445  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  29.84 
 
 
289 aa  102  7e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1798  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.46 
 
 
324 aa  102  7e-21  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.482327  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3592  monosaccharide-transporting ATPase  31.11 
 
 
342 aa  102  8e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.986121 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.21 
 
 
319 aa  102  8e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1120  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.1 
 
 
327 aa  101  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0798  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  28.02 
 
 
308 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000267941  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0701  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  28.02 
 
 
308 aa  102  1e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.199726  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0343  D-ribose transporter subunit RbsB  27.99 
 
 
292 aa  101  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02440  predicted sugar transporter subunit: periplasmic-binding component of ABC superfamily  26.1 
 
 
327 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.719474  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0737  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  28.02 
 
 
308 aa  101  2e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.926456  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2685  Monosaccharide-transporting ATPase  27.13 
 
 
306 aa  101  2e-20  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.450778  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3781  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.1 
 
 
327 aa  100  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0125  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.7 
 
 
339 aa  101  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.512688 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.1 
 
 
327 aa  100  2e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02404  hypothetical protein  26.1 
 
 
327 aa  100  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.406743  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4113  D-ribose transporter subunit RbsB  28.62 
 
 
296 aa  100  2e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.114782  normal  0.0406773 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22710  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.83 
 
 
308 aa  101  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0934818  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5971  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  30.43 
 
 
341 aa  100  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00726122  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0069  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.61 
 
 
343 aa  100  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.127753  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4637  ribose ABC transporter, ribose-binding protein  27.63 
 
 
308 aa  100  4e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.146123  unclonable  4.40126e-26 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3975  D-ribose transporter subunit RbsB  27.93 
 
 
296 aa  100  4e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0740173  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3967  D-ribose transporter subunit RbsB  28.97 
 
 
294 aa  100  4e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.56483  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4267  D-ribose transporter subunit RbsB  28.97 
 
 
294 aa  100  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00505283  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03637  D-ribose transporter subunit  28.97 
 
 
296 aa  100  5e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00458293  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4243  D-ribose transporter subunit RbsB  28.97 
 
 
296 aa  100  5e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00260164 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2701  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.48 
 
 
327 aa  99.8  5e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5187  D-ribose transporter subunit RbsB  28.97 
 
 
296 aa  100  5e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0574953  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4172  D-ribose transporter subunit RbsB  28.28 
 
 
296 aa  99.8  5e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000287299  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03582  hypothetical protein  28.97 
 
 
296 aa  100  5e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00518541  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4119  D-ribose transporter subunit RbsB  28.97 
 
 
296 aa  100  5e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.161287 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3419  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.62 
 
 
302 aa  99.8  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.172259  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4235  D-ribose transporter subunit RbsB  27.24 
 
 
295 aa  99  8e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000930744  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4276  D-ribose transporter subunit RbsB  29.31 
 
 
296 aa  99  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4525  D-ribose transporter subunit RbsB  27.24 
 
 
295 aa  99  9e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00203677  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4167  D-ribose transporter subunit RbsB  29.31 
 
 
296 aa  99  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4096  D-ribose transporter subunit RbsB  29.31 
 
 
296 aa  99  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4111  D-ribose transporter subunit RbsB  29.31 
 
 
296 aa  99  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.817672  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4217  D-ribose transporter subunit RbsB  29.31 
 
 
296 aa  99  9e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.730139  normal  0.765182 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4216  Monosaccharide-transporting ATPase  28.97 
 
 
296 aa  99  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0126  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.66 
 
 
339 aa  98.6  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.986111  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1110  transcriptional regulator, periplasmic binding protein of LacI family protein  28.67 
 
 
334 aa  98.6  1e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.963711  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1643  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.48 
 
 
338 aa  98.2  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00121645  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0149  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.61 
 
 
322 aa  98.2  2e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6252  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.4 
 
 
326 aa  98.2  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.99678 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.52 
 
 
323 aa  97.4  2e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2605  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.46 
 
 
346 aa  97.8  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.52 
 
 
323 aa  97.4  2e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0114  ribose ABC transporter, periplasmic D-ribose-binding protein  28.3 
 
 
322 aa  97.4  3e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.686148  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1599  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.49 
 
 
301 aa  97.4  3e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.078071  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0102  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.7 
 
 
341 aa  96.7  4e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0193785  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2413  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.45 
 
 
347 aa  96.3  5e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.50663 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3102  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.27 
 
 
326 aa  96.7  5e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.75738  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0990  ABC sugar transporter, periplasmic sugar binding subunit  28.87 
 
 
340 aa  96.7  5e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1824  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.26 
 
 
318 aa  96.3  5e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00471967  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0894  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  30.08 
 
 
333 aa  96.3  7e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7032  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.38 
 
 
363 aa  95.9  7e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0438  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.05 
 
 
331 aa  95.5  9e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.681459  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2833  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.3 
 
 
314 aa  95.5  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4581  Monosaccharide-transporting ATPase  29.85 
 
 
334 aa  95.1  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.0000000000318793  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2650  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.87 
 
 
340 aa  95.5  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2644  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.86 
 
 
335 aa  94.4  2e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.3862  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0368  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.91 
 
 
338 aa  93.6  3e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01070  monosaccharide-binding protein  29.64 
 
 
319 aa  94  3e-18  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4189  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.27 
 
 
343 aa  94  3e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1272  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.58 
 
 
330 aa  93.2  6e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.269718  normal  0.414933 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7026  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.64 
 
 
325 aa  92.8  6e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.695693  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2700  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.3 
 
 
314 aa  92.8  7e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2512  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.85 
 
 
334 aa  92.8  7e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.583145  normal  0.39229 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0039  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.76 
 
 
320 aa  92.4  8e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0517  D-ribose transporter subunit RbsB  26 
 
 
299 aa  92.4  9e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3345  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.42 
 
 
313 aa  92.4  9e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.341454  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5133  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  28.85 
 
 
313 aa  92  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0636  ribose ABC transporter ribose-binding protein  28.02 
 
 
308 aa  91.3  2e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>