More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_3168 on replicon NC_009050
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3524  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  99.06 
 
 
534 aa  1082    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.413747  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3525  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  61.82 
 
 
535 aa  638    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2844  extracellular solute-binding protein  93.63 
 
 
534 aa  1013    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.922612  normal  0.415189 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3169  extracellular solute-binding protein  61.82 
 
 
535 aa  639    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.116403 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3168  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
534 aa  1092    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.114782 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2843  extracellular solute-binding protein  62.79 
 
 
535 aa  643    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.430895 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3816  twin-arginine translocation pathway signal  45.83 
 
 
522 aa  421  1e-116  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.961587  normal  0.0948956 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5072  extracellular solute-binding protein  42.51 
 
 
519 aa  393  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.236333  normal  0.758542 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6105  extracellular solute-binding protein family 5  40.58 
 
 
518 aa  363  4e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.0000312198  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6279  extracellular solute-binding protein family 5  39.14 
 
 
512 aa  353  5.9999999999999994e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0409  extracellular solute-binding protein  38.43 
 
 
520 aa  345  1e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.533743 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2178  extracellular solute-binding protein  39.92 
 
 
529 aa  340  5e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.246301  normal  0.618007 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6276  extracellular solute-binding protein family 5  37.78 
 
 
496 aa  339  9e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0695772 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6426  extracellular solute-binding protein family 5  40 
 
 
529 aa  338  9.999999999999999e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0312111 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2781  extracellular solute-binding protein  37.95 
 
 
525 aa  337  3.9999999999999995e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4497  extracellular solute-binding protein family 5  39.8 
 
 
529 aa  336  7e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.122706  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2183  extracellular solute-binding protein  39.88 
 
 
529 aa  327  3e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.226598 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3746  extracellular solute-binding protein family 5  39.34 
 
 
513 aa  326  7e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4502  extracellular solute-binding protein family 5  38.89 
 
 
526 aa  324  2e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.146925  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6274  extracellular solute-binding protein family 5  36.67 
 
 
511 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0245039 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1820  twin-arginine translocation pathway signal  39.08 
 
 
527 aa  315  9.999999999999999e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.575663  normal  0.77509 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6277  extracellular solute-binding protein  36.67 
 
 
527 aa  297  3e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0281814  normal  0.114415 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6444  twin-arginine translocation pathway signal  36.67 
 
 
527 aa  297  3e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6679  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component  36.67 
 
 
527 aa  297  3e-79  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.140574  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6354  extracellular solute-binding protein  36.83 
 
 
527 aa  291  2e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6057  extracellular solute-binding protein  36.34 
 
 
527 aa  291  2e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.195883  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6591  extracellular solute-binding protein  35.61 
 
 
540 aa  290  6e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.476219 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0157  twin-arginine translocation pathway signal  36.85 
 
 
545 aa  287  4e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.695568  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0249  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  36.85 
 
 
545 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2187  extracellular solute-binding protein  34.29 
 
 
519 aa  271  1e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.843737  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0058  extracellular solute-binding protein  32.81 
 
 
539 aa  271  2e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112335  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2945  extracellular solute-binding protein  34.11 
 
 
509 aa  270  4e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1543  extracellular solute-binding protein family 5  35.71 
 
 
513 aa  265  1e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.397228  normal  0.410252 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1495  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  32.74 
 
 
538 aa  261  3e-68  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.045715  hitchhiker  0.00127227 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1922  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  33.07 
 
 
535 aa  260  4e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.92103  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4961  extracellular solute-binding protein  32.93 
 
 
537 aa  260  5.0000000000000005e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0376726  normal  0.0265573 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6090  extracellular solute-binding protein family 5  32.4 
 
 
538 aa  258  2e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.194048  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0786  peptide/opine/nickel ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.41 
 
 
526 aa  258  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5634  extracellular solute-binding protein family 5  34.69 
 
 
540 aa  258  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3074  extracellular solute-binding protein  32.35 
 
 
536 aa  253  8.000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0483936 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5666  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  31.32 
 
 
537 aa  247  4e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5594  extracellular solute-binding protein  32.27 
 
 
535 aa  245  9.999999999999999e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.459863  normal  0.392289 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2914  extracellular solute-binding protein family 5  33.13 
 
 
537 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3713  putative ABC transporter (substrate binding component)  35.28 
 
 
516 aa  236  9e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3699  extracellular solute-binding protein  32.97 
 
 
527 aa  234  3e-60  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5006  extracellular solute-binding protein family 5  30.65 
 
 
536 aa  233  7.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.264167 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5304  extracellular solute-binding protein family 5  30.37 
 
 
536 aa  228  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.85757 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16230  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  34.77 
 
 
516 aa  228  3e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.884302  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0953  extracellular solute-binding protein family 5  31.29 
 
 
532 aa  207  3e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.509853  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5589  extracellular solute-binding protein  32.6 
 
 
513 aa  198  2.0000000000000003e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.333853 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3635  extracellular solute-binding protein  30.2 
 
 
515 aa  190  4e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.014259  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2105  extracellular solute-binding protein family 5  31.86 
 
 
538 aa  179  8e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0251373  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3175  extracellular solute-binding protein family 5  29.86 
 
 
554 aa  178  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000918408 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3332  extracellular solute-binding protein  29.17 
 
 
517 aa  176  7e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0558  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 
561 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.760139  hitchhiker  0.00152331 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0790  ABC oligopeptide/dipeptide transporter, periplasmic ligand binding protein  29.44 
 
 
554 aa  173  7.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.245293  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3338  extracellular solute-binding protein  29.79 
 
 
524 aa  172  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.165624  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1749  extracellular solute-binding protein family 5  28.86 
 
 
538 aa  169  2e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.483604  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0576  extracellular solute-binding protein family 5  29.34 
 
 
533 aa  167  4e-40  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2156  extracellular solute-binding protein  29.64 
 
 
543 aa  161  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.470572  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0074  twin-arginine translocation pathway signal  28.86 
 
 
514 aa  160  8e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0403886  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2078  extracellular solute-binding protein  28.67 
 
 
550 aa  158  2e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0155484  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1086  extracellular solute-binding protein  27.62 
 
 
523 aa  159  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1039  extracellular solute-binding protein family 5  32.42 
 
 
503 aa  157  3e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.78614  normal  0.0480029 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2653  extracellular solute-binding protein  30.24 
 
 
517 aa  157  5.0000000000000005e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0051152  normal  0.33796 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2678  extracellular solute-binding protein  28.81 
 
 
500 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00233729  normal  0.64261 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4254  extracellular solute-binding protein  25.62 
 
 
527 aa  154  5e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.340537  normal  0.123719 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2073  extracellular solute-binding protein  29.36 
 
 
517 aa  152  1e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.610417  normal  0.462432 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3559  extracellular solute-binding protein  28.42 
 
 
526 aa  151  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.43971  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0939  extracellular solute-binding protein  29.61 
 
 
517 aa  149  8e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  26.17 
 
 
502 aa  147  5e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9144  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  28.46 
 
 
507 aa  145  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.215146  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  30.52 
 
 
512 aa  145  1e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  29.38 
 
 
511 aa  145  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1360  extracellular solute-binding protein  29.28 
 
 
543 aa  144  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0151381 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  29.17 
 
 
510 aa  144  5e-33  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3449  extracellular solute-binding protein family 5  29.18 
 
 
515 aa  143  7e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.802426 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1961  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  28.66 
 
 
513 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.386989 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  28.54 
 
 
495 aa  141  1.9999999999999998e-32  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1671  extracellular solute-binding protein  26.56 
 
 
538 aa  141  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.901467 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3231  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  25.61 
 
 
532 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.704667  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3969  extracellular solute-binding protein  25.61 
 
 
532 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1313  extracellular solute-binding protein  27.89 
 
 
493 aa  140  7.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3174  dipeptide ABC transporter substrate-binding protein  28.21 
 
 
523 aa  139  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2375  twin-arginine translocation pathway signal  28.98 
 
 
514 aa  139  1e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5357  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  27.65 
 
 
502 aa  139  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0991682  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1250  extracellular solute-binding protein family 5  32.87 
 
 
550 aa  139  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.405882  normal  0.0838621 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 
510 aa  138  3.0000000000000003e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5692  extracellular solute-binding protein family 5  26.2 
 
 
555 aa  137  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.142163 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  28.34 
 
 
519 aa  137  6.0000000000000005e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0431  extracellular solute-binding protein  27.02 
 
 
522 aa  137  6.0000000000000005e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0753  extracellular solute-binding protein  26.61 
 
 
490 aa  136  9.999999999999999e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.139724  normal  0.17962 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3973  extracellular solute-binding protein family 5  31.61 
 
 
505 aa  136  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617507  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  25.71 
 
 
512 aa  135  9.999999999999999e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2463  twin-arginine translocation pathway signal  26.68 
 
 
555 aa  135  1.9999999999999998e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.31086  hitchhiker  0.000559828 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0387  extracellular solute-binding protein family 5  26.79 
 
 
503 aa  135  1.9999999999999998e-30  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000000219856  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1506  extracellular solute-binding protein  26.39 
 
 
501 aa  134  3e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0306373  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  26.12 
 
 
535 aa  134  5e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3437  extracellular solute-binding protein  27.29 
 
 
492 aa  134  5e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.58601  normal  0.852102 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  26.76 
 
 
565 aa  133  7.999999999999999e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>