More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_2527 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_2527  ribonuclease H  100 
 
 
151 aa  310  5.999999999999999e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.832874  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0867  ribonuclease H  98.68 
 
 
175 aa  307  2.9999999999999997e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0154  ribonuclease H  98.01 
 
 
151 aa  304  2.0000000000000002e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3617  ribonuclease H  81.21 
 
 
155 aa  254  2e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.919158  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2573  ribonuclease H  77.33 
 
 
157 aa  252  2.0000000000000002e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.0063199  hitchhiker  0.000000590654 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0502  ribonuclease H  76.67 
 
 
157 aa  250  4.0000000000000004e-66  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0182  ribonuclease H  76.51 
 
 
157 aa  246  9e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0614621  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2357  ribonuclease H  67.55 
 
 
151 aa  214  2.9999999999999998e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.71288 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0950  ribonuclease H  69.18 
 
 
154 aa  209  9e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.909306  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0529  ribonuclease H  66.44 
 
 
153 aa  207  4e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0477  ribonuclease H  67.79 
 
 
154 aa  207  4e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.307744  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0482  ribonuclease H  67.79 
 
 
154 aa  207  4e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0653  ribonuclease H  66.44 
 
 
151 aa  206  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.126445 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1060  ribonuclease H  65.77 
 
 
154 aa  205  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2687  ribonuclease H  66.44 
 
 
154 aa  203  6e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.319525  normal  0.662003 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0591  ribonuclease H  67.11 
 
 
154 aa  203  8e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.637967  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4076  ribonuclease H  62.25 
 
 
153 aa  201  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.621887  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0613  ribonuclease H  65.1 
 
 
151 aa  201  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.657296 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0750  ribonuclease H  63.58 
 
 
162 aa  202  2e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.516591  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4749  ribonuclease H  67.63 
 
 
155 aa  200  5e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4028  ribonuclease H  62.91 
 
 
150 aa  200  6e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3743  ribonuclease H  65.07 
 
 
151 aa  200  6e-51  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1342  ribonuclease H  67.63 
 
 
161 aa  199  8e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.765967  normal  0.626609 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4395  ribonuclease H  65.28 
 
 
154 aa  199  9.999999999999999e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.480095 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0684  ribonuclease H  66.2 
 
 
150 aa  199  9.999999999999999e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.746056  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2333  ribonuclease H  62.94 
 
 
153 aa  194  5.000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.076153 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1009  Ribonuclease H  63.24 
 
 
154 aa  190  7e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.636789  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1108  ribonuclease H  62.32 
 
 
154 aa  190  7e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2683  ribonuclease H  62.32 
 
 
154 aa  190  7e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0253331 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1054  ribonuclease H  62.32 
 
 
154 aa  190  7e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.52553  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1258  ribonuclease H  66.9 
 
 
153 aa  188  2e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0911  ribonuclease H  63.24 
 
 
155 aa  187  2.9999999999999997e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0719  RNase H  63.89 
 
 
155 aa  187  4e-47  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0947469  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3054  ribonuclease H  65 
 
 
166 aa  186  7e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0453376  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0868  ribonuclease H  62.68 
 
 
148 aa  184  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.243727  normal  0.451951 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3136  ribonuclease H  62.04 
 
 
154 aa  185  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.46528  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1143  ribonuclease H  60.71 
 
 
154 aa  185  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.775724  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1992  ribonuclease H  60.96 
 
 
146 aa  183  5e-46  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.324706 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1970  ribonuclease H  58 
 
 
160 aa  183  6e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.501543 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2839  Ribonuclease H  61.76 
 
 
154 aa  183  7e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0955  ribonuclease H  64.44 
 
 
150 aa  183  9e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4427  ribonuclease H  64.03 
 
 
147 aa  182  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000165419  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2208  ribonuclease H  57.33 
 
 
145 aa  181  2.0000000000000003e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000168272  normal  0.227693 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2035  ribonuclease H  62.68 
 
 
147 aa  181  2.0000000000000003e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.365518  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1965  ribonuclease H  63.04 
 
 
160 aa  181  4.0000000000000006e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  unclonable  0.0000000316146  unclonable  0.00000002511 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0219  ribonuclease H  60.58 
 
 
155 aa  180  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00237232  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1585  ribonuclease H  63.57 
 
 
149 aa  180  6e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.272644  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00207  ribonuclease H  60.58 
 
 
155 aa  180  7e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.851229  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3394  Ribonuclease H  60.58 
 
 
155 aa  180  7e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.770336  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0301  ribonuclease H  61.31 
 
 
155 aa  180  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0748  ribonuclease H  59.72 
 
 
155 aa  180  7e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.533393  normal  0.237365 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0219  ribonuclease H  60.58 
 
 
155 aa  180  7e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.523494  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0209  ribonuclease H  60.58 
 
 
155 aa  180  7e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0227  ribonuclease H  60.58 
 
 
155 aa  180  7e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0209104  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0307  ribonuclease H  61.31 
 
 
155 aa  180  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0142891  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0225  ribonuclease H  60.58 
 
 
155 aa  180  7e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.367892  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0293  ribonuclease H  61.31 
 
 
155 aa  180  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.358682  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3451  ribonuclease H  60.58 
 
 
155 aa  180  7e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.453001  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00212  hypothetical protein  60.58 
 
 
155 aa  180  7e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.92679  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0288  ribonuclease H  61.31 
 
 
155 aa  180  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.170302  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0286  ribonuclease H  61.31 
 
 
155 aa  180  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1251  ribonuclease H  59.86 
 
 
148 aa  179  8.000000000000001e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.768926  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2873  Ribonuclease H  59.86 
 
 
148 aa  179  8.000000000000001e-45  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00808472  normal  0.318566 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1600  RNase H  60.69 
 
 
146 aa  179  9.000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02389  ribonuclease H  55.4 
 
 
156 aa  179  1e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.197834  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2112  ribonuclease H  59.86 
 
 
158 aa  179  1e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0006502  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0496  ribonuclease H  55.63 
 
 
173 aa  179  1e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000149307  normal  0.327307 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0596  ribonuclease HI  62.59 
 
 
148 aa  178  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0763  ribonuclease HI  62.59 
 
 
148 aa  178  2e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1466  RNase H  62.59 
 
 
148 aa  178  2e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3357  ribonuclease H  61.43 
 
 
142 aa  179  2e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2790  RNase H  61.87 
 
 
148 aa  179  2e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.000215701  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1273  ribonuclease HI  62.59 
 
 
148 aa  178  2e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.244888  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1256  ribonuclease H  61.87 
 
 
147 aa  178  2e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00262659  normal  0.25341 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0804  ribonuclease H  61.87 
 
 
147 aa  178  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1496  RNase H  62.59 
 
 
148 aa  178  2e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2217  RNase HI  56.58 
 
 
149 aa  178  2e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.203756 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1285  ribonuclease H  61.87 
 
 
147 aa  178  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00259503  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0556  RNase H  62.59 
 
 
148 aa  178  2e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1881  ribonuclease H  56.34 
 
 
156 aa  179  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.025157  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1174  ribonuclease H  60.56 
 
 
147 aa  177  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00138258  normal  0.132038 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1162  ribonuclease H  60.56 
 
 
147 aa  177  2.9999999999999997e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.101109  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2403  ribonuclease H  54.23 
 
 
185 aa  177  4e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000280033  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03211  ribonuclease H  58.09 
 
 
154 aa  177  4e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1534  ribonuclease H  60.43 
 
 
147 aa  177  4.999999999999999e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0920794  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1942  ribonuclease H  59.44 
 
 
164 aa  177  5.999999999999999e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2158  ribonuclease H  55.71 
 
 
158 aa  176  7e-44  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000263424  normal  0.0842071 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2235  ribonuclease H  55.71 
 
 
158 aa  177  7e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000274591  normal  0.489263 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2560  ribonuclease H  55.71 
 
 
158 aa  176  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0500  ribonuclease H  59.86 
 
 
153 aa  176  1e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.478203  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2366  ribonuclease H  55 
 
 
158 aa  176  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000704244  hitchhiker  0.00794222 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002772  ribonuclease HI  57.35 
 
 
154 aa  176  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.720035  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1826  ribonuclease H  58.82 
 
 
156 aa  175  2e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0928  ribonuclease H  57.93 
 
 
145 aa  175  2e-43  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2289  Ribonuclease H  58.62 
 
 
152 aa  174  3e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.124048  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1829  Ribonuclease H  60.28 
 
 
163 aa  174  3e-43  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1134  ribonuclease H  63.43 
 
 
150 aa  174  3e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.326698  normal  0.475025 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2205  ribonuclease H  54.23 
 
 
157 aa  173  7e-43  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0167924  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1593  ribonuclease H  60.14 
 
 
148 aa  173  8e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2815  ribonuclease H  57.55 
 
 
147 aa  172  9.999999999999999e-43  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>