More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_1758 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_0122  LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
233 aa  481  1e-135  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1758  autoinducer-binding domain-containing protein  100 
 
 
233 aa  481  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1709  autoinducer-binding domain-containing protein  91.85 
 
 
233 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.781724  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5781  response regulator receiver protein  33.92 
 
 
243 aa  124  1e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305702  hitchhiker  0.00700374 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1559  regulatory protein LuxR  36.87 
 
 
246 aa  118  7.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.509292 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0920  LuxR family transcriptional regulator  36.07 
 
 
268 aa  117  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.81926  normal  0.148698 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0460  transcriptional regulator, LuxR family  37.1 
 
 
253 aa  113  3e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.343765 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0097  transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 
244 aa  111  9e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5194  LuxR family transcriptional regulator  33.51 
 
 
242 aa  109  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0681352 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2028  LuxR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
242 aa  108  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3102  LuxR family transcriptional regulator  28.38 
 
 
239 aa  105  4e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.644499  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2417  LuxR family transcriptional regulator  34.03 
 
 
244 aa  105  5e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3971  LuxR family transcriptional regulator  32.07 
 
 
239 aa  105  6e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000126265  normal  0.0321799 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3395  LuxR family transcriptional regulator  36.02 
 
 
260 aa  102  4e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5576  LuxR family transcriptional regulator  31.2 
 
 
239 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000012464  normal  0.015154 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3643  LuxR family transcriptional regulator  31.2 
 
 
239 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00106494  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4724  LuxR family transcriptional regulator  31.2 
 
 
239 aa  102  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000522863  hitchhiker  0.00659366 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1052  LuxR family transcriptional regulator  32.03 
 
 
239 aa  102  5e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00000000445716  normal  0.182523 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4116  LuxR family transcriptional regulator  30.34 
 
 
239 aa  100  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0201758  hitchhiker  0.00877352 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4581  LuxR family transcriptional regulator  30.77 
 
 
239 aa  100  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000141763  hitchhiker  0.0000089809 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1622  LuxR transcriptional regulator  30.36 
 
 
247 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.831315  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39980  putative transcriptional regulator  29.46 
 
 
237 aa  98.6  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2928  transcriptional regulator, LuxR family  30.52 
 
 
241 aa  97.4  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.258432  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01929  transcriptional activator of quorum sensing autoinducer synthesis transcription regulator protein  31.4 
 
 
248 aa  97.1  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.746701 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4558  LuxR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
234 aa  96.3  3e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.534127  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1664  transcriptional regulator, LuxR family  32.6 
 
 
237 aa  95.9  5e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.888844 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1997  autoinducer-binding transcriptional regulator, LuxR family  32.6 
 
 
237 aa  95.9  5e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.448669  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0198  autoinducer-binding domain-containing protein  31.44 
 
 
235 aa  95.5  6e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00000129067  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3386  putative transcriptional regulator  28.33 
 
 
237 aa  95.5  6e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.247592  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2667  transcriptional regulator, LuxR family  33.88 
 
 
241 aa  95.5  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.530563  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2210  LuxR family transcriptional regulator  29.51 
 
 
240 aa  95.1  8e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3500  LuxR family transcriptional regulator  26.61 
 
 
247 aa  95.1  9e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.547243 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3863  transcriptional regulator PsyR  28.25 
 
 
247 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.831721  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2852  transcriptional regulator  31.41 
 
 
236 aa  93.6  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3287  transcriptional activator SOLR transcription regulator protein  31 
 
 
236 aa  93.2  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.840181  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0962  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  30.77 
 
 
239 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1295  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  30.77 
 
 
239 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312538  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1345  N-acyl homoserine lactone transcriptional regulator  30.77 
 
 
239 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2485  BpsR  30.77 
 
 
239 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1510  ATP-dependent transcription regulator LuxR  30.77 
 
 
239 aa  93.6  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.08907  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0607  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  30.77 
 
 
239 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.83559  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0329  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  30.77 
 
 
239 aa  93.6  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1223  autoinducer-binding transcriptional regulator BpsR  30.77 
 
 
239 aa  93.6  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5699  LuxR family transcriptional regulator  29.06 
 
 
239 aa  90.9  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0607724 
 
 
-
 
NC_004310  BR0190  LuxR family transcriptional regulator  29.78 
 
 
235 aa  89.7  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.195449  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4889  autoinducer-binding domain-containing protein  27.73 
 
 
233 aa  89.7  4e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.70592  normal  0.843155 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4114  putative transcriptional activator  28.44 
 
 
213 aa  88.6  8e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.605496  normal  0.314154 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3098  transcriptional regulator, LuxR family  32.09 
 
 
254 aa  87.8  1e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.521704  normal  0.269359 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0183  LuxR family transcriptional regulator  29.33 
 
 
235 aa  88.2  1e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0816251  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45960  transcriptional regulator LasR  32.28 
 
 
239 aa  87  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5810  LuxR family transcriptional regulator  29.28 
 
 
228 aa  86.7  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.809704  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3898  transcriptional regulator LasR  31.38 
 
 
239 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.219668  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6040  LuxR family transcriptional regulator  29.28 
 
 
228 aa  86.7  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.917081 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1231  ATP-dependent transcription regulator LuxR  31.25 
 
 
234 aa  86.3  4e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.681253  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0323  transcriptional regulator, LuxR family  31.18 
 
 
243 aa  85.1  9e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3796  LuxR family transcriptional regulator  28.51 
 
 
237 aa  84.7  0.000000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00301827 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4641  LuxR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
235 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.226579  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0418  LuxR family transcriptional regulator  29.87 
 
 
242 aa  84  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1649  transcriptional regulator RhlR  30.7 
 
 
224 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.458186  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1266  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.35 
 
 
240 aa  83.2  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00315864  hitchhiker  0.00193945 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2015  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.91 
 
 
240 aa  83.2  0.000000000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000284169  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1723  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.91 
 
 
240 aa  83.2  0.000000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00781439  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_19120  transcriptional regulator RhlR  30.7 
 
 
241 aa  82.4  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.420854  normal  0.170234 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0694  transcriptional regulator, LuxR family  31.74 
 
 
242 aa  82  0.000000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0359  LuxR family transcriptional regulator  24.89 
 
 
248 aa  82  0.000000000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.870907  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1730  transcriptional regulator, LuxR family  26.91 
 
 
240 aa  81.6  0.000000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000557622  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0965  transcriptional activator protein LuxR  28.34 
 
 
248 aa  81.6  0.000000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.266935  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2150  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.91 
 
 
240 aa  81.6  0.000000000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000560081  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1044  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.91 
 
 
240 aa  81.6  0.000000000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000369866  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2690  DNA-binding transcriptional activator SdiA  26.91 
 
 
240 aa  81.6  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0029365  normal  0.0383701 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0958  transcriptional activator protein LuxR  27.57 
 
 
247 aa  81.6  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5762  LuxR family transcriptional regulator  32.61 
 
 
242 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.225342  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1709  transcriptional regulator, LuxR family  30.81 
 
 
251 aa  81.3  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5725  DNA-binding HTH domain-containing protein  30.8 
 
 
307 aa  81.6  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  0.000726612  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4277  transcriptional regulator, LuxR family  29.79 
 
 
234 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.343912 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0402  regulatory protein, LuxR  29.32 
 
 
242 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3810  LuxR family transcriptional regulator  27.94 
 
 
242 aa  80.9  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4647  LuxR family transcriptional regulator  29.46 
 
 
279 aa  80.1  0.00000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0100  transcriptional regulator, LuxR family  25.73 
 
 
250 aa  79.7  0.00000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0142  N-acyl-homoserine lactone dependent regulatory protein  27.98 
 
 
234 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0163426  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4977  transcriptional regulator, LuxR family  33.33 
 
 
243 aa  79.3  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.637652  normal  0.142556 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1652  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.98 
 
 
234 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.643432  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1570  ATP-dependent transcription regulator LuxR  27.98 
 
 
236 aa  79.3  0.00000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.778317  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0282  transcriptional regulator, LuxR family  33.87 
 
 
246 aa  79  0.00000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.419752  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4514  autoinducer-binding domain-containing protein  33.33 
 
 
243 aa  79  0.00000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.447162  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1513  LuxR family transcriptional regulator  30.58 
 
 
246 aa  78.2  0.0000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000493267  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1003  transcriptional regulator, LuxR family  31.72 
 
 
245 aa  78.2  0.0000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.383688  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0416  LuxR family transcriptional regulator  29.17 
 
 
262 aa  77.8  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1766  transcriptional regulator, LuxR family  33.51 
 
 
244 aa  77  0.0000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.182775  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3348  transcriptional regulator, LuxR family  29.05 
 
 
238 aa  77  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1407  LuxR family transcriptional regulator  31.72 
 
 
241 aa  77.4  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959158  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5029  transcriptional regulator, LuxR family  31.55 
 
 
243 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.771298  normal  0.575652 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2106  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.75 
 
 
240 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.010871 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4509  autoinducer-binding domain-containing protein  29.02 
 
 
235 aa  76.6  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1293  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.75 
 
 
240 aa  77  0.0000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.746399  hitchhiker  0.0000202879 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1890  transcriptional regulator LuxR family  33.08 
 
 
246 aa  76.3  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.546749  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1170  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.75 
 
 
240 aa  76.3  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0141324  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4279  LuxR family transcriptional regulator  33.69 
 
 
321 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.189781  normal  0.0123236 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2112  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.75 
 
 
240 aa  76.3  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.722664  hitchhiker  0.0000000000000595752 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2165  DNA-binding transcriptional activator SdiA  27.75 
 
 
240 aa  76.3  0.0000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0921825  hitchhiker  0.00000020452 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>