168 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_1103 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_1103  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  100 
 
 
199 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.766752  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2439  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  98.49 
 
 
199 aa  412  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.310288  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1791  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  62.92 
 
 
199 aa  238  5.999999999999999e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0284  hypothetical protein  50.29 
 
 
188 aa  167  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0303  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  51.37 
 
 
184 aa  155  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  hitchhiker  0.00198735  normal  0.717495 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4071  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  47.27 
 
 
184 aa  155  3e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.130637  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0335  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  51.37 
 
 
184 aa  153  2e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.254495 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0240  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  52.05 
 
 
183 aa  151  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.497247 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3628  hypothetical protein  44.57 
 
 
180 aa  148  4e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0550026 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1441  CheD  44.83 
 
 
191 aa  148  5e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3472  CheD  47.62 
 
 
171 aa  147  7e-35  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.580477  normal  0.226139 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3211  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  46.45 
 
 
187 aa  144  8.000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.192174  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1931  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  50.39 
 
 
203 aa  132  1.9999999999999998e-30  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2713  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  46.98 
 
 
190 aa  129  4.0000000000000003e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3692  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  39.68 
 
 
220 aa  127  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000909958  normal  0.0208475 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2970  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  48.2 
 
 
263 aa  126  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00077588 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0439  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  38.25 
 
 
210 aa  126  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00596403  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0169  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  48.55 
 
 
273 aa  125  3e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.413087 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0186  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  47.83 
 
 
253 aa  124  9e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2845  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  43.75 
 
 
161 aa  124  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.244077  normal  0.188439 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5611  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  47.1 
 
 
217 aa  123  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.414458  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0173  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  47.83 
 
 
253 aa  123  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.521655  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3810  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  46.76 
 
 
271 aa  123  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0242  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  46.38 
 
 
247 aa  122  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.137526  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0123  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  46.76 
 
 
250 aa  122  3e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2847  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  43.87 
 
 
247 aa  122  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0169491  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0260  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  43.87 
 
 
247 aa  122  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00168623  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3178  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  45.7 
 
 
234 aa  122  4e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00056  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  51.24 
 
 
194 aa  121  7e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.00180609  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2855  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  45.03 
 
 
234 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0072  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  45.03 
 
 
234 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3430  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  45.03 
 
 
234 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1688  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  45.03 
 
 
234 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.332002  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3851  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  45.03 
 
 
234 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.315458  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3932  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  45.03 
 
 
234 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.329787  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3120  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  45.03 
 
 
234 aa  120  9.999999999999999e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.806479  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3362  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  47.1 
 
 
241 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0117903  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1613  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  44.7 
 
 
191 aa  119  3e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0166674  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1844  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  51.69 
 
 
198 aa  117  9e-26  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.494723 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2147  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  39.66 
 
 
213 aa  117  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00414  CheD  45.74 
 
 
169 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.999613  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1616  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  42.96 
 
 
202 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0524891 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0160  chemotaxis protein CheD  44.44 
 
 
195 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4342  hypothetical protein  38.04 
 
 
209 aa  116  1.9999999999999998e-25  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3150  hypothetical protein  42.67 
 
 
210 aa  115  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0208  chemotaxis protein; stimulates methylation of MCP proteins  44.44 
 
 
200 aa  116  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2630  chemotaxis protein  37.27 
 
 
185 aa  115  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100021  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2125  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  39.76 
 
 
208 aa  114  8.999999999999998e-25  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2214  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  41.14 
 
 
206 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.985834  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2161  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  37.87 
 
 
216 aa  113  2.0000000000000002e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.847826  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2243  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  40.74 
 
 
206 aa  113  2.0000000000000002e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.030336  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3303  hypothetical protein  45.71 
 
 
206 aa  112  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0610  hypothetical protein  43.28 
 
 
209 aa  112  3e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.000000882813  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2102  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  40.74 
 
 
206 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.28508  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2360  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  40.74 
 
 
206 aa  112  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.24573  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02190  hypothetical protein  46.83 
 
 
200 aa  112  5e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.727435  normal  0.427786 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0254  hypothetical protein  47.58 
 
 
200 aa  111  5e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4053  CheD  40.6 
 
 
236 aa  111  6e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4165  CheD  40.6 
 
 
236 aa  111  6e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1076  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  43.18 
 
 
178 aa  110  1.0000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00274971 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1885  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  38.86 
 
 
206 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.182663 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0658  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  44.72 
 
 
245 aa  110  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0343248 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0731  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  37.13 
 
 
201 aa  109  3e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.154797  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2089  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  38.86 
 
 
206 aa  108  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.995215 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2173  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  46.34 
 
 
242 aa  108  4.0000000000000004e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0902871  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4375  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  44 
 
 
253 aa  108  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.893396  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3061  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  46.28 
 
 
204 aa  108  5e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.583013  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3103  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  36.87 
 
 
218 aa  108  6e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3787  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  46.28 
 
 
245 aa  107  8.000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.54993  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0088  CheD  32.99 
 
 
197 aa  107  9.000000000000001e-23  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0153  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  39.57 
 
 
233 aa  107  1e-22  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02054  chemotaxis protein  38.41 
 
 
233 aa  107  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.124025  normal  0.0167614 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4153  CheD, stimulates methylation of MCP protein  45.16 
 
 
217 aa  104  8e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.340514  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1145  hypothetical protein  42.64 
 
 
197 aa  102  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0570  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  41.67 
 
 
234 aa  101  9e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.930718  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2116  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  41.57 
 
 
206 aa  101  9e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0701  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  44.17 
 
 
219 aa  99  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.376029 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2326  chemotaxis protein CheD, putative  36.9 
 
 
199 aa  98.6  5e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0024  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  38.06 
 
 
157 aa  96.7  2e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.375225  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0024  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  38.06 
 
 
157 aa  96.7  2e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000154554  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1042  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  40.54 
 
 
183 aa  96.3  3e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22580  chemotaxis protein CheD  33.33 
 
 
168 aa  94.4  9e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3219  CheD, stimulates methylation of MCP protein  39.86 
 
 
183 aa  94  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0914771 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0726  chemotaxis protein CheD, putative  40.14 
 
 
220 aa  93.6  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.345445  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2701  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  40.83 
 
 
227 aa  91.3  8e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2899  CheD, stimulates methylation of MCP protein  39.01 
 
 
198 aa  90.9  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5563900000000001e-18 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3294  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  33.82 
 
 
175 aa  89.4  3e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.370177 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0638  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  38.19 
 
 
171 aa  89  4e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2362  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  39.46 
 
 
198 aa  89.4  4e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.45026  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1382  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  38.46 
 
 
201 aa  89  4e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00327904  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0648  hypothetical protein  42.74 
 
 
170 aa  89  5e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0642567  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1986  CheD family protein  34.72 
 
 
156 aa  88.2  6e-17  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0103025  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0963  CheD, stimulates methylation of MCP protein  40.6 
 
 
199 aa  88.2  6e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0604  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  39.55 
 
 
171 aa  87.4  1e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0382  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  34.33 
 
 
159 aa  87.4  1e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0629  CheD  41.27 
 
 
171 aa  85.9  3e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0620  chemoreceptor glutamine deamidase CheD  34.85 
 
 
163 aa  84.7  9e-16  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.595849  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1310  CheD  40.16 
 
 
161 aa  83.2  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0977  CheD, stimulates methylation of MCP proteins  35.11 
 
 
156 aa  82.8  0.000000000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4129  CheD  34.01 
 
 
160 aa  81.6  0.000000000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000670022  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>