More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_0603 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_0603  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
68 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1952  cold-shock DNA-binding protein family protein  100 
 
 
77 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3621  cold-shock DNA-binding protein  98.53 
 
 
77 aa  138  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4258  hypothetical protein  94.12 
 
 
68 aa  133  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.321323  normal  0.982609 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4329  hypothetical protein  91.18 
 
 
68 aa  131  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.208733 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0735  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  91.18 
 
 
68 aa  130  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.976411  normal  0.373537 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2024  cold-shock DNA-binding protein family protein  91.18 
 
 
68 aa  130  5e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3620  cold-shock DNA-binding protein  89.71 
 
 
68 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4290  hypothetical protein  89.71 
 
 
68 aa  128  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  82.35 
 
 
68 aa  122  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00142025 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3140  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.94 
 
 
68 aa  120  6e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.577228  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0591  cold-shock DNA-binding protein family protein  77.94 
 
 
68 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0495  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.94 
 
 
68 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.309606 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2245  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.94 
 
 
68 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.38362 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3653  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  75 
 
 
80 aa  107  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.820165  normal  0.8886 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1752  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.59 
 
 
68 aa  106  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0009  cold-shock DNA-binding domain protein  72.06 
 
 
68 aa  105  2e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2219  putative cold-shock DNA-binding domain protein  70.59 
 
 
68 aa  104  4e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3143  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.12 
 
 
68 aa  102  2e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3035  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 
69 aa  100  5e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.084577  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3625  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.23 
 
 
68 aa  98.6  3e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.164813  normal  0.0835288 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1074  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.18 
 
 
68 aa  98.2  4e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0836241  normal  0.241517 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0932  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.18 
 
 
68 aa  96.3  1e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1914  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.24 
 
 
68 aa  94  6e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6274  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
69 aa  94  7e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.517051  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3161  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
69 aa  93.6  8e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.161902  normal  0.108125 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2681  cold-shock DNA-binding domain protein  63.08 
 
 
68 aa  93.2  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.741556  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0954  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.19 
 
 
68 aa  92.8  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.631034  normal  0.812615 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4677  cold-shock DNA-binding domain protein  62.32 
 
 
69 aa  91.7  3e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.403947  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1892  cold-shock protein DNA-binding  60.87 
 
 
69 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0093  cold-shock DNA-binding domain protein  63.64 
 
 
69 aa  90.9  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.941798  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5421  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
68 aa  90.9  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.14942  normal  0.64967 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5022  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.87 
 
 
69 aa  90.5  6e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.499823  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2005  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.15 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.745199  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1492  cold-shock family protein  62.32 
 
 
69 aa  90.5  7e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.136425  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4283  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
68 aa  90.5  7e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.331477 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1185  cold-shock protein DNA-binding  60.87 
 
 
69 aa  90.1  8e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0202677 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1893  cold-shock protein DNA-binding  62.32 
 
 
69 aa  90.1  8e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.208302  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1345  cold-shock DNA-binding domain protein  60.87 
 
 
69 aa  90.1  8e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.708004 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2842  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.82 
 
 
68 aa  90.1  8e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1676  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.32 
 
 
69 aa  90.1  8e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00586625  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4533  cold-shock DNA-binding domain protein  60.87 
 
 
69 aa  90.1  9e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4164  cold-shock protein DNA-binding  60.87 
 
 
69 aa  90.1  9e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.593748  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2040  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 
68 aa  89.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0850  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.7 
 
 
68 aa  89.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0386  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.7 
 
 
68 aa  89.7  1e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.654168  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0078  cold-shock DNA-binding domain protein  62.12 
 
 
69 aa  89.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.19657  normal  0.176991 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1521  cold-shock DNA-binding protein family protein  60 
 
 
68 aa  89  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.490356  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0810  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
69 aa  89.4  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4458  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.97 
 
 
69 aa  88.2  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0142  cold shock protein  56.52 
 
 
74 aa  88.6  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2533  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  63.64 
 
 
69 aa  88.2  3e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5928  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 
69 aa  88.6  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0246  cold-shock DNA-binding domain protein  60.87 
 
 
69 aa  87.8  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.251668  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0217  cold-shock DNA-binding domain protein  60.87 
 
 
69 aa  87.8  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3054  cold-shock protein, DNA-binding  63.08 
 
 
66 aa  87.4  5e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0480379 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1949  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.12 
 
 
69 aa  87  8e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.589262  normal  0.169365 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1094  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.61 
 
 
68 aa  87  8e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0243204 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3209  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.62 
 
 
67 aa  86.7  9e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.522557 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0841  cold-shock DNA-binding domain protein  60.61 
 
 
69 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0003  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0809  cold-shock DNA-binding domain protein  59.42 
 
 
69 aa  86.3  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.13645 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2487  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.35 
 
 
67 aa  86.3  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0454544  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0922  cold-shock DNA-binding domain protein  59.42 
 
 
69 aa  86.3  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11423  normal  0.220498 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6591  cold-shock DNA-binding domain protein  56.52 
 
 
69 aa  86.3  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00426867 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3878  cold-shock DNA-binding domain protein  59.42 
 
 
69 aa  86.3  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2980  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 
73 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.0073832  normal  0.0936276 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3396  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
66 aa  86.7  1e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.219248  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5655  cold-shock DNA-binding domain protein  56.52 
 
 
69 aa  86.3  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313891  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3854  cold-shock DNA-binding protein family protein  60 
 
 
69 aa  86.7  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.260503  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4272  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
66 aa  85.9  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.217345  normal  0.672054 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1446  cold-shock family protein  61.9 
 
 
105 aa  85.5  2e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.215876  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2846  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
73 aa  85.9  2e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.495681  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6033  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.42 
 
 
69 aa  85.9  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.263263  normal  0.0669471 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3463  cold-shock DNA-binding domain protein  55.88 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.107115  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1909  cold-shock DNA-binding protein family protein  57.58 
 
 
69 aa  84.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2134  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.64 
 
 
70 aa  85.1  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.895111  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1599  cold-shock protein, DNA-binding  54.41 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.564576  normal  0.380806 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0270  cold-shock DNA-binding domain protein  61.54 
 
 
67 aa  84.7  4e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0769  cold-shock DNA-binding domain protein  58.46 
 
 
69 aa  84.7  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.218929 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0977  cold-shock DNA-binding family protein  57.58 
 
 
69 aa  84.3  5e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.717834  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0367  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60 
 
 
73 aa  83.6  8e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3306  cold-shock DNA-binding protein family protein  60.61 
 
 
69 aa  83.6  8e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0886  cold-shock protein DNA-binding  59.09 
 
 
69 aa  83.6  9e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0757124 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0846  cold-shock DNA-binding domain protein  59.09 
 
 
69 aa  83.6  9e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.012505 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5162  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.09 
 
 
69 aa  83.6  9e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6679  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.38 
 
 
66 aa  82.8  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.703207  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7552  cold-shock DNA-binding protein family protein  59.42 
 
 
69 aa  82.8  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.229595  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2375  cold-shock protein, DNA-binding  57.97 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.583398  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0812  cold-shock DNA-binding domain protein  57.58 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.674883  normal  0.12074 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1810  cold-shock DNA-binding domain protein  57.97 
 
 
69 aa  82.8  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.275955  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2034  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  61.54 
 
 
67 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.465881  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3436  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.35 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5491  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  57.97 
 
 
69 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.599855  normal  0.0633447 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3098  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  56.06 
 
 
69 aa  82.8  0.000000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.392301 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2176  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  58.82 
 
 
69 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.141033  normal  0.0176419 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  58.46 
 
 
267 aa  82.4  0.000000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2320  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  52.94 
 
 
67 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.680465  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3257  cold-shock protein, DNA-binding  58.82 
 
 
69 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0261895 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3947  cold-shock protein DNA-binding  57.58 
 
 
69 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.246482 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>