More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_R0046 on replicon NC_009429
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_4299  tRNA-Asn  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0018  tRNA-Asn  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.224402  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0028  tRNA-Asn  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.227518  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0026  tRNA-Asn  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.294588 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0032  tRNA-Asn  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0046  tRNA-Asn  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6038  tRNA-Asn  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000000594197  hitchhiker  0.00000000000000771476 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0014  tRNA-Asn  98.67 
 
 
75 bp  141  3e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.566187  normal  0.158878 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4300  tRNA-Ser  100 
 
 
72 bp  97.6  3e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.377174  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  92.98 
 
 
72 bp  81.8  0.00000000000002  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.513289  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0036  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000208543  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0061  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00534355  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0061  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000433074  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0047  tRNA-Lys  93.62 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.157742  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0035  tRNA-Lys  93.62 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0034  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.130491  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0055  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.444968  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0037  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000219335  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0005  tRNA-Asn  92.16 
 
 
72 bp  69.9  0.00000000008  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.404272  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0052  tRNA-Asn  92.16 
 
 
72 bp  69.9  0.00000000008  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0060  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000424402  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0028  tRNA-Asn  92.16 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.246384  normal  0.65431 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0593  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0032  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAsnVIMSS1309287  tRNA-Asn  92.16 
 
 
72 bp  69.9  0.00000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.781392 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0060  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000089379  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0059  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000364263  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0037  tRNA-Lys  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.813487  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2046  tRNA-Lys  93.48 
 
 
78 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000370287  hitchhiker  0.00336958 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0071  tRNA-Lys  93.48 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0023  tRNA-Lys  92 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000728017  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0024  tRNA-Lys  92 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000367183  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0025  tRNA-Lys  92 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000379634  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0045  tRNA-Lys  93.48 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.315592  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4239  tRNA-Lys  93.48 
 
 
78 bp  67.9  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00412423  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0052  tRNA-Lys  93.48 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0175495  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00017  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000192994  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00019  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000148305  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00020  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000893076  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00021  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000923528  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00044  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000150882  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0054  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000153086  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0055  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000177997  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0058  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000188503  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0060  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.42893e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0071  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000577417  normal  0.268649 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0064  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000141775  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0817  tRNA-Lys  95.12 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000862266  normal  0.885127 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0036  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000584737  hitchhiker  0.00132337 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0063  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000000152813  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0771  tRNA-Lys  95.12 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000162037  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0770  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000739048  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0768  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000959618  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0819  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00259722  normal  0.860753 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2557  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000373976  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0069  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000622929  normal  0.276829 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0062  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000012796  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0814  tRNA-Lys  95.12 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000653999  normal  0.868526 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0458  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0065  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000124878  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0772  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000175235  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2611  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000669523  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0878  tRNA-Lys  95.12 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000133144  normal  0.655098 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4684  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.3682299999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4661  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000171362  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5024  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000192703  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5023  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000198459  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5022  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000229653  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5052  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000715976  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5020  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000079938  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4660  tRNA-Lys  95.12 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.11514e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0052  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000683016  hitchhiker  0.000091513 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0667  tRNA-Lys  95.12 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000201635  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0666  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000300232  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4226  tRNA-Lys  95.12 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000108643  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4251  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000189937  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4250  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000179224  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4247  tRNA-Lys  95.12 
 
 
71 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000042551  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0882  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000105642  normal  0.563094 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0816  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.0000928863  normal  0.881933 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0583  tRNA-Lys  95.12 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  2.0474e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4253  tRNA-Lys  95.12 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  4.87819e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00467  tRNA-Lys  95.12 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00376  tRNA-Lys  95.12 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4655  tRNA-Lys  95.12 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  8.59319e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0036  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000225732  normal  0.109866 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0038  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000184687  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0039  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000375421  normal  0.109121 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0040  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000351036  normal  0.107458 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0064  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000662129  normal  0.0840838 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4657  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  9.396889999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06830  tRNA-Lys  95.12 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00251  tRNA-Lys  95.12 
 
 
73 bp  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4252  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000173353  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4659  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  8.951839999999999e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0068  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000208772  normal  0.273161 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0073  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623521  normal  0.270802 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0080  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.0000000000294531  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0053  tRNA-Lys  95.12 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000619589  hitchhiker  0.0000900565 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0766  tRNA-Lys  95.12 
 
 
78 bp  65.9  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000107183  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>