38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_4359 on replicon NC_009432
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009432  Rsph17025_4359  relaxase/mobilization nuclease family protein  100 
 
 		 400 aa  807    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.738974 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0017  hypothetical protein  36.98 
 
 		 344 aa  187  4e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.125294 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4977  hypothetical protein  38.44 
 
 		 377 aa  156  6e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4934  relaxase/mobilization nuclease family protein  36.05 
 
 		 368 aa  151  2e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.421912  normal  0.821482 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4188  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  35.99 
 
 		 351 aa  133  6e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.730341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6340  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  34.81 
 
 		 367 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal  0.271931 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4839  plasmid-related protein  35.64 
 
 		 351 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.658809  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3327  plasmid-related protein  35.64 
 
 		 351 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.828723 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1768  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like  33.45 
 
 		 337 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.330763  normal  0.546869 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0462  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like  34.62 
 
 		 349 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4526  hypothetical protein  32.58 
 
 		 368 aa  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2643  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2- like  33.57 
 
 		 337 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.214976  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6491  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  33.57 
 
 		 337 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.440209  normal  0.634473 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5826  hypothetical protein  32.08 
 
 		 363 aa  120  4.9999999999999996e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0785  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  34.48 
 
 		 321 aa  114  3e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00514005 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0791  plasmid-related protein  31.74 
 
 		 344 aa  113  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.435871  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0308  plasmid-related protein  38.66 
 
 		 344 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.518221  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2249  Relaxase/mobilization nuclease family protein  35.44 
 
 		 368 aa  111  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0760  putative DNA relaxase/nickase, TraS/VirD2-like protein  31.4 
 
 		 344 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5017  relaxase/mobilization nuclease family protein  33.9 
 
 		 377 aa  101  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0176  Relaxase/mobilization nuclease family protein  34.97 
 
 		 349 aa  99.4  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0486311 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0150  Cpp17  26.47 
 
 		 416 aa  81.6  0.00000000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  decreased coverage  0.0000847879  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0012  cpp17  27.32 
 
 		 462 aa  77.8  0.0000000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.000347998  n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a001  nickase/relaxase  27.96 
 
 		 438 aa  74.3  0.000000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.0555425  n/a   
 
 
-
 
NC_011204  SeD_B0106  relaxase/Mobilization nuclease domain protein  29.38 
 
 		 393 aa  72.8  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.392069  normal  0.357718 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3989  relaxase/mobilization nuclease family protein  31.94 
 
 		 777 aa  60.8  0.00000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3656  relaxase/mobilization nuclease family protein  31.25 
 
 		 777 aa  59.3  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0486452  decreased coverage  0.000000302342 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3793  relaxase/mobilization nuclease domain-containing protein  30.99 
 
 		 736 aa  57.8  0.0000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  0.00267002  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8212  type IV secretion system T-DNA border endonuclease VirD2  27.91 
 
 		 403 aa  57.4  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9808  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28.57 
 
 		 920 aa  49.3  0.0001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010657  SbBS512_0031  nickase  28.09 
 
 		 409 aa  46.2  0.0009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.743382  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0029  rlx protein, putative  34.62 
 
 		 338 aa  46.2  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0806  hypothetical protein  26.25 
 
 		 1115 aa  46.2  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.885506  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3523  hypothetical protein  29.27 
 
 		 694 aa  45.8  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00323115 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0702  hypothetical protein  30.18 
 
 		 579 aa  44.3  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0049  hypothetical protein  26.53 
 
 		 523 aa  43.9  0.004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  decreased coverage  0.0000616443  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7738  hypothetical protein  29.25 
 
 		 585 aa  43.1  0.009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.789043 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0816  hypothetical protein  29.17 
 
 		 603 aa  43.1  0.01  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>