More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_4091 on replicon NC_009430
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009430  Rsph17025_4091  hypothetical protein  100 
 
 		 174 aa  360  5.0000000000000005e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.177028 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0093  transcription antitermination protein nusG  37.42 
 
 		 177 aa  105  3e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2265  NusG antitermination factor  36.02 
 
 		 175 aa  104  5e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3226  transcriptional activator RfaH  40.62 
 
 		 170 aa  104  7e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0891  transcriptional activator  35.58 
 
 		 167 aa  99.4  2e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2672  transcriptional activator RfaH  34.57 
 
 		 166 aa  99  3e-20  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000489964  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1124  transcriptional activator RfaH  35.58 
 
 		 167 aa  98.6  4e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1705  NusG antitermination factor  38.79 
 
 		 173 aa  98.6  4e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0707648  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3444  transcriptional activator RfaH  38.89 
 
 		 170 aa  98.2  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2265  transcriptional activator rfaH, putative  32.7 
 
 		 167 aa  97.4  1e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000106043  hitchhiker  0.00695369 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15910  transcriptional activator RfaH  34.39 
 
 		 153 aa  91.3  6e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2812  transcription antitermination protein nusG  31.71 
 
 		 178 aa  89  3e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2484  transcriptional activator RfaH  35.8 
 
 		 174 aa  87.8  6e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2894  transcriptional acivator RfaH  32.03 
 
 		 168 aa  87  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000245267  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3194  transcriptional activator rfaH, putative  31.08 
 
 		 166 aa  86.7  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2844  NusG antitermination factor  31.06 
 
 		 170 aa  86.7  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.117724  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2544  NusG antitermination factor  29.05 
 
 		 168 aa  85.1  5e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2142  transcription antitermination protein nusG  33.54 
 
 		 182 aa  85.1  5e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.592011  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3036  transcriptional acivator RfaH  30.72 
 
 		 168 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00758207  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1314  transcription antitermination protein nusG  30.72 
 
 		 166 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0397005  normal  0.368263 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1381  transcription antitermination protein nusG  30.72 
 
 		 166 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.111282  normal  0.154927 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1374  transcription antitermination protein nusG  29.73 
 
 		 166 aa  82.8  0.000000000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000814975  hitchhiker  0.00000420235 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1469  transcriptional acivator RfaH  30.72 
 
 		 168 aa  82  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000410204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2904  transcriptional acivator RfaH  30.72 
 
 		 168 aa  82  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00160957  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1398  NusG antitermination factor  30.64 
 
 		 175 aa  81.6  0.000000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000128095  normal  0.158725 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3907  transcriptional activator RfaH  33.33 
 
 		 162 aa  80.5  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.519229  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3937  transcriptional activator RfaH  32 
 
 		 161 aa  79.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0279  transcriptional activator RfaH  32 
 
 		 162 aa  79.3  0.00000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1394  transcriptional acivator RfaH  28.4 
 
 		 173 aa  78.6  0.00000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0133861  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0559  transcription antitermination protein  30.46 
 
 		 182 aa  78.2  0.00000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00288108  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0573  transcription antitermination protein  30.46 
 
 		 182 aa  78.2  0.00000000000006  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000169093  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0546  NGN domain protein  35.77 
 
 		 168 aa  77.8  0.00000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00381555 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0256  transcriptional activator RfaH  31.25 
 
 		 162 aa  77.8  0.00000000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.108005 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03733  transcriptional activator RfaH  31.25 
 
 		 162 aa  77  0.0000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4185  transcriptional activator RfaH  31.87 
 
 		 162 aa  77  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.143916  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4139  transcriptional acivator RfaH  31.25 
 
 		 162 aa  77  0.0000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4064  transcriptional activator RfaH  31.25 
 
 		 162 aa  77  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4208  transcriptional activator RfaH  31.87 
 
 		 162 aa  77  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5280  transcriptional activator RfaH  31.25 
 
 		 162 aa  77  0.0000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.311175  normal  0.111679 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4257  transcriptional activator RfaH  31.87 
 
 		 162 aa  77  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4168  transcriptional activator RfaH  31.25 
 
 		 162 aa  77  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1650  transcriptional acivator RfaH  28.92 
 
 		 179 aa  77  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0204524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4304  transcriptional activator RfaH  31.87 
 
 		 162 aa  77  0.0000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4048  transcriptional activator RfaH  32.3 
 
 		 162 aa  76.6  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4222  transcriptional activator RfaH  31.25 
 
 		 162 aa  77.4  0.0000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00601937 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4311  transcriptional activator RfaH  31.25 
 
 		 162 aa  77  0.0000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03682  hypothetical protein  31.25 
 
 		 162 aa  77  0.0000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4360  transcriptional activator RfaH  31.25 
 
 		 162 aa  77  0.0000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.659634  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4364  transcriptional activator RfaH  31.87 
 
 		 162 aa  76.3  0.0000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.394669  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1908  transcriptional activator RfaH  31.33 
 
 		 162 aa  76.6  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00305393 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3953  transcriptional activator RfaH  31.68 
 
 		 163 aa  75.9  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.038453 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0177  transcription termination/antitermination factor NusG  29.31 
 
 		 182 aa  75.5  0.0000000000004  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0856403  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3755  transcriptional activator RfaH  32 
 
 		 162 aa  74.7  0.0000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4239  transcriptional activator RfaH  31.68 
 
 		 162 aa  74.7  0.0000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3033  NusG antitermination factor  24.86 
 
 		 179 aa  73.9  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201282  hitchhiker  0.00738104 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4020  NusG antitermination factor  28.25 
 
 		 189 aa  72.8  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.579663  normal  0.523412 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1824  NusG antitermination factor  33.6 
 
 		 201 aa  73.2  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0854  transcription antitermination protein NusG  27.01 
 
 		 174 aa  72.4  0.000000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000907525  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2719  transcription antitermination protein nusG  25.86 
 
 		 177 aa  71.2  0.000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00403072  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2473  transcription antitermination protein nusG  24.42 
 
 		 175 aa  70.9  0.000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147395  decreased coverage  0.00105272 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0405  NusG antitermination factor  26.29 
 
 		 175 aa  70.5  0.00000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000272103  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2130  NusG antitermination factor  26.32 
 
 		 176 aa  70.1  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0645684  normal  0.768925 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3466  NusG antitermination factor  28.83 
 
 		 169 aa  69.7  0.00000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  24.12 
 
 		 175 aa  69.3  0.00000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0093  transcription antitermination protein NusG  25.99 
 
 		 177 aa  68.6  0.00000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3340  NusG antitermination factor  27.49 
 
 		 175 aa  68.6  0.00000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0014891 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0921  NusG antitermination factor  27.49 
 
 		 175 aa  68.6  0.00000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01331  transcriptional activator RfaH  32.89 
 
 		 166 aa  67.8  0.00000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0307  NusG antitermination factor  24.29 
 
 		 172 aa  67.4  0.00000000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000155754  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0180  transcription antitermination protein nusG  24.84 
 
 		 174 aa  67  0.0000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000727534  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01040  NusG antitermination factor  23.16 
 
 		 176 aa  66.2  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.9624500000000004e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  27.61 
 
 		 194 aa  66.6  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2226  NusG antitermination factor  26.29 
 
 		 179 aa  66.6  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0470266 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  25.57 
 
 		 187 aa  66.2  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4288  NusG antitermination factor  26.67 
 
 		 177 aa  65.5  0.0000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000127222  hitchhiker  0.00000238714 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1512  NusG antitermination factor  28.25 
 
 		 181 aa  65.9  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000324122  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2725  NusG antitermination factor  28.83 
 
 		 181 aa  65.9  0.0000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0672465  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  27.61 
 
 		 194 aa  65.9  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3921  transcription antitermination protein NusG  25 
 
 		 177 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.326446  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0505  NusG antitermination factor  26.01 
 
 		 194 aa  65.5  0.0000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1375  NusG antitermination factor  30.41 
 
 		 176 aa  65.1  0.0000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000078055  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0689  transcription termination/antitermination factor NusG  26.36 
 
 		 177 aa  65.1  0.0000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  4.8031099999999993e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2868  transcription antitermination protein NusG  24.71 
 
 		 175 aa  64.7  0.0000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.157482  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0614  transcription antitermination protein nusG  26.32 
 
 		 175 aa  64.7  0.0000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000451246 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  24.85 
 
 		 188 aa  64.3  0.0000000009  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3251  NusG antitermination factor  25.43 
 
 		 196 aa  63.9  0.000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1148  NusG antitermination factor  29.28 
 
 		 207 aa  63.5  0.000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000000795097  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0643  NusG antitermination factor  26.46 
 
 		 190 aa  63.9  0.000000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.313093  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0386  NusG antitermination factor  25.99 
 
 		 243 aa  63.9  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1056  NusG antitermination factor  26.32 
 
 		 175 aa  63.5  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4536  transcription antitermination protein nusG  26.14 
 
 		 197 aa  63.9  0.000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.151972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3902  transcription antitermination protein nusG  25.29 
 
 		 196 aa  63.5  0.000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6062  NusG antitermination factor  27.59 
 
 		 273 aa  62.8  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.275139  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2347  NusG antitermination factor  21.84 
 
 		 203 aa  63.2  0.000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00861255  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0202  NusG antitermination factor  24.42 
 
 		 175 aa  63.5  0.000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000100106  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1322  NusG antitermination factor  26.47 
 
 		 173 aa  63.2  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0583  NusG antitermination factor  25.43 
 
 		 203 aa  62  0.000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2167  transcription antitermination protein nusG  26.55 
 
 		 176 aa  62  0.000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0599696  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5109  NusG antitermination factor  26.63 
 
 		 280 aa  62  0.000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.210055  normal  0.503084 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2727  transcription antitermination protein NusG  24.29 
 
 		 173 aa  61.6  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.00000000231541  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>