More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3976 on replicon NC_009430
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009430  Rsph17025_3976  short chain dehydrogenase  100 
 
 
245 aa  476  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00930617  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2832  short chain dehydrogenase  65.56 
 
 
244 aa  320  9.999999999999999e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0580098  normal  0.214495 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2164  short chain dehydrogenase  55.19 
 
 
247 aa  251  9.000000000000001e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4050  short chain dehydrogenase  48.33 
 
 
243 aa  246  2e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119249  normal  0.0322229 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1597  short chain dehydrogenase  56.43 
 
 
245 aa  243  3e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139184  normal  0.109463 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1026  short chain dehydrogenase  49.79 
 
 
270 aa  238  9e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.969015  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0143  short chain dehydrogenase  49.38 
 
 
243 aa  226  3e-58  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.896795 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5791  short chain dehydrogenase  51.85 
 
 
249 aa  225  4e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7180  short chain dehydrogenase  52.89 
 
 
248 aa  223  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367118  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1219  short chain dehydrogenase  43.75 
 
 
243 aa  220  9.999999999999999e-57  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2567  short chain dehydrogenase  47.74 
 
 
245 aa  187  1e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1950  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.16 
 
 
246 aa  182  3e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2273  short chain dehydrogenase  46.5 
 
 
246 aa  178  8e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.869936  normal  0.452458 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0896  short chain dehydrogenase  44.03 
 
 
246 aa  177  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0171  short chain dehydrogenase  43.62 
 
 
246 aa  176  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.808724 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2301  short chain dehydrogenase  43.62 
 
 
246 aa  176  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00458311  hitchhiker  0.00750193 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3786  short chain dehydrogenase  44.03 
 
 
246 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.468877 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
248 aa  172  5.999999999999999e-42  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6249  short chain dehydrogenase  45.27 
 
 
245 aa  171  1e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03335  putative oxidoreductase  34.57 
 
 
240 aa  164  2.0000000000000002e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.472323  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.25 
 
 
254 aa  162  4.0000000000000004e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.904003  normal  0.571542 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22830  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  40.91 
 
 
247 aa  153  2e-36  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.702609 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3135  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.28 
 
 
246 aa  152  2.9999999999999998e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
247 aa  152  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.351821  normal  0.500614 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3435  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.15 
 
 
249 aa  150  1e-35  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.220031  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12109  short-chain type dehydrogenase  42.56 
 
 
249 aa  141  9.999999999999999e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0969854  normal  0.809118 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 
251 aa  139  3.9999999999999997e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.150929 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0498  short chain dehydrogenase  41.22 
 
 
243 aa  138  7e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.795397 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.257102  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.362714  normal  0.975867 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.49 
 
 
260 aa  134  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.712859 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.41 
 
 
252 aa  132  3e-30  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.907428  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.74 
 
 
247 aa  132  3.9999999999999996e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0286474  normal  0.0317437 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.5 
 
 
254 aa  132  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.7 
 
 
249 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.08 
 
 
247 aa  131  1.0000000000000001e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0680281  normal  0.231101 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.54 
 
 
244 aa  130  1.0000000000000001e-29  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.52 
 
 
245 aa  129  5.0000000000000004e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.68 
 
 
255 aa  127  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.376241  normal  0.808586 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.29 
 
 
256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.108863  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.53 
 
 
241 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.914636  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01390  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  36.48 
 
 
251 aa  126  3e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.253341 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3873  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.65 
 
 
257 aa  123  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00422733 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.25 
 
 
249 aa  122  5e-27  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.726547  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.13 
 
 
254 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1708  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
250 aa  119  6e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.361807  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.52 
 
 
252 aa  113  2.0000000000000002e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.17 
 
 
249 aa  105  5e-22  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.786749  normal  0.588294 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13825  short chain dehydrogenase  32.11 
 
 
254 aa  105  5e-22  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.17 
 
 
249 aa  105  8e-22  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5382  short chain dehydrogenase  31.17 
 
 
256 aa  105  8e-22  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5001  short chain dehydrogenase  31.17 
 
 
256 aa  105  8e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5089  short chain dehydrogenase  31.17 
 
 
256 aa  105  8e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.415289 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2462  putative short chain dehydrogenase  37.25 
 
 
255 aa  99.4  5e-20  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5628  short chain dehydrogenase  30.92 
 
 
260 aa  97.8  1e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391011  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0449  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
257 aa  97.4  2e-19  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.237578  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1177  short chain dehydrogenase  31.82 
 
 
260 aa  97.1  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.56412  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.49 
 
 
250 aa  95.9  5e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1759  hypothetical protein  28.85 
 
 
240 aa  95.1  9e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1759  hypothetical protein  29.37 
 
 
240 aa  94.4  1e-18  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.58 
 
 
254 aa  94.4  2e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2534  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.24 
 
 
247 aa  94  2e-18  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  31.4 
 
 
261 aa  92.8  4e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 
244 aa  92.8  5e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.46714  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.91 
 
 
253 aa  91.3  1e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.29884  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  31.98 
 
 
270 aa  90.5  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3806  short chain dehydrogenase  33.2 
 
 
260 aa  90.1  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0151  short chain dehydrogenase  32.54 
 
 
261 aa  89  7e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  31.95 
 
 
258 aa  89  7e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5291  short chain dehydrogenase  32.4 
 
 
260 aa  88.6  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  31.58 
 
 
270 aa  88.2  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.43 
 
 
249 aa  88.2  1e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.02 
 
 
238 aa  86.7  3e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000136725 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6048  short chain dehydrogenase  32.1 
 
 
266 aa  85.9  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2291  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.79 
 
 
262 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.448302  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3288  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.79 
 
 
262 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2168  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.79 
 
 
262 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408948  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3273  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.79 
 
 
262 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1063  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.79 
 
 
262 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0537  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.79 
 
 
262 aa  84.7  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.618923  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0458  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.68 
 
 
257 aa  83.2  0.000000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.706164 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0718  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.49 
 
 
263 aa  81.6  0.000000000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.520585  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3237  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  32.35 
 
 
262 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.85457  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0286  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.78 
 
 
267 aa  81.3  0.00000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.96 
 
 
245 aa  81.6  0.00000000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.41 
 
 
262 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.128983  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0153  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.63 
 
 
262 aa  81.3  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.418257  normal  0.135019 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.83 
 
 
238 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0366896 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2785  short chain dehydrogenase  34.01 
 
 
254 aa  80.5  0.00000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.73728  normal  0.939169 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.54 
 
 
242 aa  80.9  0.00000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2049  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.19 
 
 
230 aa  80.5  0.00000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3871  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.04 
 
 
263 aa  80.1  0.00000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2157  acetoacetyl-CoA reductase  30.97 
 
 
264 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.722529  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2771  acetoacetyl-CoA reductase  30.97 
 
 
264 aa  79.7  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3865  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  30.83 
 
 
277 aa  79.3  0.00000000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0557  acetoacetyl-CoA reductase  29.73 
 
 
248 aa  79.3  0.00000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.306822  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.72 
 
 
249 aa  79  0.00000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5927  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.06 
 
 
248 aa  78.6  0.00000000000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.142802 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3253  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
264 aa  78.6  0.0000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.200417  normal  0.189117 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.64 
 
 
261 aa  78.2  0.0000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0372396  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>