More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3743 on replicon NC_009429
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0053  integrase catalytic subunit  100 
 
 
319 aa  669    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.142705  normal  0.776199 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3839  hypothetical protein  100 
 
 
319 aa  669    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.247548  normal  0.0595051 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3743  hypothetical protein  100 
 
 
319 aa  669    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1814  integrase catalytic subunit  100 
 
 
319 aa  669    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0485004  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2917  integrase, catalytic region  73.21 
 
 
321 aa  489  1e-137  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.437302 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0308  integrase, catalytic region  71.79 
 
 
316 aa  484  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0481  integrase, catalytic region  71.79 
 
 
316 aa  484  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.791017  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1097  integrase, catalytic region  71.79 
 
 
316 aa  484  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.495543  normal  0.303219 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1296  integrase, catalytic region  71.79 
 
 
316 aa  484  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1717  integrase, catalytic region  71.79 
 
 
316 aa  484  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0171721  normal  0.307075 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2225  integrase, catalytic region  71.47 
 
 
316 aa  482  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00213091  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2818  integrase, catalytic region  71.79 
 
 
316 aa  484  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2899  integrase, catalytic region  71.7 
 
 
327 aa  482  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0219368 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2918  integrase, catalytic region  71.7 
 
 
316 aa  481  1e-135  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.423404 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2422  Integrase catalytic region  65.76 
 
 
330 aa  438  9.999999999999999e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3258  Integrase catalytic region  65.76 
 
 
330 aa  439  9.999999999999999e-123  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2721  Integrase catalytic region  65.65 
 
 
330 aa  437  1e-121  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.562875  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2291  Integrase catalytic region  65.45 
 
 
348 aa  436  1e-121  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.152349 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1668  Integrase catalytic region  65.65 
 
 
330 aa  437  1e-121  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.412192  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1875  Integrase catalytic region  65.45 
 
 
355 aa  434  1e-121  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0702445 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0692  Integrase catalytic region  65.65 
 
 
330 aa  437  1e-121  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.229145  normal  0.133209 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0481  integrase catalytic region  64.07 
 
 
463 aa  434  1e-121  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0176  transposase, putative  61.08 
 
 
320 aa  417  9.999999999999999e-116  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0366  integrase, catalytic region  69.1 
 
 
329 aa  416  9.999999999999999e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.680873 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1293  integrase, catalytic region  69.44 
 
 
329 aa  417  9.999999999999999e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.345302  normal  0.407109 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3474  hypothetical protein  100 
 
 
206 aa  405  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.180544 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5447  Integrase catalytic region  67.15 
 
 
277 aa  394  1e-108  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.681137  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1054  integrase catalytic subunit  57.99 
 
 
316 aa  374  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.161609  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1353  integrase catalytic subunit  57.99 
 
 
316 aa  374  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.4232  normal  0.0729626 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1780  integrase catalytic subunit  57.99 
 
 
316 aa  374  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0228632  normal  0.851382 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2400  integrase catalytic subunit  57.99 
 
 
316 aa  374  1e-103  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.61618  normal  0.0278741 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0224  integrase catalytic subunit  57.68 
 
 
316 aa  373  1e-102  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1767  integrase catalytic subunit  57.68 
 
 
316 aa  373  1e-102  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.417793 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2850  integrase, catalytic region  69.58 
 
 
329 aa  353  2e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0838  integrase, catalytic region  69.58 
 
 
286 aa  353  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.204021  hitchhiker  0.00436144 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3372  integrase catalytic region  54.86 
 
 
321 aa  351  8e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0952  hypothetical protein  53.89 
 
 
320 aa  349  3e-95  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1273  hypothetical protein  56 
 
 
314 aa  343  2e-93  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0999856 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0554  hypothetical protein  54.55 
 
 
314 aa  336  2.9999999999999997e-91  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    unclonable  0.000000000279647 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25530  Integrase, catalytic domain-containing protein  62.31 
 
 
265 aa  329  3e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1176  hypothetical protein  55.2 
 
 
284 aa  312  3.9999999999999997e-84  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.118975 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7134  Integrase catalytic core  67.26 
 
 
303 aa  308  1.0000000000000001e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0122  integrase, catalytic region  67 
 
 
221 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3472  hypothetical protein  91.85 
 
 
170 aa  267  2e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.119399 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0529  integrase, catalytic core  55.17 
 
 
259 aa  254  1.0000000000000001e-66  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2557  integrase, catalytic region  72.9 
 
 
188 aa  239  4e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.805017  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2839  integrase, catalytic region  69.23 
 
 
153 aa  225  6e-58  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.489873  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1515  integrase catalytic region  66.67 
 
 
178 aa  225  9e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.60322  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1128  integrase catalytic subunit  50.26 
 
 
280 aa  199  6e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0142  integrase, catalytic region  81.48 
 
 
111 aa  186  5e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1251  integrase catalytic subunit  36.16 
 
 
333 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.093017 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1301  integrase catalytic subunit  35.94 
 
 
321 aa  174  9.999999999999999e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.117909 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4152  transposase ISRme5 (copy d)  36.16 
 
 
321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.29962  normal  0.334182 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1280  integrase catalytic subunit  36.16 
 
 
463 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.722165  normal  0.296416 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1631  Integrase catalytic region  37.04 
 
 
329 aa  164  1.0000000000000001e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2660  integrase catalytic subunit  36.76 
 
 
323 aa  162  5.0000000000000005e-39  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.271661 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3549  integrase catalytic region  45.25 
 
 
216 aa  162  8.000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.032093 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3767  hypothetical protein  78.22 
 
 
128 aa  160  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0344  Integrase catalytic region  37.31 
 
 
325 aa  157  2e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000845152  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3709  Integrase catalytic region  37.58 
 
 
325 aa  155  6e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal  0.108327 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1401  integrase catalytic subunit  35.58 
 
 
323 aa  153  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7791  Integrase catalytic region  33.86 
 
 
323 aa  150  2e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.562755  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1424  integrase catalytic subunit  35.38 
 
 
323 aa  150  3e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2535  integrase catalytic subunit  34.97 
 
 
323 aa  150  4e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.557756 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0793  putative integrase  33.44 
 
 
343 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.638394 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0021  putative integrase  33.33 
 
 
332 aa  145  9e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.468061 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2179  transposase  34.65 
 
 
325 aa  143  4e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2194  putative transposase  35.44 
 
 
329 aa  142  5e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0120  hypothetical protein  34.94 
 
 
497 aa  142  6e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0917  transposase  35.44 
 
 
327 aa  142  6e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2250  putative transposase  35.44 
 
 
333 aa  142  6e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2493  transposase, putative  35.44 
 
 
325 aa  142  6e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2728  putative transposase  35.35 
 
 
441 aa  142  7e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1378  putative integrase  37.15 
 
 
325 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00372186  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1782  putative integrase  37.15 
 
 
325 aa  142  9.999999999999999e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5037  Integrase catalytic region  34.15 
 
 
274 aa  125  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0252  transposase (class I)  79.71 
 
 
83 aa  123  5e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4022  Integrase catalytic region  30.38 
 
 
330 aa  119  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.500717  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0443  integrase, catalytic region  68.83 
 
 
83 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.818125 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33450  integrase, catalytic core  49.12 
 
 
185 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5325  hypothetical protein  87.72 
 
 
197 aa  105  7e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.969651  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2447  integrase catalytic subunit  31.8 
 
 
238 aa  102  1e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1603  transcriptional regulator, putative  43.61 
 
 
302 aa  98.2  2e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1327  transcriptional regulator, putative  38.92 
 
 
289 aa  97.8  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2906  transcriptional regulator, putative  41.67 
 
 
288 aa  96.7  5e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2839  transcriptional regulator, putative  43.94 
 
 
289 aa  95.9  7e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2732  transcriptional regulator, putative  43.94 
 
 
289 aa  95.9  8e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3201  transcriptional regulator, putative  41.26 
 
 
288 aa  95.1  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2665  transcriptional regulator, putative  43.94 
 
 
289 aa  95.5  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01280  transposase  36.22 
 
 
216 aa  94  3e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0995831  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00518  transposase  36.22 
 
 
216 aa  94  3e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2664  transcriptional regulator, putative  38.35 
 
 
284 aa  89.4  7e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1424  transcriptional regulator, putative  39.69 
 
 
288 aa  89.4  8e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1420  transcriptional regulator, putative  41.09 
 
 
289 aa  89  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1454  transcriptional regulator, putative  41.09 
 
 
289 aa  89  1e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0697104  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1426  transcriptional regulator, putative  41.09 
 
 
289 aa  89  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2928  transcriptional regulator, putative  41.09 
 
 
289 aa  89  1e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1371  Fis family transcriptional regulator  38.18 
 
 
179 aa  87  4e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0199142  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1116  transcriptional regulator, putative  46.49 
 
 
272 aa  86.7  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1222  transcriptional regulator, putative  25.72 
 
 
293 aa  86.3  7e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>