152 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3247 on replicon NC_009429
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007494  RSP_3719  capsular polysaccharide synthesis protein  89.88 
 
 
504 aa  797    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.660756  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3453  polysaccharide biosynthesis protein  89.68 
 
 
504 aa  799    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.231581  normal  0.276623 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3247  hypothetical protein  100 
 
 
504 aa  972    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.443821 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3325  capsular polysaccharide synthesis protein  59.08 
 
 
501 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0402719  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3234  hypothetical protein  60 
 
 
501 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.851144 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4050  polysaccharide biosynthesis protein  59.5 
 
 
501 aa  526  1e-148  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0232705  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1128  polysaccharide biosynthesis protein  43.06 
 
 
508 aa  339  7e-92  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4527  polysaccharide biosynthesis protein  44.04 
 
 
514 aa  327  3e-88  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0212681  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0755  polysaccharide biosynthesis protein  39.01 
 
 
509 aa  245  9.999999999999999e-64  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.208479  hitchhiker  0.000633755 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0959  polysaccharide biosynthesis protein  31.03 
 
 
507 aa  241  2e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.463936  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2620  polysaccharide biosynthesis protein  33.47 
 
 
503 aa  224  2e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.509429  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01400  exopolysaccharide xanthan biosynthesis protein GumJ  31.42 
 
 
497 aa  198  2.0000000000000003e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1475  polysaccharide biosynthesis protein  32.54 
 
 
510 aa  197  4.0000000000000005e-49  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.005815  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1531  GumJ protein  32.54 
 
 
510 aa  197  5.000000000000001e-49  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.107996  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0742  polysaccharide biosynthesis protein  33.41 
 
 
575 aa  194  3e-48  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0990051  hitchhiker  0.00811883 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1004  polysaccharide biosynthesis protein  32.94 
 
 
514 aa  183  6e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.0175607 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2893  polysaccharide biosynthesis protein  32.32 
 
 
500 aa  172  9e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6553  polysaccharide biosynthesis protein  28.31 
 
 
484 aa  167  2.9999999999999998e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.413404 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0174  colanic acid exporter  29.36 
 
 
483 aa  164  3e-39  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.83222  normal  0.572056 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2184  putative polysaccharide biosynthesis protein  25.13 
 
 
476 aa  163  9e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000339542  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4201  polysaccharide biosynthesis protein  28.46 
 
 
487 aa  162  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.964317 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2660  colanic acid exporter  25.63 
 
 
492 aa  159  1e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.267405  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1570  polysaccharide biosynthesis protein  29.18 
 
 
497 aa  157  5.0000000000000005e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.482446 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1611  polysaccharide biosynthesis protein  24.62 
 
 
492 aa  153  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000161996  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2338  colanic acid exporter  24.62 
 
 
492 aa  153  7e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02920  membrane protein involved in the export of O-antigen and teichoic acid  32.57 
 
 
502 aa  153  7e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2284  colanic acid exporter  23.9 
 
 
510 aa  152  1e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000490639 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2335  colanic acid exporter  23.9 
 
 
510 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.673501  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2442  colanic acid exporter  23.9 
 
 
510 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000846764 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2227  colanic acid exporter  24.12 
 
 
503 aa  151  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.125419  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2980  colanic acid exporter  24.62 
 
 
492 aa  151  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.638348  hitchhiker  0.000245488 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2328  colanic acid exporter  23.9 
 
 
510 aa  152  2e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.663239  normal  0.0902335 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1016  colanic acid exporter  24.62 
 
 
492 aa  151  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.6233  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01952  colanic acid exporter  24.62 
 
 
492 aa  151  3e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0109189  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01941  hypothetical protein  24.62 
 
 
492 aa  151  3e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0074842  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1595  colanic acid exporter  24.62 
 
 
492 aa  151  3e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.14866  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0032  polysaccharide biosynthesis protein  26.45 
 
 
487 aa  151  3e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.166793 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1186  colanic acid exporter  24.62 
 
 
492 aa  150  4e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1963  colanic acid exporter  27.82 
 
 
493 aa  149  8e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4019  polysaccharide biosynthesis protein  26.49 
 
 
483 aa  137  4e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3101  polysaccharide biosynthesis protein  25.32 
 
 
489 aa  134  3e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0405344  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1320  polysaccharide biosynthesis protein  26.76 
 
 
475 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0368639 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2377  polysaccharide biosynthesis protein  29.01 
 
 
486 aa  127  5e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.319736  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0176  polysaccharide biosynthesis protein  26.57 
 
 
503 aa  127  6e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.15145  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2335  polysaccharide biosynthesis protein  23.9 
 
 
490 aa  126  9e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.000000025001  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0892  polysaccharide biosynthesis protein  30.84 
 
 
484 aa  126  9e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2240  polysaccharide biosynthesis protein  23.19 
 
 
487 aa  125  2e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0691  polysaccharide biosynthesis protein  25.79 
 
 
502 aa  124  4e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1408  polysaccharide biosynthesis protein  27.06 
 
 
482 aa  121  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3930  polysaccharide biosynthesis protein  25.12 
 
 
480 aa  114  5e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3580  polysaccharide biosynthesis protein  24.79 
 
 
488 aa  113  6e-24  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3104  polysaccharide biosynthesis protein  27.23 
 
 
502 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1591  polysaccharide biosynthesis protein  22.47 
 
 
479 aa  111  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.267568  normal  0.0585541 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0730  putative polysaccharide transport protein  25.98 
 
 
505 aa  108  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1968  polysaccharide biosynthesis protein  21.78 
 
 
477 aa  108  3e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.901691  hitchhiker  0.000000136517 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3244  polysaccharide biosynthesis protein  23.66 
 
 
487 aa  108  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3680  polysaccharide biosynthesis protein  24.94 
 
 
515 aa  107  4e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01943  O antigen translocase (Wzx)  21.99 
 
 
475 aa  102  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1118  polysaccharide biosynthesis protein  28.54 
 
 
484 aa  102  2e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01932  hypothetical protein  21.99 
 
 
474 aa  102  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4470  polysaccharide biosynthesis protein  26.79 
 
 
493 aa  100  5e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4554  polysaccharide biosynthesis protein  25.47 
 
 
471 aa  100  6e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.184462  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0839  polysaccharide biosynthesis protein  21.69 
 
 
423 aa  98.6  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.305723  normal  0.0285529 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2012  polysaccharide biosynthesis protein  22.52 
 
 
483 aa  98.6  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.715057 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4951  polysaccharide biosynthesis protein  26.2 
 
 
494 aa  98.6  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.656313  normal  0.110615 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2967  polysaccharide biosynthesis protein  26.93 
 
 
500 aa  98.2  3e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2653  polysaccharide biosynthesis protein  28.21 
 
 
448 aa  97.8  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0424985 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3770  polysaccharide biosynthesis protein  29.01 
 
 
497 aa  96.7  9e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.700837  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1495  polysaccharide biosynthesis protein  29.39 
 
 
503 aa  96.3  1e-18  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.994963  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0846  polysaccharide biosynthesis protein  20.89 
 
 
421 aa  94.7  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.556284  hitchhiker  0.00594876 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2656  polysaccharide biosynthesis protein  27.81 
 
 
502 aa  94.7  3e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.123268  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2685  polysaccharide biosynthesis protein  24.73 
 
 
424 aa  95.1  3e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.996313  normal  0.698647 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1735  PST family polysaccharide transporter  21.2 
 
 
479 aa  94.4  5e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6454  polysaccharide biosynthesis protein  23.44 
 
 
508 aa  93.6  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.24308 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5931  succinoglycan biosynthesis transport protein  26.52 
 
 
492 aa  93.2  9e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3216  polysaccharide biosynthesis protein  26 
 
 
500 aa  92.4  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0292  polysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 
499 aa  91.3  4e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.53568  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3128  polysaccharide biosynthesis protein  26.05 
 
 
493 aa  90.9  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2629  polysaccharide biosynthesis protein  27.27 
 
 
504 aa  90.1  8e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3400  polysaccharide biosynthesis protein  24.76 
 
 
493 aa  90.1  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.46143  normal  0.138199 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0311  hypothetical protein  26.15 
 
 
488 aa  89.4  1e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.23799 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0649  polysaccharide biosynthesis protein  24.46 
 
 
498 aa  89  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1890  polysaccharide biosynthesis protein  26.11 
 
 
507 aa  87.8  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.673288  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1910  polysaccharide biosynthesis protein  26.77 
 
 
520 aa  87.8  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01297  Polysaccharide biosynthesis protein  24.09 
 
 
483 aa  87.8  4e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.833887  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5251  polysaccharide biosynthesis protein  29.14 
 
 
490 aa  86.3  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.179793 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2181  polysaccharide biosynthesis protein  25.13 
 
 
482 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000138361 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2706  polysaccharide biosynthesis protein  23.56 
 
 
510 aa  84.7  0.000000000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.513472 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3039  polysaccharide biosynthesis protein  25.83 
 
 
482 aa  82.8  0.00000000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1746  polysaccharide biosynthesis protein  27.43 
 
 
509 aa  82.8  0.00000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0155  ATPase  20.57 
 
 
483 aa  82  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1190  polysaccharide biosynthesis protein  22.18 
 
 
490 aa  81.6  0.00000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5180  polysaccharide biosynthesis protein  25 
 
 
467 aa  80.5  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3839  polysaccharide biosynthesis protein  25.38 
 
 
507 aa  80.5  0.00000000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.133481 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3348  polysaccharide biosynthesis protein  24.81 
 
 
502 aa  80.1  0.00000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1942  polysaccharide biosynthesis protein  24.25 
 
 
491 aa  79.7  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3901  polysaccharide biosynthesis protein  27.21 
 
 
498 aa  80.1  0.0000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1426  polysaccharide biosynthesis protein  26.07 
 
 
455 aa  79.7  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1061  membrane protein  28.97 
 
 
512 aa  78.2  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.597487 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3684  polysaccharide biosynthesis protein  28.06 
 
 
490 aa  77  0.0000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0592169  normal  0.904888 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>