More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_3187 on replicon NC_009429
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3187  positive regulator of sigma E, RseC/MucC  100 
 
 		 365 aa  712    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.600776  normal  0.981913 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3926  ApbE family lipoprotein  78.61 
 
 		 366 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.166642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3188  ApbE family protein  78.31 
 
 		 524 aa  452  1.0000000000000001e-126  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2411  putative thaimine biosynthesis protein  48.54 
 
 		 362 aa  265  1e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2906  ApbE family lipoprotein  46.2 
 
 		 347 aa  247  3e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0353  ApbE family lipoprotein  44.05 
 
 		 350 aa  239  5.999999999999999e-62  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.315811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0575  ApbE family lipoprotein  43.49 
 
 		 344 aa  236  6e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0009  ApbE-like lipoprotein  41.19 
 
 		 346 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.109653  normal  0.0510654 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1826  ApbE-like lipoprotein  38.91 
 
 		 351 aa  233  5e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2326  ApbE family protein  39.64 
 
 		 352 aa  212  9e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.211712  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2058  ApbE family protein  39.58 
 
 		 370 aa  207  3e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.673444  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2113  ApbE family protein  39.58 
 
 		 352 aa  206  6e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0996  ApbE family protein  39.58 
 
 		 352 aa  206  8e-52  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2402  ApbE family lipoprotein  40.58 
 
 		 350 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0936  ApbE family lipoprotein  40.32 
 
 		 349 aa  189  9e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0317624  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2253  ApbE family protein  42.91 
 
 		 291 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0511  ApbE family lipoprotein  31.46 
 
 		 360 aa  159  6e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0959  ApbE family lipoprotein  32.32 
 
 		 343 aa  140  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3299  ApbE family lipoprotein  30.84 
 
 		 359 aa  138  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.753835  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3311  thiamine biosynthesis lipoprotein  31.66 
 
 		 331 aa  137  2e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.465607  hitchhiker  0.00000384441 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3160  putative thiamine biosynthesis lipoprotein apbE  30.84 
 
 		 345 aa  137  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1878  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  35.04 
 
 		 367 aa  132  9e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03269  hypothetical protein  32.75 
 
 		 379 aa  131  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  28.62 
 
 		 363 aa  131  2.0000000000000002e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002713  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  34.35 
 
 		 334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  34.27 
 
 		 349 aa  127  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2363  putative thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  31.3 
 
 		 343 aa  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  27.91 
 
 		 344 aa  127  4.0000000000000003e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0035  hypothetical protein  39.66 
 
 		 331 aa  125  1e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0458  ApbE-like lipoprotein  36.32 
 
 		 341 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3497  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.77 
 
 		 349 aa  123  5e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.891995  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2533  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  31.6 
 
 		 341 aa  122  8e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.903036 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  33.09 
 
 		 336 aa  122  9.999999999999999e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1086  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  31.02 
 
 		 343 aa  120  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1109  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  33.74 
 
 		 347 aa  121  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0237  ApbE family lipoprotein  38.97 
 
 		 335 aa  121  1.9999999999999998e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  31.4 
 
 		 355 aa  120  3e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1244  ApbE family lipoprotein  31.64 
 
 		 348 aa  120  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.462864  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00751  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  32.36 
 
 		 350 aa  120  3.9999999999999996e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.182367  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2757  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.87 
 
 		 348 aa  119  6e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0955  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  31.13 
 
 		 345 aa  118  9.999999999999999e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  33.94 
 
 		 349 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0561  ApbE-like lipoprotein  29.82 
 
 		 348 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1504  ApbE family lipoprotein  27.7 
 
 		 366 aa  117  1.9999999999999998e-25  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00453066  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14840  ApbE family lipoprotein  28.79 
 
 		 360 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.173743  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0552  ApbE family lipoprotein  31.65 
 
 		 351 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0129  thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  28.9 
 
 		 361 aa  117  3e-25  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.791974  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0946  ApbE family lipoprotein  32.93 
 
 		 347 aa  117  3e-25  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  33.69 
 
 		 350 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  33.48 
 
 		 349 aa  117  5e-25  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1097  ApbE family lipoprotein  27.27 
 
 		 339 aa  116  6e-25  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000910901  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0942  ApbE family lipoprotein  32.52 
 
 		 374 aa  116  6e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.324541  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0944  ApbE family lipoprotein  32.52 
 
 		 374 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  33.21 
 
 		 338 aa  116  6.9999999999999995e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2292  ApbE family lipoprotein  33.86 
 
 		 365 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.715586  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14280  ApbE family lipoprotein  29.37 
 
 		 336 aa  115  1.0000000000000001e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  3.71424e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1142  ApbE family lipoprotein  33.12 
 
 		 362 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0809507  normal  0.548232 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  30.99 
 
 		 353 aa  114  2.0000000000000002e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0980  ApbE family lipoprotein  32.52 
 
 		 374 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.84365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  34.16 
 
 		 342 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2243  ApbE family lipoprotein  36.5 
 
 		 327 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.208149 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2380  ApbE family lipoprotein  33.86 
 
 		 368 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4038  ApbE family lipoprotein  34.48 
 
 		 386 aa  114  3e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.618341  normal  0.564525 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0988  ApbE-like lipoprotein  32.8 
 
 		 370 aa  114  3e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000151305  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3418  ApbE-like lipoprotein  32.21 
 
 		 343 aa  114  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.999205 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2166  putative lipoprotein  33.1 
 
 		 342 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1571  ApbE-like lipoprotein  33.44 
 
 		 331 aa  113  5e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2455  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  27.84 
 
 		 348 aa  113  5e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.489519  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1717  ApbE family lipoprotein  31.66 
 
 		 337 aa  113  6e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.117102  normal  0.0292335 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1160  thiamine biosynthesis lipoprotein  33.09 
 
 		 337 aa  113  6e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.483438  normal  0.262417 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1523  ApbE family lipoprotein  25.89 
 
 		 350 aa  113  6e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2411  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE, putative  36.04 
 
 		 310 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.39462  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0955  ApbE family lipoprotein  31.71 
 
 		 337 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0462769  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4283  apbE family protein  28.22 
 
 		 352 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1691  ApbE family lipoprotein  31.42 
 
 		 338 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.258239 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2771  ApbE family lipoprotein  28.48 
 
 		 354 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2609  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  29.24 
 
 		 350 aa  111  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.425275 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2150  ApbE family lipoprotein  32.31 
 
 		 332 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  0.0417056 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2506  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  29.24 
 
 		 350 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410483 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3592  ApbE family lipoprotein  32.31 
 
 		 332 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.481358 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4467  ApbE family lipoprotein  27.6 
 
 		 309 aa  110  3e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3767  ApbE family lipoprotein  34.41 
 
 		 417 aa  110  4.0000000000000004e-23  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.301189  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3611  ApbE family lipoprotein  29.74 
 
 		 338 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.698198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3097  ApbE family lipoprotein  32.66 
 
 		 338 aa  110  5e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1063  ApbE family lipoprotein  31.86 
 
 		 362 aa  109  6e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  29.37 
 
 		 349 aa  109  7.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2402  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  29.24 
 
 		 350 aa  109  8.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0020747  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1461  ApbE family lipoprotein  30.66 
 
 		 345 aa  109  8.000000000000001e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0930  ApbE family lipoprotein  32.79 
 
 		 348 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.67844  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3360  ApbE family lipoprotein  32.79 
 
 		 348 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00766501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3432  ApbE family lipoprotein  32.79 
 
 		 348 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0771789  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3557  ApbE family lipoprotein  32.79 
 
 		 348 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0055272  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2450  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  29.24 
 
 		 350 aa  109  9.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0247044 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2353  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  31.54 
 
 		 351 aa  108  1e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.180218  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0309  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.11 
 
 		 337 aa  108  1e-22  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.912952 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  40.09 
 
 		 362 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1667  ApbE family lipoprotein  34.06 
 
 		 332 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.569601 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2492  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  28.95 
 
 		 350 aa  108  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0350  ApbE family lipoprotein  37.66 
 
 		 339 aa  107  3e-22  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2875  ApbE family lipoprotein  31.58 
 
 		 338 aa  107  3e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>