More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2553 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2553  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 		 271 aa  545  1e-154  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.566355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1694  short-chain dehydrogenase/reductase  91.82 
 
 		 271 aa  501  1e-141  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  90.71 
 
 		 271 aa  495  1e-139  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0407842  normal  0.674714 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0220  putative oxidoreductase NAD-/NADP-dependent  64.71 
 
 		 277 aa  351  5.9999999999999994e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2547  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.68 
 
 		 272 aa  335  2.9999999999999997e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.226537  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2430  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  59.63 
 
 		 276 aa  326  2.0000000000000001e-88  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1977  short chain dehydrogenase  53.87 
 
 		 280 aa  284  1.0000000000000001e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1902  short chain dehydrogenase  53.87 
 
 		 280 aa  284  1.0000000000000001e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2186  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  54.44 
 
 		 281 aa  280  1e-74  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2231  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.39 
 
 		 290 aa  278  6e-74  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1367  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  55.97 
 
 		 300 aa  276  3e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0898899  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1005  short chain dehydrogenase  51.29 
 
 		 284 aa  273  2.0000000000000002e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3481  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.45 
 
 		 282 aa  273  2.0000000000000002e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0551  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  54.65 
 
 		 275 aa  272  4.0000000000000004e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01319  short chain dehydrogenase  48.71 
 
 		 275 aa  270  1e-71  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0878  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.48 
 
 		 277 aa  270  2e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.191089 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004148  putative oxidoreductase  49.08 
 
 		 275 aa  269  4e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4006  short chain dehydrogenase  51.11 
 
 		 277 aa  266  2.9999999999999995e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1140  short-chain dehydrogenase/reductase  53.33 
 
 		 279 aa  264  1e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3557  short chain dehydrogenase  49.26 
 
 		 277 aa  259  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.18665  normal  0.726998 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3850  short chain dehydrogenase  48.52 
 
 		 277 aa  254  9e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.854868 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0465  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.42 
 
 		 286 aa  254  1.0000000000000001e-66  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3029  short chain dehydrogenase  49.81 
 
 		 277 aa  252  5.000000000000001e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.430063  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0805  short chain dehydrogenase  45.19 
 
 		 275 aa  249  3e-65  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0510  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.85 
 
 		 285 aa  248  5e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3154  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.32 
 
 		 286 aa  248  1e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  45.35 
 
 		 283 aa  245  6e-64  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2528  short chain dehydrogenase  51.98 
 
 		 277 aa  244  9.999999999999999e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.589688 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  44.98 
 
 		 283 aa  242  3.9999999999999997e-63  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0500  short chain dehydrogenase  45.72 
 
 		 275 aa  242  3.9999999999999997e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0888  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.35 
 
 		 281 aa  236  4e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.212887  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1219  peptidoglycan-binding LysM  43.01 
 
 		 280 aa  223  3e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.370987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3160  short chain dehydrogenase  43.87 
 
 		 258 aa  213  2.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.140307  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3022  short chain dehydrogenase  43.87 
 
 		 258 aa  213  2.9999999999999995e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.515629  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1270  short chain dehydrogenase  43.87 
 
 		 258 aa  213  2.9999999999999995e-54  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.276247 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1156  short chain dehydrogenase  42.96 
 
 		 258 aa  206  3e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.565879  hitchhiker  0.0000930327 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3006  short chain dehydrogenase  40.37 
 
 		 258 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.662258  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1121  short chain dehydrogenase  40.74 
 
 		 256 aa  196  3e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0921359  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1053  short chain dehydrogenase  40.96 
 
 		 258 aa  195  7e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3194  short chain dehydrogenase  40.37 
 
 		 256 aa  193  2e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.234456  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0967  short chain dehydrogenase  39.78 
 
 		 256 aa  190  2e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0542  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 		 256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0572  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 		 269 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.55 
 
 		 256 aa  183  3e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00444  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 		 269 aa  182  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0428  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 		 269 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0532  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 		 269 aa  182  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0597  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 		 269 aa  182  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.853747 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00449  hypothetical protein  37.55 
 
 		 269 aa  182  4.0000000000000006e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3123  short chain dehydrogenase  37.55 
 
 		 256 aa  182  5.0000000000000004e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000111305 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0613  short chain dehydrogenase  37.64 
 
 		 256 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.473252  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0569  short chain dehydrogenase  37.64 
 
 		 256 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0554  short chain dehydrogenase  37.64 
 
 		 256 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0552  short chain dehydrogenase  37.64 
 
 		 256 aa  182  7e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0559  short chain dehydrogenase  37.41 
 
 		 256 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.24 
 
 		 317 aa  158  1e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.57 
 
 		 338 aa  155  4e-37  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.89 
 
 		 285 aa  153  4e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.300574 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 		 314 aa  152  5e-36  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.53 
 
 		 280 aa  151  1e-35  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  35.27 
 
 		 277 aa  148  8e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1560  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  32.73 
 
 		 272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.67 
 
 		 275 aa  144  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.03 
 
 		 306 aa  145  1e-33  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  35.58 
 
 		 271 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  33.93 
 
 		 273 aa  144  2e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1274  short chain dehydrogenase  36.88 
 
 		 270 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.145274  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0876  short chain dehydrogenase  37.73 
 
 		 274 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.93 
 
 		 284 aa  140  3e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  34.32 
 
 		 278 aa  140  3e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4451  short chain dehydrogenase  35.82 
 
 		 270 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.358799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  33.21 
 
 		 275 aa  138  1e-31  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.63 
 
 		 272 aa  136  3.0000000000000003e-31  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20980  putative short chain dehydrogenas  35.61 
 
 		 304 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.696574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  32.1 
 
 		 287 aa  135  8e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1018  short chain dehydrogenase  40.74 
 
 		 298 aa  135  9e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.176999  normal  0.742207 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.18 
 
 		 273 aa  134  9.999999999999999e-31  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000406118  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.3 
 
 		 271 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2235  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.15 
 
 		 266 aa  134  1.9999999999999998e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.665507 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.28 
 
 		 285 aa  133  3e-30  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.9 
 
 		 269 aa  133  3e-30  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.965054  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1039  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.84 
 
 		 242 aa  133  3e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.967418  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  31.39 
 
 		 286 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2554  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.21 
 
 		 285 aa  133  3.9999999999999996e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2175  short chain dehydrogenase  32.09 
 
 		 272 aa  132  5e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.328635  hitchhiker  0.00607004 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2060  short chain dehydrogenase  33.96 
 
 		 270 aa  132  6.999999999999999e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4574  short chain dehydrogenase  34.75 
 
 		 270 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.582259 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.96 
 
 		 271 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3247  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.46 
 
 		 283 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.430451  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3993  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.63 
 
 		 268 aa  130  2.0000000000000002e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  29.86 
 
 		 279 aa  130  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.86 
 
 		 267 aa  129  4.0000000000000003e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615665  normal  0.271714 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  32.1 
 
 		 279 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  31.09 
 
 		 272 aa  129  4.0000000000000003e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.63 
 
 		 284 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.89 
 
 		 276 aa  128  9.000000000000001e-29  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  0.00000000000224332 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1223  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  34.88 
 
 		 272 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1905  short chain dehydrogenase  31.18 
 
 		 280 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0945301  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.97 
 
 		 273 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.953941  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.11 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>