More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2220 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2276  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  94.97 
 
 		 358 aa  674    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.158559  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0951  inner-membrane translocator  94.97 
 
 		 358 aa  674    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2220  inner-membrane translocator  100 
 
 		 358 aa  703    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.120044  normal  0.964416 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0379  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  79.05 
 
 		 358 aa  568  1e-161  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0118  inner-membrane translocator  79.05 
 
 		 358 aa  565  1e-160  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.301625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0051  inner-membrane translocator  80.17 
 
 		 368 aa  565  1e-160  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.702732 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4005  inner-membrane translocator  74.24 
 
 		 384 aa  545  1e-154  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0263  inner-membrane translocator  58.13 
 
 		 358 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0217  inner-membrane translocator  57.85 
 
 		 358 aa  400  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  55.92 
 
 		 358 aa  389  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0252  inner-membrane translocator  55.1 
 
 		 358 aa  380  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.231195  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5009  inner-membrane translocator  56.11 
 
 		 354 aa  370  1e-101  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3610  inner-membrane translocator  52.89 
 
 		 358 aa  366  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.963885  normal  0.413755 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3362  inner-membrane translocator  52.47 
 
 		 358 aa  363  2e-99  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0601  inner-membrane translocator  53.17 
 
 		 358 aa  363  3e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.828078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0467  inner-membrane translocator  52.34 
 
 		 358 aa  362  5.0000000000000005e-99  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.0775893 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0458  inner-membrane translocator  52.34 
 
 		 358 aa  362  8e-99  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.441083  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1156  inner-membrane translocator  55 
 
 		 354 aa  357  1.9999999999999998e-97  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.412429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3539  inner-membrane translocator  52.34 
 
 		 358 aa  356  2.9999999999999997e-97  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.17747  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3437  inner-membrane translocator  55.28 
 
 		 354 aa  347  2e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193702 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0784  inner-membrane translocator  54.17 
 
 		 354 aa  338  9.999999999999999e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43520  amino acid ABC transporter-like protein  49.03 
 
 		 355 aa  306  3e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00847282  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0551  inner-membrane translocator  48.2 
 
 		 355 aa  306  4.0000000000000004e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.340472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5036  inner-membrane translocator  50.54 
 
 		 362 aa  299  5e-80  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2988  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  46.81 
 
 		 355 aa  276  3e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.475714  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3003  inner-membrane translocator  50.15 
 
 		 354 aa  261  8.999999999999999e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2750  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  49.85 
 
 		 354 aa  259  6e-68  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0595138  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43760  LivM family inner-membrane translocator  50.61 
 
 		 352 aa  256  5e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.205767  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7158  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  49.69 
 
 		 350 aa  242  7e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.258104  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5148  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  45.48 
 
 		 351 aa  241  1e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2985  inner-membrane translocator  48.48 
 
 		 355 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.538372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3801  inner-membrane translocator  46.37 
 
 		 347 aa  239  6.999999999999999e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444925  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2546  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  49.49 
 
 		 365 aa  237  3e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3493  inner-membrane translocator  46.03 
 
 		 347 aa  236  3e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3875  inner-membrane translocator  44.76 
 
 		 347 aa  231  2e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.165994 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2769  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  46.28 
 
 		 329 aa  220  3e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.387381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4296  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  45.89 
 
 		 351 aa  220  3e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258747  decreased coverage  0.00201809 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0543  inner-membrane translocator  41.11 
 
 		 352 aa  218  1e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  42.86 
 
 		 352 aa  217  2e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  43.14 
 
 		 352 aa  216  5.9999999999999996e-55  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5289  inner-membrane translocator  37.6 
 
 		 357 aa  195  9e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.975087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  38.94 
 
 		 349 aa  195  1e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  40.11 
 
 		 348 aa  194  2e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5717  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  38.23 
 
 		 357 aa  192  1e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0890739  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  38.5 
 
 		 350 aa  191  2e-47  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2608  inner-membrane translocator  39.39 
 
 		 357 aa  191  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4178  inner-membrane translocator  38.36 
 
 		 357 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.983484  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  39.17 
 
 		 345 aa  189  9e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3414  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.16 
 
 		 357 aa  188  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  38.63 
 
 		 350 aa  188  1e-46  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  37.95 
 
 		 350 aa  187  2e-46  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1863  inner-membrane translocator  39.5 
 
 		 356 aa  187  4e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  38.38 
 
 		 345 aa  186  7e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  35.88 
 
 		 373 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  41.45 
 
 		 355 aa  183  3e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3134  inner-membrane translocator  38.84 
 
 		 357 aa  184  3e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  0.885727 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  36.34 
 
 		 358 aa  184  3e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1834  inner-membrane translocator  40.33 
 
 		 357 aa  183  5.0000000000000004e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2306  inner-membrane translocator  37.03 
 
 		 357 aa  181  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0299  inner-membrane translocator  37.19 
 
 		 357 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000401  branched-chain amino acid transport system permease protein livM  38.15 
 
 		 355 aa  178  1e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.241122  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1436  inner-membrane translocator  43.32 
 
 		 344 aa  177  2e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.476305  hitchhiker  0.00000379274 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  36.9 
 
 		 346 aa  176  7e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  36.99 
 
 		 349 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4574  inner-membrane translocator  38.19 
 
 		 357 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1567  inner-membrane translocator  38.9 
 
 		 357 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394848  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1557  inner-membrane translocator  38.74 
 
 		 357 aa  169  8e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.505429  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1545  inner-membrane translocator  35.05 
 
 		 358 aa  166  5e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.137578  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2374  inner-membrane translocator  36.93 
 
 		 356 aa  147  2.0000000000000003e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2440  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 356 aa  145  8.000000000000001e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  34.11 
 
 		 381 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 562 aa  137  2e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  32.86 
 
 		 358 aa  137  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  33.15 
 
 		 358 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3011  inner-membrane translocator  34.07 
 
 		 370 aa  130  4.0000000000000003e-29  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000152809  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  32.41 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  31.95 
 
 		 407 aa  127  3e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  36.51 
 
 		 360 aa  126  7e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.37 
 
 		 325 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  29.61 
 
 		 415 aa  124  2e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0535  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 401 aa  123  4e-27  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000217655 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  32.02 
 
 		 321 aa  122  8e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.78 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.69 
 
 		 418 aa  120  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.27 
 
 		 418 aa  120  3e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  32.13 
 
 		 571 aa  119  7.999999999999999e-26  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  31.68 
 
 		 321 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.18 
 
 		 418 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.18 
 
 		 418 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4939  inner-membrane translocator  33.99 
 
 		 358 aa  117  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0587  inner-membrane translocator  32.81 
 
 		 398 aa  117  3e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.18 
 
 		 418 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2886  putative ABC transporter permiase component  31.05 
 
 		 334 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0441971 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  31.99 
 
 		 293 aa  116  6.9999999999999995e-25  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3859  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.71 
 
 		 425 aa  115  8.999999999999998e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.107872 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.6 
 
 		 418 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3055  inner-membrane translocator  34.02 
 
 		 324 aa  114  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4062  ABC transporter related  32.85 
 
 		 606 aa  114  3e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1084  inner-membrane translocator  30.79 
 
 		 435 aa  114  3e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0450701  normal  0.660313 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1876  inner-membrane translocator  31.86 
 
 		 358 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.255765  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>