More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2217 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_0249  AMP-dependent synthetase and ligase  56.58 
 
 
655 aa  761    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.463318  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0260  AMP-dependent synthetase and ligase  56.99 
 
 
652 aa  736    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2279  long chain acyl-CoA synthetase  90.96 
 
 
653 aa  1241    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5039  AMP-dependent synthetase and ligase  54.35 
 
 
659 aa  703    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578261  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3434  AMP-dependent synthetase and ligase  53.91 
 
 
648 aa  706    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00276334 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4012  AMP-dependent synthetase and ligase  74.73 
 
 
657 aa  990    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3542  AMP-dependent synthetase and ligase  52.19 
 
 
648 aa  708    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0604  AMP-dependent synthetase and ligase  52.51 
 
 
648 aa  702    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0571131  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0214  AMP-dependent synthetase and ligase  55.54 
 
 
654 aa  706    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0113  AMP-dependent synthetase and ligase  72.57 
 
 
661 aa  1018    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3365  AMP-dependent synthetase and ligase  57.61 
 
 
661 aa  764    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.865924  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0954  AMP-dependent synthetase and ligase  90.96 
 
 
653 aa  1239    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5006  AMP-dependent synthetase and ligase  51.09 
 
 
651 aa  668    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.604122  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0373  acyl-CoA synthetase  74.72 
 
 
656 aa  1001    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2217  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
653 aa  1357    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0048  AMP-dependent synthetase and ligase  80.25 
 
 
658 aa  1096    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.760787 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1159  AMP-dependent synthetase and ligase  51.5 
 
 
645 aa  678    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0461  AMP-dependent synthetase and ligase  52.17 
 
 
644 aa  687    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0787  AMP-dependent synthetase and ligase  53.91 
 
 
648 aa  674    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.418663  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  52.35 
 
 
648 aa  692    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.385801 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0470  AMP-dependent synthetase and ligase  52.08 
 
 
682 aa  689    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.282335  normal  0.146944 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2725  AMP-dependent synthetase and ligase  58.56 
 
 
654 aa  756    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.171087 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2424  AMP-dependent synthetase and ligase  44.85 
 
 
649 aa  572  1.0000000000000001e-162  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  43.38 
 
 
649 aa  567  1e-160  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0623  AMP-dependent synthetase and ligase  42.81 
 
 
647 aa  563  1.0000000000000001e-159  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431706  normal  0.0874065 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  43.11 
 
 
633 aa  547  1e-154  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0136  AMP-dependent synthetase and ligase  40.82 
 
 
646 aa  520  1e-146  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1543  AMP-dependent synthetase and ligase  40.16 
 
 
651 aa  499  1e-140  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00460036  normal 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5287  AMP-dependent synthetase and ligase  41.34 
 
 
648 aa  496  1e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2282  AMP-dependent synthetase and ligase  39.4 
 
 
631 aa  487  1e-136  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  39.34 
 
 
643 aa  464  1e-129  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3509  AMP-dependent synthetase and ligase  38.94 
 
 
655 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1569  AMP-dependent synthetase and ligase  38.13 
 
 
642 aa  459  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3416  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding  37.17 
 
 
656 aa  455  1.0000000000000001e-126  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2308  AMP-dependent synthetase and ligase  41.01 
 
 
657 aa  454  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0111013 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0297  AMP-dependent synthetase and ligase  40.13 
 
 
643 aa  450  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179639  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  38.13 
 
 
643 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.610668  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1861  AMP-dependent synthetase and ligase  38.38 
 
 
650 aa  451  1e-125  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0661736  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5715  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  39.25 
 
 
642 aa  445  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.159052  normal  0.670212 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3136  AMP-dependent synthetase and ligase  37.36 
 
 
654 aa  439  1e-121  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.601879 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4176  AMP-dependent synthetase and ligase  37.17 
 
 
642 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1832  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 
655 aa  435  1e-120  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.551344  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2610  AMP-dependent synthetase and ligase  35.77 
 
 
655 aa  426  1e-118  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  37.73 
 
 
650 aa  424  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.702328  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0946  AMP-binding protein  35.7 
 
 
630 aa  422  1e-116  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.418296  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0830  AMP-dependent synthetase and ligase  35.18 
 
 
630 aa  419  9.999999999999999e-116  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_817  AMP-binding protein, long-chain fatty-acid-CoA ligase  34.76 
 
 
630 aa  416  9.999999999999999e-116  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2375  AMP-dependent synthetase and ligase  35.68 
 
 
634 aa  400  9.999999999999999e-111  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2441  AMP-dependent synthetase and ligase  34.49 
 
 
636 aa  402  9.999999999999999e-111  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  34.49 
 
 
607 aa  369  1e-101  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  33.77 
 
 
626 aa  361  3e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0406  AMP-dependent synthetase and ligase  34.68 
 
 
609 aa  354  2.9999999999999997e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2355  AMP-dependent synthetase and ligase  33.39 
 
 
610 aa  348  1e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.295722 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4067  AMP-dependent synthetase and ligase  34.96 
 
 
603 aa  344  2.9999999999999997e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.675218  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  31.89 
 
 
623 aa  340  5e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3837  AMP-dependent synthetase and ligase  33.01 
 
 
601 aa  330  4e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427679  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  31.56 
 
 
618 aa  328  2.0000000000000001e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  32.48 
 
 
611 aa  318  1e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  32.62 
 
 
605 aa  289  1e-76  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  31.97 
 
 
617 aa  285  2.0000000000000002e-75  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1619  AMP-dependent synthetase and ligase  32.63 
 
 
604 aa  276  7e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0702243  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1524  AMP-dependent synthetase and ligase  32.63 
 
 
604 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  31.3 
 
 
596 aa  274  3e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  30.24 
 
 
649 aa  271  2e-71  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  30.05 
 
 
610 aa  271  4e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2259  AMP-dependent synthetase and ligase  30.17 
 
 
616 aa  270  5.9999999999999995e-71  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000572274  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  30.26 
 
 
606 aa  270  7e-71  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2345  AMP-dependent synthetase and ligase  31.97 
 
 
604 aa  269  1e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  30.32 
 
 
622 aa  266  7e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  30.26 
 
 
606 aa  264  4e-69  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  29.61 
 
 
597 aa  262  2e-68  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00824  hypothetical protein  29.08 
 
 
602 aa  262  2e-68  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  30.26 
 
 
606 aa  262  2e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  28.98 
 
 
633 aa  261  3e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1953  AMP-dependent synthetase and ligase  30.38 
 
 
613 aa  259  1e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.163962 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2750  putative AMP-binding enzyme  28.76 
 
 
611 aa  259  1e-67  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  29.37 
 
 
612 aa  259  1e-67  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001650  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.48 
 
 
602 aa  257  5e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4907  AMP-dependent synthetase and ligase  30.82 
 
 
635 aa  257  5e-67  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3256  AMP-dependent synthetase and ligase  30.82 
 
 
635 aa  257  5e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.653152 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  28.76 
 
 
603 aa  256  9e-67  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6512  AMP-dependent synthetase and ligase  30.67 
 
 
635 aa  254  5.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  30.33 
 
 
594 aa  251  2e-65  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1988  AMP-dependent synthetase and ligase  29.77 
 
 
595 aa  250  5e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.627511  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3330  AMP-dependent synthetase and ligase  29.08 
 
 
616 aa  247  4e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  30.72 
 
 
592 aa  246  6.999999999999999e-64  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28860  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  28.71 
 
 
612 aa  246  6.999999999999999e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.549892 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5953  AMP-dependent synthetase and ligase  30.03 
 
 
612 aa  246  9e-64  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.664785  normal  0.0418717 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  28.66 
 
 
607 aa  246  9.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1708  AMP-dependent synthetase and ligase  31.16 
 
 
630 aa  244  3e-63  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.179311  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  28.78 
 
 
603 aa  243  9e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3113  AMP-dependent synthetase and ligase  30.02 
 
 
600 aa  242  2e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2060  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  27.3 
 
 
601 aa  240  5e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3617  AMP-dependent synthetase and ligase  28.9 
 
 
608 aa  240  5e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0692269  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  30.07 
 
 
602 aa  239  1e-61  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.12071  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3602  AMP-dependent synthetase and ligase  30.07 
 
 
602 aa  239  1e-61  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0482312  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3675  AMP-dependent synthetase and ligase  30.07 
 
 
602 aa  239  1e-61  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.438737  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12215  long-chain fatty-acid-CoA ligase fadD15  31.11 
 
 
600 aa  238  2e-61  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.9 
 
 
597 aa  239  2e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3595  long-chain-fatty-acid--CoA ligase (acyl-CoA synthetase)  28.07 
 
 
587 aa  238  2e-61  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>