More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2171 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
268 aa  521  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.0038105  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0016  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  94.03 
 
 
268 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  94.4 
 
 
268 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.858414  normal  0.553019 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  73.13 
 
 
268 aa  370  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.319859  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.93 
 
 
268 aa  344  8e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1598  inner membrane ABC-transporter permease protein  71.54 
 
 
268 aa  342  2.9999999999999997e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.131611  normal  0.983656 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.78 
 
 
266 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.78 
 
 
266 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  37.16 
 
 
266 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  36.02 
 
 
266 aa  170  2e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.02 
 
 
266 aa  170  3e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  36.02 
 
 
266 aa  170  3e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  36.02 
 
 
266 aa  170  3e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  36.02 
 
 
266 aa  170  3e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  36.02 
 
 
266 aa  170  3e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.02 
 
 
266 aa  170  3e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  36.02 
 
 
266 aa  161  8.000000000000001e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1023  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.77 
 
 
272 aa  161  8.000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4754  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.9 
 
 
264 aa  159  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.37 
 
 
267 aa  159  5e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8156  ABC transporter  41.56 
 
 
264 aa  159  5e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.9 
 
 
275 aa  158  9e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5055  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.55 
 
 
264 aa  157  2e-37  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.429894 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4850  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.25 
 
 
267 aa  156  3e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242595  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.04 
 
 
284 aa  155  5.0000000000000005e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.4 
 
 
269 aa  155  6e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.747095  normal  0.464968 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  36.11 
 
 
285 aa  155  8e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2838  ornithine carbamoyltransferase  34.5 
 
 
286 aa  152  5e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.000365648  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2347  Ornithine carbamoyltransferase  34.98 
 
 
288 aa  152  5e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485927 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1543  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  38.15 
 
 
275 aa  152  5e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.414706 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3144  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  39.2 
 
 
262 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.058701  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1405  ornithine carbamoyltransferase  34.82 
 
 
256 aa  149  4e-35  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.386311  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04230  putative permease of ABC transporter  39.27 
 
 
262 aa  149  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1451  ornithine carbamoyltransferase  34.82 
 
 
256 aa  149  4e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1115  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.63 
 
 
281 aa  149  5e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360283  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2805  ornithine carbamoyltransferase  32.21 
 
 
276 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.465458  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1088  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.11 
 
 
268 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.466236 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3072  binding-protein-dependent transporter inner membrane protein  37.92 
 
 
244 aa  147  2.0000000000000003e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.66 
 
 
272 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1803  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  38.52 
 
 
257 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  36.65 
 
 
273 aa  146  3e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3799  ornithine carbamoyltransferase  34.27 
 
 
260 aa  146  4.0000000000000006e-34  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1482  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.85 
 
 
268 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86825  normal  0.607638 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
275 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4254  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.58 
 
 
280 aa  146  4.0000000000000006e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0526069  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.11 
 
 
268 aa  146  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  37.85 
 
 
284 aa  145  5e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.93 
 
 
275 aa  145  5e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4239  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.85 
 
 
268 aa  145  6e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.326654  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.75 
 
 
275 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  36.47 
 
 
273 aa  144  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  35.44 
 
 
282 aa  144  2e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  35.44 
 
 
282 aa  143  3e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.44 
 
 
282 aa  143  3e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4192  ornithine carbamoyltransferase  37.14 
 
 
259 aa  143  4e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.457573  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.69 
 
 
272 aa  142  4e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4563  Ornithine carbamoyltransferase  37.14 
 
 
259 aa  143  4e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.145972 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.74 
 
 
279 aa  142  5e-33  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3272  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.43 
 
 
269 aa  142  5e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.1 
 
 
272 aa  142  5e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2727  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  34.98 
 
 
281 aa  142  6e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.8 
 
 
272 aa  142  6e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.562661  normal  0.792385 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2642  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  34.98 
 
 
281 aa  142  6e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0735295  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  37.55 
 
 
274 aa  142  7e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  35.66 
 
 
273 aa  142  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1566  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  34.98 
 
 
281 aa  141  9e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  37.6 
 
 
272 aa  141  9e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003666  probable permease of ABC transporter  33.83 
 
 
282 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0980  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  38.77 
 
 
267 aa  141  9.999999999999999e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  36.11 
 
 
272 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  35.2 
 
 
256 aa  141  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1119  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.01 
 
 
261 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00123252  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  35.43 
 
 
271 aa  140  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3520  ornithine carbamoyltransferase  36.1 
 
 
272 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.238195 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1014  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.91 
 
 
281 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
273 aa  139  3.9999999999999997e-32  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181021  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35.6 
 
 
256 aa  139  3.9999999999999997e-32  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0953  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.91 
 
 
281 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1582  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35.39 
 
 
256 aa  139  3.9999999999999997e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.147817  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1033  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.91 
 
 
281 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.78 
 
 
284 aa  139  4.999999999999999e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.153237 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2121  putative spermidine/putrescine transport system permease protein  31.17 
 
 
265 aa  139  6e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.48 
 
 
272 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0985  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.91 
 
 
281 aa  139  7e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0879861  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.6 
 
 
274 aa  138  7.999999999999999e-32  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1371  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  35.14 
 
 
281 aa  138  1e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0237  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.17 
 
 
276 aa  138  1e-31  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.87 
 
 
275 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.87 
 
 
275 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.43 
 
 
271 aa  137  2e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0724945  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.2 
 
 
270 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3672  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.52 
 
 
256 aa  137  3.0000000000000003e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4397  binding-protein-dependent transport systems inner membrane protein  33.2 
 
 
260 aa  136  3.0000000000000003e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.814917  normal  0.279187 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2817  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.09 
 
 
287 aa  136  3.0000000000000003e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.43 
 
 
271 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0208351  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0870  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  35.1 
 
 
270 aa  136  4e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.41546  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2609  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.81 
 
 
285 aa  136  4e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2603  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.81 
 
 
285 aa  136  4e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0922779  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.81 
 
 
285 aa  136  4e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.47 
 
 
271 aa  136  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.024318  normal  0.589307 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>