41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2032 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_2032  antenna complex, alpha/beta subunit  100 
 
 
60 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.832687 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6108  LHI beta, light-harvesting B875 subunit  100 
 
 
49 aa  102  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.536338  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1902  antenna complex, alpha/beta subunit  100 
 
 
49 aa  102  2e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0621384  normal  0.411147 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0175  antenna complex, alpha/beta subunit  76.67 
 
 
60 aa  99.4  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3521  light-harvesting protein B-870 beta chain  89.8 
 
 
49 aa  95.9  2e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.946391  normal  0.159593 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1411  antenna complex, alpha/beta subunit  52.08 
 
 
75 aa  56.2  0.0000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3701  antenna complex alpha/beta subunit  42 
 
 
76 aa  52.4  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.270474  hitchhiker  0.00274594 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6433  light harvesting 1 beta subunit  43.14 
 
 
77 aa  52.4  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2856  antenna complex alpha/beta subunit  42.5 
 
 
76 aa  51.6  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2814  antenna complex alpha/beta subunit  42.5 
 
 
78 aa  52  0.000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.474258  normal  0.461077 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2734  antenna complex alpha/beta subunit  42.5 
 
 
76 aa  51.6  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2961  antenna complex alpha/beta subunit  42.5 
 
 
76 aa  51.6  0.000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.403153 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3752  antenna complex, alpha/beta subunit  40.82 
 
 
70 aa  51.2  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.348717  hitchhiker  0.00126234 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1297  antenna complex, alpha/beta subunit  41.67 
 
 
70 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.724705  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1714  antenna complex alpha/beta subunit  43.18 
 
 
65 aa  50.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3997  antenna complex, alpha/beta subunit  42.22 
 
 
65 aa  50.4  0.000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.35271  normal  0.0140077 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2056  antenna complex alpha/beta subunit  42.5 
 
 
76 aa  50.1  0.00001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0173941 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2927  antenna complex alpha/beta subunit  46.94 
 
 
47 aa  49.3  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2977  antenna complex, alpha/beta subunit  41.67 
 
 
69 aa  48.5  0.00003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.478718  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2610  antenna complex, alpha/beta subunit  42.86 
 
 
47 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.202435  hitchhiker  0.00292827 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2862  antenna complex, alpha/beta subunit  42.86 
 
 
47 aa  46.2  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0341881  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3787  antenna complex, alpha/beta subunit  40.43 
 
 
51 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0410146 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2400  antenna complex, alpha/beta subunit  40.43 
 
 
51 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0700836 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4770  antenna complex alpha/beta subunit  40.43 
 
 
51 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3789  antenna complex, alpha/beta subunit  45 
 
 
51 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4033  antenna complex, alpha/beta subunit  45 
 
 
51 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.634064  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1238  antenna complex, alpha/beta subunit  45 
 
 
51 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.000000053381  unclonable  0.0000000160108 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0219  antenna complex, alpha/beta subunit  45 
 
 
51 aa  43.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00256874  decreased coverage  0.00258596 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1678  antenna complex alpha/beta subunit  40.43 
 
 
51 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4448  antenna complex, alpha/beta subunit  45 
 
 
51 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.600971 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1335  antenna complex, alpha/beta subunit  38.3 
 
 
51 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.187459 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3422  antenna complex alpha/beta subunit  40.43 
 
 
51 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.418252  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4440  antenna complex, alpha/beta subunit  42.5 
 
 
51 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.555045 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2391  antenna complex, alpha/beta subunit  42.5 
 
 
51 aa  42.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.112688 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3890  antenna complex, alpha/beta subunit  38.3 
 
 
51 aa  42.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0231845  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3783  antenna complex, alpha/beta subunit  45 
 
 
51 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.999475  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3418  antenna complex alpha/beta subunit  42.5 
 
 
51 aa  42  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.524451  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3081  light harvesting protein B-800-850  40.43 
 
 
52 aa  41.2  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1581  antenna complex, alpha/beta subunit  42.5 
 
 
51 aa  40.4  0.009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2900  light-harvesting protein B-800/850 beta chain  42 
 
 
51 aa  40  0.01  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1607  antenna complex, alpha/beta subunit  36.84 
 
 
74 aa  40  0.01  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>