72 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1549 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1549  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system small permease component-like protein  100 
 
 		 165 aa  323  5e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4951  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  33.55 
 
 		 222 aa  67.8  0.00000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.740211  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3654  TRAP transporter DctQ family protein  29.49 
 
 		 170 aa  65.9  0.0000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.724435 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0033  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  40.91 
 
 		 187 aa  62.4  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.870626  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3878  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.82 
 
 		 183 aa  62  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2930  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.86 
 
 		 178 aa  62.4  0.000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1242  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.83 
 
 		 201 aa  60.8  0.000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000810509  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2322  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  28.67 
 
 		 168 aa  60.5  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.31669  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0996  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.05 
 
 		 168 aa  60.1  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1383  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  34.04 
 
 		 241 aa  59.3  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0125297  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1940  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  35.07 
 
 		 222 aa  58.5  0.00000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.80655 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4220  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.03 
 
 		 207 aa  58.5  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0174615 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1607  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.67 
 
 		 168 aa  58.5  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0881746  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3805  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.1 
 
 		 196 aa  57.8  0.00000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.969823 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4544  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.89 
 
 		 178 aa  57.8  0.00000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0571  tripartite ATP-independent periplasmic (TRAP) C4-dicarboxylate transporter subunit DctQ  30.91 
 
 		 178 aa  57.4  0.00000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3002  TRAP transporter - DctQ subunit  29.68 
 
 		 183 aa  57  0.0000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7254  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  34.35 
 
 		 209 aa  55.8  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.343633  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2910  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.76 
 
 		 230 aa  55.5  0.0000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.293027  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3083  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.13 
 
 		 186 aa  54.3  0.0000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.34847  normal  0.232987 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1662  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  33.1 
 
 		 241 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.892075 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1387  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  33.1 
 
 		 241 aa  53.9  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000495058 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1162  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.57 
 
 		 147 aa  52.4  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2479  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  32.89 
 
 		 206 aa  53.1  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.447781  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4052  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.45 
 
 		 206 aa  53.1  0.000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.654471  normal  0.207214 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3569  hypothetical protein  32.54 
 
 		 182 aa  52.8  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.549682 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3132  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.89 
 
 		 206 aa  52.8  0.000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3364  hypothetical protein  32.1 
 
 		 206 aa  52.8  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.306175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0697  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.46 
 
 		 187 aa  51.6  0.000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.940748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0345  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.04 
 
 		 204 aa  51.6  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.57383  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2891  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.52 
 
 		 222 aa  51.2  0.000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3017  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.55 
 
 		 190 aa  50.8  0.000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3868  hypothetical protein  32.16 
 
 		 190 aa  50.8  0.000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.477266  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0190  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.67 
 
 		 176 aa  50.4  0.00001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3083  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.48 
 
 		 224 aa  49.7  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.502464  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3371  TRAP-T family transporter small inner membrane subunit  30.95 
 
 		 190 aa  49.3  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123148  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6031  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  35.4 
 
 		 245 aa  49.7  0.00002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.492399  normal  0.216636 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1292  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.21 
 
 		 180 aa  48.9  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.280539  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2787  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.4 
 
 		 206 aa  48.9  0.00003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.000522738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1553  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  31.68 
 
 		 200 aa  48.5  0.00005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4022  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.59 
 
 		 183 aa  47.8  0.00006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000610281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5135  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.58 
 
 		 189 aa  47.8  0.00006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.621733 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1202  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.8 
 
 		 183 aa  47.8  0.00007  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00964001  normal  0.857795 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1753  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.97 
 
 		 191 aa  47.4  0.00008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.167958  normal  0.437014 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2923  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.09 
 
 		 210 aa  46.6  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.640281 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1470  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.5 
 
 		 187 aa  47.4  0.0001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.355581  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2934  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.7 
 
 		 187 aa  46.2  0.0002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.65832 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2279  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  32.94 
 
 		 170 aa  45.4  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0195  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  31.54 
 
 		 192 aa  45.1  0.0004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.224778  normal  0.132499 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4834  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  29.37 
 
 		 188 aa  44.7  0.0005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.389567  normal  0.0357026 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2783  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.52 
 
 		 156 aa  44.3  0.0007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00888275  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0330  tripartite ATP-independent periplasmic transporters, DctQ component, putative  27.44 
 
 		 163 aa  43.9  0.0009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000018584  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0673  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.29 
 
 		 168 aa  44.3  0.0009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.27655 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2812  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  32.54 
 
 		 183 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5035  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.69 
 
 		 183 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0654  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.49 
 
 		 183 aa  43.1  0.002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.197985  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2033  TRAP dicarboxylate transporter, DctM subunit  35.21 
 
 		 732 aa  43.1  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.105106  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2484  TRAP-type mannitol/chloroaromatic compound transport system small permease component-like protein  28.87 
 
 		 170 aa  43.1  0.002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0291342  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2246  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.69 
 
 		 202 aa  42.7  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.417251  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3674  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.17 
 
 		 194 aa  43.1  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2649  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  36.56 
 
 		 184 aa  42  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.531292  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0720  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.81 
 
 		 151 aa  42  0.004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2862  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.23 
 
 		 183 aa  41.6  0.005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.779712  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0610  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28 
 
 		 184 aa  41.6  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.809519  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0885  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.43 
 
 		 184 aa  41.6  0.005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000127189 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1350  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.79 
 
 		 171 aa  41.2  0.006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.810937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3869  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.14 
 
 		 171 aa  41.2  0.007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.499764  normal  0.600837 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1841  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.8 
 
 		 165 aa  41.2  0.007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00146422  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3149  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.42 
 
 		 201 aa  40.8  0.008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0190342  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000630  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system small permease component  23.57 
 
 		 185 aa  40.8  0.008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1041  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  32.67 
 
 		 208 aa  40.8  0.009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0743648 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0959  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.57 
 
 		 208 aa  40.8  0.009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>