More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1352 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1352  30S ribosomal protein S6  100 
 
 		 132 aa  272  1.0000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105388  normal  0.169061 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1772  30S ribosomal protein S6  98.2 
 
 		 135 aa  228  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.468472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0139  30S ribosomal protein S6  98.2 
 
 		 132 aa  228  2e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2186  30S ribosomal protein S6  88.68 
 
 		 117 aa  204  4e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1045  30S ribosomal protein S6  87.74 
 
 		 117 aa  203  7e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.146697 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0891  30S ribosomal protein S6  85.85 
 
 		 131 aa  200  4e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194189  normal  0.483607 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1622  30S ribosomal protein S6  83.96 
 
 		 117 aa  190  6e-48  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0541746  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1197  30S ribosomal protein S6  53.19 
 
 		 155 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.358566  normal  0.0253087 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1054  30S ribosomal protein S6  53.19 
 
 		 155 aa  139  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.285791 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0741  30S ribosomal protein S6  52.38 
 
 		 145 aa  134  3.0000000000000003e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429444  normal  0.125363 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3118  30S ribosomal protein S6  53.77 
 
 		 152 aa  134  5e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.158791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1520  30S ribosomal protein S6  55.66 
 
 		 153 aa  132  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.162884  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3487  30S ribosomal protein S6  48.87 
 
 		 158 aa  130  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.289777  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2590  30S ribosomal protein S6  54.63 
 
 		 134 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3038  30S ribosomal protein S6  50 
 
 		 161 aa  128  3e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.59116  normal  0.184677 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2303  30S ribosomal protein S6  50.46 
 
 		 151 aa  127  4.0000000000000003e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.458714  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4637  30S ribosomal protein S6  52.78 
 
 		 134 aa  127  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.329942  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3361  ribosomal protein S6  51.43 
 
 		 155 aa  127  6e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2512  30S ribosomal protein S6  49.58 
 
 		 126 aa  125  2.0000000000000002e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2355  30S ribosomal protein S6  47.69 
 
 		 147 aa  124  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22878  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0414  30S ribosomal protein S6  50.94 
 
 		 160 aa  121  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2464  30S ribosomal protein S6  50 
 
 		 159 aa  122  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2296  30S ribosomal protein S6  46.9 
 
 		 168 aa  121  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.220775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0898  30S ribosomal protein S6  50.94 
 
 		 146 aa  120  6e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0179425 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1916  30S ribosomal protein S6  50.48 
 
 		 148 aa  120  7e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.136895  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3815  30S ribosomal protein S6  50 
 
 		 153 aa  120  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.247483  normal  0.0901852 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2985  30S ribosomal protein S6  49.06 
 
 		 160 aa  120  8e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.620365 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1691  30S ribosomal protein S6  49.06 
 
 		 139 aa  119  9.999999999999999e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5421  30S ribosomal protein S6  49.52 
 
 		 154 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0549173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0569  30S ribosomal protein S6  50 
 
 		 151 aa  118  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0461  30S ribosomal protein S6  50 
 
 		 156 aa  118  3e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1416  30S ribosomal protein S6  47.22 
 
 		 120 aa  118  3e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0455  30S ribosomal protein S6  50 
 
 		 148 aa  117  3.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0189276  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3942  30S ribosomal protein S6  48.11 
 
 		 151 aa  117  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.262713 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4310  30S ribosomal protein S6  48.11 
 
 		 151 aa  117  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751589 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0494  30S ribosomal protein S6  43.9 
 
 		 136 aa  116  7.999999999999999e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4417  30S ribosomal protein S6  47.17 
 
 		 151 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.316855 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1212  30S ribosomal protein S6  46.96 
 
 		 117 aa  116  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134172  normal  0.709191 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1900  30S ribosomal protein S6  48.6 
 
 		 122 aa  115  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1512  30S ribosomal protein S6  41.35 
 
 		 158 aa  99.8  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589185  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0695  30S ribosomal protein S6  40.95 
 
 		 109 aa  96.7  9e-20  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.308714  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0308  30S ribosomal protein S6  40 
 
 		 109 aa  96.3  1e-19  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.389439  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0128  30S ribosomal protein S6  36.17 
 
 		 98 aa  79.7  0.00000000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000443622  normal  0.826671 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03778  30S ribosomal protein S6  35.48 
 
 		 133 aa  79  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0446  30S ribosomal protein S6  36.64 
 
 		 132 aa  77.4  0.00000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453306 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2591  30S ribosomal protein S6  36.89 
 
 		 121 aa  77.8  0.00000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2394  30S ribosomal protein S6  35.87 
 
 		 95 aa  75.9  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000046004  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2777  30S ribosomal protein S6  36.04 
 
 		 122 aa  74.7  0.0000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000778979  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2216  ribosomal protein S6  36.17 
 
 		 94 aa  73.9  0.0000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4355  30S ribosomal protein S6  35.79 
 
 		 95 aa  72.4  0.000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2766  30S ribosomal protein S6  34.58 
 
 		 126 aa  72.4  0.000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.431916  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3639  30S ribosomal protein S6  36.61 
 
 		 130 aa  72.4  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3784  30S ribosomal protein S6  36.61 
 
 		 130 aa  72.4  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0683  30S ribosomal protein S6  36.61 
 
 		 130 aa  72.4  0.000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0794  30S ribosomal protein S6  35.2 
 
 		 130 aa  71.6  0.000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00576366  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3592  30S ribosomal protein S6  35.16 
 
 		 130 aa  71.6  0.000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3435  30S ribosomal protein S6  35.16 
 
 		 130 aa  71.6  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0120822  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3417  30S ribosomal protein S6  34.74 
 
 		 95 aa  71.6  0.000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000905863  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0420  30S ribosomal protein S6  35.59 
 
 		 124 aa  71.6  0.000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000077892  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4014  30S ribosomal protein S6  32.61 
 
 		 95 aa  70.9  0.000000000006  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.208118  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3260  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 131 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012398  hitchhiker  0.0000109167 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0687  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 131 aa  70.9  0.000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000703568  hitchhiker  0.000317476 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2764  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 134 aa  70.1  0.000000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3419  ribosomal protein S6  33.05 
 
 		 133 aa  70.1  0.000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.797124  normal  0.172954 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5267  30S ribosomal protein S6  32.61 
 
 		 96 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000406973  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5327  30S ribosomal protein S6  32.61 
 
 		 96 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000278233  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5155  30S ribosomal protein S6  32.61 
 
 		 96 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000255569  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5171  30S ribosomal protein S6  32.61 
 
 		 96 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000742686  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2009  30S ribosomal protein S6  37.89 
 
 		 126 aa  70.1  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.950634 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1364  ribosomal protein S6  32.14 
 
 		 114 aa  70.1  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5723  30S ribosomal protein S6  32.61 
 
 		 96 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000611758  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0888  SSU ribosomal protein S6P  30.71 
 
 		 135 aa  69.7  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0428  30S ribosomal protein S6  34.75 
 
 		 124 aa  69.7  0.00000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.531029 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5584  30S ribosomal protein S6  32.61 
 
 		 96 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.72731e-16 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1383  ribosomal protein S6  38.61 
 
 		 142 aa  69.7  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.760847  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5662  30S ribosomal protein S6  32.61 
 
 		 96 aa  70.1  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000026821  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4806  ribosomal protein S6  36.73 
 
 		 176 aa  69.7  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1476  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 134 aa  69.3  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0100588 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0774  30S ribosomal protein S6  34.4 
 
 		 130 aa  68.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000163074  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5334  30S ribosomal protein S6  31.52 
 
 		 96 aa  68.9  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000242081  hitchhiker  0.000000688979 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2138  ribosomal protein S6  32.63 
 
 		 95 aa  68.9  0.00000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000043387  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1438  30S ribosomal protein S6  33.64 
 
 		 125 aa  68.9  0.00000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0054631  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3678  30S ribosomal protein S6  36.08 
 
 		 128 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0325198  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0701  30S ribosomal protein S6  32.48 
 
 		 131 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000757321  hitchhiker  0.000144082 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04067  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1640  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 134 aa  68.6  0.00000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0507943  normal  0.0355259 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3930  30S ribosomal protein S6  32.48 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0753  30S ribosomal protein S6  32.48 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000769486  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04029  hypothetical protein  33.33 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3546  30S ribosomal protein S6  33.7 
 
 		 95 aa  68.2  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5625  30S ribosomal protein S6  31.52 
 
 		 96 aa  67.8  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000119733  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0371  30S ribosomal protein S6  34.11 
 
 		 131 aa  67.8  0.00000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.080214  normal  0.0305615 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0012  30S ribosomal protein S6  34.02 
 
 		 107 aa  67.8  0.00000000004  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.142702  normal  0.115485 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1326  SSU ribosomal protein S6P  33.98 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.24985  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4659  30S ribosomal protein S6  34.82 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00023  30S ribosomal protein S6  33.63 
 
 		 129 aa  68.2  0.00000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4751  30S ribosomal protein S6  34.82 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.502035  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4669  30S ribosomal protein S6  34.82 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0711098  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5601  30S ribosomal protein S6  31.52 
 
 		 96 aa  67.8  0.00000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00075847  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4809  30S ribosomal protein S6  34.82 
 
 		 131 aa  68.2  0.00000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.16196  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>