More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1053 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_1053  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 
180 aa  362  1e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2346  cold-shock DNA-binding protein family protein  96.65 
 
 
180 aa  351  2.9999999999999997e-96  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1021  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  96.65 
 
 
180 aa  351  2.9999999999999997e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0436807  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1149  cold-shock DNA-binding protein family protein  63.58 
 
 
179 aa  232  3e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  unclonable  0.000000000107907  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0859  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  60.67 
 
 
197 aa  222  2e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.384047  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1788  putative cold shock protein  61.21 
 
 
173 aa  210  7e-54  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000033725  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2474  cold-shock DNA-binding protein family protein  55.21 
 
 
181 aa  182  2.0000000000000003e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.251539  normal  0.0229175 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3196  cold-shock DNA-binding domain protein  41.32 
 
 
181 aa  119  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1498  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.35 
 
 
174 aa  118  3.9999999999999996e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.919918  normal  0.868857 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3007  cold-shock protein DNA-binding  40.48 
 
 
202 aa  117  7.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0372335  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3232  cold-shock DNA-binding domain protein  40.48 
 
 
181 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.336817 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2557  cold-shock DNA-binding protein family protein  36.53 
 
 
198 aa  114  6.9999999999999995e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.557959  normal  0.17098 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1882  cold-shock DNA-binding domain protein  38.01 
 
 
189 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0381  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.2 
 
 
204 aa  112  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.58799 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2736  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.32 
 
 
201 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.634457 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.68 
 
 
201 aa  111  6e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.850387  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1552  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.66 
 
 
205 aa  110  9e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.786136  normal  0.720192 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1550  cold-shock DNA-binding domain protein  36.14 
 
 
192 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.666809 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1744  cold-shock DNA-binding domain protein  36.14 
 
 
192 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000196433  normal  0.915282 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0551  cold-shock DNA-binding domain protein  35.93 
 
 
189 aa  109  3e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1449  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  35.63 
 
 
192 aa  108  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0373427  hitchhiker  0.000349803 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2286  cold shock protein  36.78 
 
 
192 aa  106  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00549771  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1228  cold-shock family protein  39.24 
 
 
193 aa  104  7e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.12 
 
 
193 aa  104  8e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.384724  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4174  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 
192 aa  103  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.524647  normal  0.907911 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2530  cold-shock DNA-binding domain protein  34.34 
 
 
219 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2938  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.34 
 
 
221 aa  102  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.645608  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0834  cold-shock DNA-binding family protein  34.94 
 
 
179 aa  102  3e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.253832  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1266  cold-shock family protein  38.61 
 
 
193 aa  101  6e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.397552  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2791  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.95 
 
 
220 aa  100  8e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.190915  normal  0.419031 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2801  cold-shock DNA-binding domain protein  34.39 
 
 
235 aa  100  8e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.674549  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2974  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  33.33 
 
 
199 aa  100  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.42307 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1733  cold-shock DNA-binding protein family protein  37.34 
 
 
197 aa  98.6  4e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4038  cold-shock DNA-binding protein family protein  32.53 
 
 
217 aa  98.6  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0877657 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2142  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  30.72 
 
 
217 aa  95.9  3e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.584578  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0538  cold-shock DNA-binding domain protein  33.33 
 
 
217 aa  95.1  5e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0192  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  36.2 
 
 
241 aa  94.7  6e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.171575  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1609  cold-shock protein, DNA-binding  31.93 
 
 
217 aa  94.4  9e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0789892  normal  0.308571 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1528  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  34.59 
 
 
224 aa  90.9  9e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.689513  normal  0.786377 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0105  cold-shock DNA-binding domain protein  30.54 
 
 
204 aa  88.2  6e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.310654  normal  0.194385 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0346  cold-shock DNA-binding domain protein  29.82 
 
 
242 aa  80.9  0.000000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.631485  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  29.31 
 
 
242 aa  79.3  0.00000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00533118 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0144  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  27.32 
 
 
259 aa  74.7  0.0000000000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.569824  normal  0.04146 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3156  cold-shock DNA-binding domain protein  28.88 
 
 
268 aa  73.6  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3723  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  26.29 
 
 
179 aa  71.2  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0200  cold-shock DNA-binding domain protein  29.52 
 
 
311 aa  70.9  0.00000000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0333811  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1823  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  42.31 
 
 
88 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.565643  normal  0.0615675 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0312  cold-shock DNA-binding domain protein  29.87 
 
 
418 aa  69.3  0.00000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.147611  hitchhiker  0.000223606 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3615  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.75 
 
 
84 aa  67.8  0.00000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  decreased coverage  0.00635954  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3414  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  37.88 
 
 
83 aa  67.8  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0959818 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4010  cold-shock protein CspD  42.19 
 
 
88 aa  67.8  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0979489 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2344  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  28.48 
 
 
249 aa  67.4  0.0000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.157339 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28290  cold shock protein, CspD  40.98 
 
 
92 aa  64.3  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2279  cold-shock DNA-binding domain protein  29.03 
 
 
310 aa  63.5  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.703886  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3185  cold-shock protein, DNA-binding  42.42 
 
 
92 aa  63.5  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.937654  normal  0.149852 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2585  cold shock domain-containing protein CspD  42.62 
 
 
90 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.169981  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04410  cold shock domain protein CspD  29.49 
 
 
317 aa  63.2  0.000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.528564 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30200  cold-shock protein CspD  42.62 
 
 
90 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2395  cold-shock DNA-binding protein family protein  42.62 
 
 
89 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.80282  normal  0.0844989 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3262  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  32.56 
 
 
87 aa  62.8  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000103728 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1074  cold-shock DNA-binding protein family protein  49.15 
 
 
68 aa  62  0.000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0836241  normal  0.241517 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3143  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  46.55 
 
 
68 aa  61.2  0.000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2694  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  41.18 
 
 
87 aa  60.5  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.251619  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0978  cold shock domain protein CspD  40.85 
 
 
73 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.401823  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1672  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.44 
 
 
73 aa  60.8  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.974123 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0945  cold shock domain protein CspD  40.85 
 
 
73 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00738434  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1061  cold shock domain protein CspD  40.85 
 
 
73 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.510663  normal  0.839324 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1011  cold shock domain-containing protein CspD  40.85 
 
 
73 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.725964  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2609  cold shock domain-containing protein CspD  41.18 
 
 
87 aa  60.5  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1599  cold shock domain-containing protein CspD  41.18 
 
 
87 aa  60.5  0.00000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1042  cold shock domain-containing protein CspD  40.85 
 
 
73 aa  60.5  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3142  cold-shock DNA-binding protein family protein  27.67 
 
 
267 aa  60.5  0.00000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.11906  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0507  cold-shock DNA-binding domain protein  43.55 
 
 
67 aa  59.7  0.00000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.804223  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0856  cold-shock DNA-binding protein family protein  40 
 
 
69 aa  59.7  0.00000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000189352  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1291  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  40.62 
 
 
67 aa  59.3  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.515471  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3200  cold-shock DNA-binding domain protein  43.55 
 
 
279 aa  59.3  0.00000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.693924  normal  0.993369 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2974  cold-shock protein DNA-binding  43.55 
 
 
281 aa  59.3  0.00000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.372989 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00885  cold shock protein-like protein  39.44 
 
 
74 aa  58.9  0.00000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.679557  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2762  cold-shock DNA-binding domain protein  39.44 
 
 
74 aa  58.9  0.00000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00553863  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00891  hypothetical protein  39.44 
 
 
74 aa  58.9  0.00000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.67802  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2280  stationary phase/starvation inducible regulatory protein CspD  39.44 
 
 
74 aa  58.9  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00002354  normal  0.0221589 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1041  stationary phase/starvation inducible regulatory protein CspD  39.44 
 
 
74 aa  58.9  0.00000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.000029024  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3497  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  43.08 
 
 
66 aa  58.9  0.00000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000616798  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2716  stationary phase/starvation inducible regulatory protein CspD  39.44 
 
 
74 aa  58.9  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0953  stationary phase/starvation inducible regulatory protein CspD  39.44 
 
 
74 aa  58.9  0.00000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00980817  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2449  stationary phase/starvation inducible regulatory protein CspD  39.44 
 
 
74 aa  58.9  0.00000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0782347  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0248  cold shock protein CspD  44.62 
 
 
66 aa  58.5  0.00000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000599312  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0984  stationary phase/starvation inducible regulatory protein CspD  39.44 
 
 
74 aa  58.9  0.00000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.102908  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2698  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.06 
 
 
70 aa  58.5  0.00000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.089353  normal  0.418887 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1397  cold-shock DNA-binding protein family protein  40.85 
 
 
73 aa  58.5  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0666799 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1251  cold-shock DNA-binding domain protein  40.62 
 
 
67 aa  58.2  0.00000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.791861  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5019  cold shock protein CspD  43.08 
 
 
66 aa  58.2  0.00000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0351296  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4754  cold shock protein CspD  43.08 
 
 
66 aa  58.2  0.00000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000000181  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1977  cold shock-like protein CspC  44.44 
 
 
69 aa  58.2  0.00000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000125837  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4592  cold shock protein  43.08 
 
 
66 aa  58.2  0.00000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000232551  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4614  cold shock protein  43.08 
 
 
66 aa  58.2  0.00000006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000000000000169422  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5001  cold shock protein CspD  43.08 
 
 
66 aa  58.2  0.00000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.219986  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4990  cold shock protein CspD  43.08 
 
 
66 aa  58.2  0.00000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00510931  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5115  cold shock protein CspD  43.08 
 
 
66 aa  58.2  0.00000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00303936  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2246  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  39.39 
 
 
67 aa  58.2  0.00000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000000157436  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>