81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_1017 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_0278  putative light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC  92.27 
 
 		 427 aa  758    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1921  PUCC protein  92.27 
 
 		 427 aa  757    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.824161 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1017  PUCC protein  100 
 
 		 427 aa  818    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3529  PUCC protein  65.59 
 
 		 433 aa  522  1e-147  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.513682 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0628  PUCC protein  51.61 
 
 		 449 aa  368  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.319243  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3991  light harvesting pigment MFS transporter Bch2  51.55 
 
 		 447 aa  360  2e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.772479  normal  0.25213 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3746  PUCC protein  49.77 
 
 		 447 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00047851 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1720  PUCC protein  50.12 
 
 		 438 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2062  PUCC protein  53.75 
 
 		 455 aa  347  3e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.035842 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6423  light harvesting pigment major facilitator family (MFS) transporter, Bch2-like protein  51.55 
 
 		 444 aa  336  3.9999999999999995e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1601  PUCC protein  49.65 
 
 		 447 aa  335  1e-90  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1303  PUCC protein  47.72 
 
 		 452 aa  332  7.000000000000001e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5366  PUCC protein  51.92 
 
 		 455 aa  327  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.238327  normal  0.20788 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1853  PUCC protein  49.77 
 
 		 512 aa  319  6e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0108975 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3713  PUCC protein  51.9 
 
 		 448 aa  309  5.9999999999999995e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368833  hitchhiker  0.000507532 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4821  PUCC protein  51.9 
 
 		 459 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.052711 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5288  PUCC protein  51.31 
 
 		 458 aa  303  3.0000000000000004e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.212977  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0166  PUCC protein  46.73 
 
 		 417 aa  280  4e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1287  PUCC protein  30.66 
 
 		 432 aa  148  2.0000000000000003e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3432  PUCC protein  30.47 
 
 		 434 aa  146  7.0000000000000006e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0654139 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2893  PUCC protein  29.79 
 
 		 474 aa  142  9e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00562586  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1022  PUCC protein  30.56 
 
 		 434 aa  139  7.999999999999999e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3165  PUCC protein  29.14 
 
 		 474 aa  136  7.000000000000001e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0360392  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0355  PUCC protein  30.73 
 
 		 488 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.446739 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0518  PUCC protein  32.22 
 
 		 449 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1534  PUCC protein  30.35 
 
 		 457 aa  128  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00123663  hitchhiker  0.002835 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1912  PUCC protein  30.44 
 
 		 457 aa  127  5e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.199112  unclonable  0.0000123013 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3539  PUCC protein  30.28 
 
 		 481 aa  124  3e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3332  PUCC protein  30.43 
 
 		 481 aa  122  9.999999999999999e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.0614362 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1903  PUCC protein  27.74 
 
 		 433 aa  120  3.9999999999999996e-26  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453505 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1933  PUCC protein  32.86 
 
 		 479 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0290  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  32.74 
 
 		 479 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3131  PUCC protein  28.44 
 
 		 452 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.400987  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1668  PUCC protein  26.56 
 
 		 448 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1461  PucC protein  28.7 
 
 		 449 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.833113  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0028  PUCC protein  28.94 
 
 		 477 aa  114  3e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.30591  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0618  PUCC protein  28.81 
 
 		 480 aa  114  3e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.328427  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0979  PUCC protein  27.27 
 
 		 459 aa  113  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2807  PUCC protein  27.38 
 
 		 472 aa  113  6e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.724042 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1680  PUCC protein  27.76 
 
 		 478 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0658  PUCC protein  29.42 
 
 		 472 aa  111  3e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.573961 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1240  PUCC protein  28.51 
 
 		 484 aa  110  6e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000359132  unclonable  0.0000000283623 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1560  PUCC protein  27.73 
 
 		 450 aa  108  2e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.507042  hitchhiker  0.000951091 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0459  PUCC protein  28.41 
 
 		 478 aa  108  2e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.222585  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3787  PUCC protein  28.92 
 
 		 483 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1543  PUCC protein  27.75 
 
 		 433 aa  107  3e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000848404 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1849  PUCC protein  26.59 
 
 		 448 aa  107  5e-22  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0156  PUCC protein  31.05 
 
 		 478 aa  106  9e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6412  photosynthetic complex (LH1) assembly protein LhaA  28.77 
 
 		 477 aa  105  2e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0990  PUCC protein  26.33 
 
 		 452 aa  103  6e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3083  chlorophyll major facilitator superfamily (MFS) exporter PucC  26.67 
 
 		 475 aa  103  7e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0689  PucC protein  28.18 
 
 		 448 aa  102  9e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.85813  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1762  hypothetical protein  30.67 
 
 		 483 aa  102  9e-21  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1960  PUCC protein  26.88 
 
 		 459 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.77527  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0315  light-harvesting 1 (B870) complex assembly  26.88 
 
 		 459 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2398  PUCC protein  27.01 
 
 		 475 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.6432  normal  0.14907 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3785  PUCC protein  27.38 
 
 		 475 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0284698 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0911  PUCC protein  25.64 
 
 		 449 aa  100  4e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.592939  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2898  pucC  28.23 
 
 		 467 aa  99.4  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4446  PucC chlorophyll MFS exporter  27.39 
 
 		 473 aa  97.8  3e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.742071 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1707  PUCC protein  26.75 
 
 		 487 aa  98.2  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.711762  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1689  PUCC protein  26.75 
 
 		 487 aa  98.2  3e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4031  PucC protein, chlorophyll MFS exporter  27.39 
 
 		 473 aa  97.4  4e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.344544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1005  PUCC protein  31.8 
 
 		 479 aa  94.4  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.516888 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2037  PUCC protein  30.14 
 
 		 476 aa  91.7  2e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5356  PUCC protein  29.93 
 
 		 481 aa  87.4  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1318  PUCC protein  30.37 
 
 		 477 aa  87  6e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.153345  normal  0.172961 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3976  LhaA protein  28.57 
 
 		 477 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.27032  normal  0.197279 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4811  PUCC protein  29.58 
 
 		 481 aa  84.7  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.200059 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1632  PUCC protein  26.52 
 
 		 475 aa  83.2  0.000000000000008  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.369944  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3731  PUCC protein  28.83 
 
 		 477 aa  83.2  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.532821  hitchhiker  0.00503136 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_03411  Na+/melibiose symporter  28.21 
 
 		 472 aa  82.8  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1583  PUCC protein  27.69 
 
 		 465 aa  80.5  0.00000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.652092  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1735  PUCC protein  27.74 
 
 		 477 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3723  PUCC protein  29.45 
 
 		 476 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0690908 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5278  PUCC protein  28.46 
 
 		 481 aa  74.3  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1652  light-harvesting 1 (B870) complex assembly protein PucC-like  25.44 
 
 		 459 aa  71.6  0.00000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1843  PUCC protein  26.95 
 
 		 475 aa  70.1  0.00000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.085296 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0454  major facilitator superfamily MFS_1  26.49 
 
 		 404 aa  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.1922  normal  0.684757 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0707  hypothetical protein  27.77 
 
 		 463 aa  50.8  0.00005  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2955  major facilitator superfamily MFS_1  26.83 
 
 		 405 aa  44.7  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>