More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_0669 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0669  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
302 aa  595  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.703183  decreased coverage  0.00406326 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1886  ABC polyamine/opine transporter, inner membrane subunit  94.37 
 
 
302 aa  548  1e-155  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0261044  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0533  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  94.37 
 
 
302 aa  548  1e-155  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2149  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.87 
 
 
317 aa  485  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.964128  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3462  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  75.87 
 
 
317 aa  485  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.397103  normal 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6319  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.86 
 
 
311 aa  393  1e-108  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2990  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  62.16 
 
 
391 aa  367  1e-100  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0689786  normal  0.478679 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003666  probable permease of ABC transporter  57.95 
 
 
282 aa  345  4e-94  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.86 
 
 
337 aa  345  4e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.494716  normal  0.616088 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4203  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.84 
 
 
284 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.19 
 
 
275 aa  286  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.360042  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.49 
 
 
275 aa  281  8.000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.355956 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0427  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50 
 
 
274 aa  281  1e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5122  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.49 
 
 
274 aa  280  2e-74  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.026759  normal  0.638371 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  50.34 
 
 
275 aa  271  1e-71  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0414  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.15 
 
 
275 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.15 
 
 
275 aa  270  2e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.439073 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7801  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.6 
 
 
284 aa  268  1e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.109099  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2374  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.35 
 
 
270 aa  268  1e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.81 
 
 
275 aa  259  3e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.776443 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0812  polyamine ABC transporter, permease protein  48.03 
 
 
279 aa  259  4e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.610714  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0645  polyamine ABC transporter, permease protein  47.04 
 
 
279 aa  259  4e-68  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.637437  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2498  putative polyamine ABC transporter, permease protein  48.03 
 
 
289 aa  259  4e-68  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.633965  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2359  putative polyamine ABC transporter, permease protein  48.03 
 
 
289 aa  259  4e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4324  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.82 
 
 
279 aa  259  6e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.644272 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6885  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.48 
 
 
279 aa  257  1e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.471707  normal  0.190136 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2930  spermidine/putrescine ABC transporter inner membrane protein  48.82 
 
 
279 aa  257  2e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3472  ABC spermidine/putrescine transporter, innermembrane subunit  50.88 
 
 
275 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.84629 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6036  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.41 
 
 
280 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.475506  normal  0.0258331 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0565  polyamine ABC transporter, permease protein  50.68 
 
 
273 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.903035  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07900  putative permease of ABC transporter  48.46 
 
 
276 aa  249  3e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280578 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0750  ABC transporter permease  48.12 
 
 
276 aa  248  6e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1871  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.12 
 
 
278 aa  248  1e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4612  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  49.49 
 
 
273 aa  244  9e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.950111 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4445  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.16 
 
 
281 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.140944  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.02 
 
 
279 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3606  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.16 
 
 
281 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3921  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.16 
 
 
281 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3815  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.68 
 
 
281 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.723291  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5431  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.83 
 
 
278 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.708074  normal  0.0941502 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.83 
 
 
278 aa  242  5e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.445054  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3299  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.68 
 
 
278 aa  242  5e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.735344  normal  0.669781 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4042  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.48 
 
 
278 aa  241  1e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2167  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  48.49 
 
 
278 aa  241  1e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00407242  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4699  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.55 
 
 
272 aa  241  2e-62  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.607966  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.76 
 
 
272 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2541  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.76 
 
 
272 aa  239  2.9999999999999997e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.180027  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.94 
 
 
279 aa  235  6e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1221  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  47.01 
 
 
282 aa  230  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1338  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.01 
 
 
282 aa  229  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3109  spermidine/putrescine ABC transporter permease  47.01 
 
 
282 aa  229  3e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.76 
 
 
274 aa  226  5.0000000000000005e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  46.76 
 
 
275 aa  225  6e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0709875  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1731  transmembrane ABC transporter protein  48.79 
 
 
272 aa  221  8e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0271867  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.14 
 
 
278 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000044635 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.14 
 
 
278 aa  216  2.9999999999999998e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.00468579  normal  0.67881 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0596  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.86 
 
 
281 aa  211  1e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2634  Fis family transcriptional regulator  41.64 
 
 
275 aa  209  4e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0469  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.91 
 
 
261 aa  195  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1718  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.86 
 
 
261 aa  187  3e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.367092  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3714  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.32 
 
 
264 aa  185  6e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50413  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0448  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.46 
 
 
275 aa  178  1e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.79 
 
 
265 aa  177  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.887799  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0329  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  40.66 
 
 
258 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0303  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  40.66 
 
 
242 aa  173  2.9999999999999996e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.102873  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.02 
 
 
268 aa  172  6.999999999999999e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0474626  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2367  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.68 
 
 
597 aa  170  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.69 
 
 
264 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4105  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.13 
 
 
262 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1507  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  35.29 
 
 
264 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.375803  normal  0.0420414 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3736  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
276 aa  163  4.0000000000000004e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282406  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6578  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.18 
 
 
265 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.496226  normal  0.414836 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4875  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.95 
 
 
587 aa  160  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.432532 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6247  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.04 
 
 
266 aa  159  5e-38  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.487966 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6542  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.05 
 
 
266 aa  159  8e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.208097 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3243  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  35.16 
 
 
269 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.796458 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1933  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.19 
 
 
269 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0161656 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1953  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.38 
 
 
268 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.911704  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.49 
 
 
269 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.0037178  normal  0.4746 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.03 
 
 
268 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217099  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
588 aa  155  1e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.6 
 
 
264 aa  153  4e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3449  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.84 
 
 
269 aa  152  5e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6091  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  34.05 
 
 
266 aa  151  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.417915  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2708  ABC transporter membrane spanning protein (polyamine)  33.46 
 
 
264 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319241  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5591  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.69 
 
 
266 aa  150  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4602  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.57 
 
 
591 aa  150  2e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.621124  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.16 
 
 
273 aa  150  3e-35  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181021  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5130  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.47 
 
 
596 aa  149  4e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1588  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  36.03 
 
 
279 aa  148  9e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.148375 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.82 
 
 
261 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1862  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.43 
 
 
272 aa  147  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.148364  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.21 
 
 
267 aa  145  6e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1611  spermidine/putrescine ABC transporter permease  35.77 
 
 
259 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  34.46 
 
 
273 aa  144  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5050  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.16 
 
 
262 aa  144  2e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  34.98 
 
 
273 aa  143  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  30.47 
 
 
266 aa  144  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2399  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.63 
 
 
271 aa  143  4e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00651767  normal  0.388943 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3649  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.43 
 
 
262 aa  142  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>