More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_0027 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009428  Rsph17025_0027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  100 
 
 
288 aa  587  1e-167  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1369  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.37 
 
 
260 aa  457  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0037  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  91.37 
 
 
260 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3488  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  69.55 
 
 
256 aa  367  1e-100  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.742718 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3834  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  64.94 
 
 
256 aa  354  1e-96  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.140905  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1243  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  65.84 
 
 
258 aa  322  5e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.455666  normal  0.236793 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3587  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  62.25 
 
 
255 aa  295  4e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.435673  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0549  putative short-chain dehydrogenase/reductase, FabG-like  50.4 
 
 
266 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.204322  normal  0.437639 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3408  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.01 
 
 
266 aa  252  6e-66  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0359384  normal  0.0764099 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0761  putative oxidoreductase  48 
 
 
255 aa  251  8.000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.429001 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2599  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.2 
 
 
257 aa  248  8e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2374  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.61 
 
 
251 aa  246  3e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0771  GntR family transcriptional regulator  50 
 
 
256 aa  242  6e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00515913  normal  0.0552536 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1182  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  50.81 
 
 
271 aa  241  7e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0403  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.22 
 
 
268 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.253369  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2483  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.22 
 
 
268 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.709099  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3483  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  49.22 
 
 
271 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3480  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.22 
 
 
268 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.538943  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1263  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.22 
 
 
268 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3302  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  49.22 
 
 
268 aa  241  1e-62  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3445  NAD dependent epimerase/dehydratase family protein  49.22 
 
 
268 aa  241  1e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0525  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.19 
 
 
271 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3706  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.8 
 
 
268 aa  239  5e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.283086  normal  0.654023 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0389  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.73 
 
 
261 aa  237  1e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.132836  normal  0.554145 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2761  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.79 
 
 
264 aa  236  2e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.386853 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2145  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46 
 
 
256 aa  235  5.0000000000000005e-61  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0597739  normal  0.690345 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1041  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.79 
 
 
258 aa  235  7e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.208357  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2071  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.6 
 
 
256 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00640028  hitchhiker  0.00000248708 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2612  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.03 
 
 
266 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.227086 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0549  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.81 
 
 
270 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00753595  normal  0.67708 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0438  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.4 
 
 
256 aa  233  3e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.285603 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1984  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.2 
 
 
256 aa  232  7.000000000000001e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00682949  normal  0.0302653 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0141  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.59 
 
 
271 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0624  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.59 
 
 
271 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0853252  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0592  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.59 
 
 
271 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0410788 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1990  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.2 
 
 
256 aa  231  1e-59  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0224708  unclonable  0.0000202886 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51440  Short-chain dehydrogenase/reductase (SDR) family protein  52.19 
 
 
260 aa  230  2e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2061  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.45 
 
 
256 aa  229  6e-59  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.138185  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0433  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  47.2 
 
 
254 aa  225  8e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4106  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46 
 
 
256 aa  224  1e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000241543 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0516  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.18 
 
 
254 aa  222  4.9999999999999996e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.098133  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0503  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49 
 
 
253 aa  219  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0546  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.4 
 
 
257 aa  219  6e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0735  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  49.03 
 
 
270 aa  214  9.999999999999999e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.304096  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5401  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.99 
 
 
258 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2258  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  50.75 
 
 
271 aa  211  1e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0225727  hitchhiker  0.000000282328 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5073  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  48.99 
 
 
261 aa  210  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3529  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.4 
 
 
270 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1363  D-xylose dehydrogenase  43.03 
 
 
268 aa  192  6e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.879722  normal  0.999685 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.85 
 
 
259 aa  191  2e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3666  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.84 
 
 
255 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00136979  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0941  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.7 
 
 
251 aa  187  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.995863 
 
 
-
 
BN001304  ANIA_07128  conserved hypothetical protein  38.11 
 
 
275 aa  186  4e-46  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  hitchhiker  0.00131023  normal  0.0770254 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4077  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
255 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.13973  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4189  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.63 
 
 
255 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1729  D-xylose dehydrogenase  42.34 
 
 
245 aa  158  8e-38  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.380531  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1429  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.8 
 
 
256 aa  145  8.000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4226  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.72 
 
 
255 aa  144  1e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0659  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.96 
 
 
245 aa  144  2e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.372694  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0313  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.8 
 
 
239 aa  143  3e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00087118  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1373  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  35.22 
 
 
248 aa  143  4e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.124306  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0729  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.43 
 
 
251 aa  142  5e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0262547  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2801  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  37.5 
 
 
249 aa  137  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
236 aa  136  3.0000000000000003e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2059  3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase  33.33 
 
 
247 aa  136  4e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0884699 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4552  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.1 
 
 
246 aa  135  6.0000000000000005e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2148  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.33 
 
 
247 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6360  short chain dehydrogenase  36.51 
 
 
262 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1033  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.2 
 
 
248 aa  133  3e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.348466  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1308  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.6 
 
 
257 aa  133  3e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0426  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.66 
 
 
253 aa  133  3.9999999999999996e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0324644 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2450  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  36.84 
 
 
249 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1020  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.6 
 
 
246 aa  132  5e-30  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0122832  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0176  short chain dehydrogenase  34.52 
 
 
255 aa  132  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5486  short chain dehydrogenase  36.86 
 
 
262 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.398056  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6772  short chain dehydrogenase  36.86 
 
 
262 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.646299 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1897  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.37 
 
 
247 aa  132  5e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100219 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2072  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  34.82 
 
 
247 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000027021  n/a   
 
 
-
 
NC_011737  PCC7424_5536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.38 
 
 
254 aa  132  6.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0819159 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.4 
 
 
250 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0527344  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2667  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  30.89 
 
 
249 aa  132  7.999999999999999e-30  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.000000000680764  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7060  short chain dehydrogenase  33.6 
 
 
255 aa  132  9e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.556367 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3580  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
252 aa  132  9e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3571  short chain dehydrogenase  35.43 
 
 
256 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0445953  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7178  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
262 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0959368 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0825  hypothetical protein  31.87 
 
 
258 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6036  NAD-dependent epimerase/dehydratase:Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.92 
 
 
254 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0528417  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1110  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  33.6 
 
 
246 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3485  short chain dehydrogenase  34.94 
 
 
269 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3412  short chain dehydrogenase  34.27 
 
 
258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0947163  normal  0.165905 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0545  short chain dehydrogenase  34.68 
 
 
258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.379815  normal  0.424655 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2616  short chain dehydrogenase  33.87 
 
 
258 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4841  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.51 
 
 
258 aa  130  2.0000000000000002e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.166683  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.14 
 
 
257 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2821  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.51 
 
 
237 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2487  short chain dehydrogenase  34.94 
 
 
269 aa  130  3e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.17 
 
 
246 aa  130  3e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.650868  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3287  short chain dehydrogenase  33.73 
 
 
256 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4988  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.55 
 
 
249 aa  130  3e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3712  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.99 
 
 
252 aa  130  3e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>