285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_0004 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_1344  recombination protein F  93.11 
 
 		 368 aa  669    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0004  recombination protein F  100 
 
 		 363 aa  709    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000368793 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0013  recombination protein F  94.21 
 
 		 363 aa  672    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0003  recombination protein F  65.27 
 
 		 375 aa  461  9.999999999999999e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0003  recombination protein F  63.56 
 
 		 357 aa  421  1e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0791811  normal  0.40226 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3375  recombination protein F  54.8 
 
 		 361 aa  372  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2835  recombination protein F  58.38 
 
 		 358 aa  373  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0005  DNA replication and repair protein RecF  52.69 
 
 		 412 aa  311  9e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0464034  hitchhiker  1.0596299999999999e-21 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4092  recombination protein F  47.14 
 
 		 374 aa  286  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4412  recombination protein F  47.4 
 
 		 374 aa  286  4e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.92335  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0311  recombination protein F  46.98 
 
 		 374 aa  278  9e-74  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.406883  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0003  recombination protein F  46.74 
 
 		 391 aa  272  5.000000000000001e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.671854  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0003  recombination protein F  48.22 
 
 		 384 aa  268  1e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.0080717  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0003  recombination protein F  48.22 
 
 		 384 aa  267  2e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0005  recombination protein F  47.4 
 
 		 387 aa  263  3e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3395  recombination protein F  46.54 
 
 		 409 aa  261  1e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.714394  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0004  recombination protein F  46.58 
 
 		 378 aa  261  2e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.949729  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0003  recombination protein F  45.58 
 
 		 379 aa  259  4e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0003  recombination protein F  46.3 
 
 		 378 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.552608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1277  recombination protein F  43.75 
 
 		 378 aa  249  7e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  1.19843e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0003  recombination protein F  44.38 
 
 		 385 aa  248  1e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.323939 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0003  DNA replication and repair protein RecF  44.89 
 
 		 382 aa  246  4e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.45272  normal  0.393317 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0004  recombination protein F  43.21 
 
 		 378 aa  246  6e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.914523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0003  recombination protein F  44.11 
 
 		 379 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0158  recombination protein F  46.74 
 
 		 392 aa  243  6e-63  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.43131  normal  0.105898 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2800  recombination protein F  47.11 
 
 		 356 aa  242  7e-63  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.127366 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0004  DNA replication and repair protein RecF  43.94 
 
 		 385 aa  242  7.999999999999999e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.350342  normal  0.69961 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0004  DNA replication and repair protein RecF  44.2 
 
 		 385 aa  241  1e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.615543  normal  0.382944 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0003  DNA replication and repair protein RecF  44.74 
 
 		 384 aa  241  1e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.64703  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0003  recombination protein F  45.03 
 
 		 379 aa  236  3e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0714428  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1153  recombination protein F  47.01 
 
 		 357 aa  230  3e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.409843  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0003  DNA replication and repair protein RecF  43.09 
 
 		 382 aa  230  4e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.241044  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2240  DNA replication and repair protein RecF  43.21 
 
 		 384 aa  228  1e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.123005  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0003  recombination protein F  43.63 
 
 		 378 aa  227  2e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.322535  hitchhiker  0.000000874576 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0003  DNA replication and repair protein RecF  43.68 
 
 		 384 aa  225  8e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000323741  normal  0.930359 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3222  DNA replication and repair protein RecF  42.39 
 
 		 398 aa  224  2e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000505165 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1707  recombination protein F  44.6 
 
 		 369 aa  217  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.812314  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0003  recombination protein F  43.09 
 
 		 375 aa  211  2e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1286  recombination protein F  31.64 
 
 		 365 aa  191  1e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3146  DNA replication and repair protein RecF  38.74 
 
 		 403 aa  184  2.0000000000000003e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.522741  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0003  recombination protein F  40.51 
 
 		 373 aa  179  7e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0045  recombination protein F  30.06 
 
 		 372 aa  176  4e-43  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.498392  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0582  recombination protein F  41.24 
 
 		 379 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.829059  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0076  recombination protein F  30.06 
 
 		 372 aa  166  4e-40  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0199  putative DNA replication and repair protein RecF  29.17 
 
 		 349 aa  128  1.0000000000000001e-28  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00154503  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0004  DNA replication and repair protein RecF  24.5 
 
 		 376 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0004  DNA replication and repair protein RecF  25.83 
 
 		 372 aa  124  3e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.370076  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2374  DNA replication and repair protein RecF  26.76 
 
 		 369 aa  115  8.999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.72 
 
 		 386 aa  115  1.0000000000000001e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00780262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0004  recombination protein F  25 
 
 		 362 aa  114  3e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0498  hypothetical protein  26.11 
 
 		 370 aa  112  9e-24  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0003  recombination protein F  29.23 
 
 		 368 aa  112  9e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000843052  unclonable  0.00000000000512174 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0214  DNA replication and repair protein RecF  25.57 
 
 		 359 aa  111  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.613838  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0003  DNA replication and repair protein RecF  31.29 
 
 		 382 aa  110  5e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0003  DNA replication and repair protein RecF  21.55 
 
 		 362 aa  109  7.000000000000001e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000115018  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3886  DNA replication and repair protein RecF  29.72 
 
 		 365 aa  108  1e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0003  recombination protein F  29.23 
 
 		 370 aa  108  1e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.715959  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0004  recombination protein F  25.28 
 
 		 375 aa  108  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  27.43 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0003  recombination protein F  26.76 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0219866  hitchhiker  0.0042678 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0003  recombination protein F  26.76 
 
 		 360 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.133569  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0003  recombination protein F  26.47 
 
 		 360 aa  107  3e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0851424  hitchhiker  0.00000000117147 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0004  recombination protein F  23.93 
 
 		 375 aa  107  4e-22  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0003  recombination protein F  26.47 
 
 		 360 aa  106  6e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00706398  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0003  recombination protein F  27.49 
 
 		 360 aa  106  6e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000366734  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2156  recombination protein F  24.44 
 
 		 369 aa  106  7e-22  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000779125  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0004  recombination protein F  23.65 
 
 		 375 aa  106  7e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0004  recombination protein F  23.65 
 
 		 375 aa  106  7e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5316  recombination protein F  23.65 
 
 		 375 aa  106  7e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0155044  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0004  recombination protein F  23.65 
 
 		 375 aa  106  7e-22  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.340003 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1183  DNA replication and repair protein RecF  25.51 
 
 		 373 aa  106  7e-22  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00164356  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0004  recombination protein F  23.65 
 
 		 375 aa  105  9e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0003  recombination protein F  26.47 
 
 		 360 aa  105  9e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0977543  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0004  recombination protein F  24.09 
 
 		 375 aa  105  1e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000104808  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0004  recombination protein F  24.09 
 
 		 375 aa  105  1e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.864622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0004  recombination protein F  24.09 
 
 		 375 aa  105  1e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0003  recombination protein F  26.02 
 
 		 360 aa  105  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.316978  hitchhiker  0.00705664 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0003  recombination protein F  25.59 
 
 		 360 aa  104  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.029356  unclonable  0.0000000000200533 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0003  recombination protein F  30.99 
 
 		 361 aa  105  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.279219  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0011  recombination protein F  25.59 
 
 		 360 aa  104  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00668622  hitchhiker  0.00000000141072 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0004  recombination protein F  25.35 
 
 		 373 aa  103  3e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.177605  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0005  DNA replication and repair protein RecF  31.84 
 
 		 370 aa  104  3e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000369508  hitchhiker  0.000000145417 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0004  DNA replication and repair protein RecF  26.48 
 
 		 360 aa  103  3e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0003  recombination protein F  30.7 
 
 		 361 aa  103  4e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0110624  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5508  DNA replication and repair protein RecF  26.04 
 
 		 368 aa  103  5e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1991  recombination protein F  25.94 
 
 		 366 aa  103  5e-21  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0034  recombination protein F  30.09 
 
 		 361 aa  102  8e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000927918  normal  0.243305 
 
 
-
 
NC_002620  TC0346  recombination protein F  26.24 
 
 		 365 aa  102  1e-20  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.105676  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0434  DNA replication and repair protein RecF  28.68 
 
 		 392 aa  102  1e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.626531  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09773  putative DNA replication and repair protein  25.14 
 
 		 359 aa  102  2e-20  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.753312  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0010  recombination protein F  25.15 
 
 		 360 aa  101  2e-20  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0008  recombination protein F  26.18 
 
 		 360 aa  101  2e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0621721  hitchhiker  0.00000000274736 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0015  recombination protein F  25.82 
 
 		 360 aa  101  2e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00214178  hitchhiker  0.000779425 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0003  recombination protein F  29.66 
 
 		 361 aa  100  3e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0661286  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0003  recombination protein F  27.06 
 
 		 365 aa  100  5e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00186248  hitchhiker  0.000000180359 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0004  recombination protein F  29.23 
 
 		 401 aa  100  5e-20  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.582462  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0003  recombination protein F  27.62 
 
 		 365 aa  99.4  8e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.87 
 
 		 372 aa  99.4  9e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0004  recombination protein F  23.59 
 
 		 361 aa  99  1e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0003  DNA replication and repair protein RecF  28.17 
 
 		 364 aa  98.6  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>