More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_B0017 on replicon NC_007641
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007641  Rru_B0017  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
301 aa  598  1e-170  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3501  LysR family transcriptional regulator  77.63 
 
 
301 aa  462  1e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.356591  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3382  LysR family transcriptional regulator  52.05 
 
 
295 aa  286  3e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1717  transcriptional regulator, LysR family  52.52 
 
 
323 aa  285  6e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2005  transcriptional regulator, LysR family  50.68 
 
 
298 aa  276  2e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.140319 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1811  transcriptional regulator, LysR family  50.68 
 
 
297 aa  276  3e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193528  hitchhiker  0.00243987 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1659  LysR family transcriptional regulator  52.4 
 
 
314 aa  276  4e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.337839  normal  0.66809 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0978  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 
298 aa  271  7e-72  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00024266 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1528  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 
298 aa  270  2e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2417  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 
306 aa  266  4e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  1.94873e-05  normal  0.0826267 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1317  transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 
304 aa  265  6e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.631225  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3422  LysR family transcriptional regulator  48.31 
 
 
304 aa  264  1e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2247  LysR family transcriptional regulator  48.32 
 
 
307 aa  264  1e-69  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4829  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 
301 aa  261  1e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.732539 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5422  LysR family transcriptional regulator  45.02 
 
 
295 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.906945  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5440  LysR family transcriptional regulator  45.02 
 
 
301 aa  260  2e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.792139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4455  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 
301 aa  260  2e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0871  LysR family transcriptional regulator  48.15 
 
 
302 aa  259  4e-68  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1270  LysR family transcriptional regulator  48.49 
 
 
301 aa  256  4e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6857  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 
307 aa  256  4e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.561705  normal  0.826149 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4578  LysR family transcriptional regulator  48.16 
 
 
301 aa  255  7e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.166046  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0141  LysR family transcriptional regulator  47.8 
 
 
305 aa  250  2e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6199  transcriptional regulator, LysR family  49.47 
 
 
308 aa  249  5e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.2151  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2321  putative transcriptional regulator  42.81 
 
 
319 aa  243  3e-63  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.304743  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1887  transcriptional regulator, LysR family  44.75 
 
 
321 aa  238  7e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.337699  normal  0.210949 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2839  LysR family transcriptional regulator  44.96 
 
 
300 aa  237  2e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.587833 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4870  LysR family transcriptional regulator  46.88 
 
 
313 aa  236  2e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42222  normal  0.01712 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0543  LysR family transcriptional regulator  46.67 
 
 
309 aa  234  1e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.791494  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27440  putative transcriptional regulator  43.48 
 
 
321 aa  234  1e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.016223  normal  0.601013 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0399  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 
319 aa  231  1e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.222083  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46370  Transcriptional regulator, LysR-family  45.64 
 
 
307 aa  231  1e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.992428  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6632  LysR family transcriptional regulator  46.18 
 
 
310 aa  224  1e-57  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.946509  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3381  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 
305 aa  223  3e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.750017  normal  0.450038 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3528  LysR family transcriptional regulator  44.25 
 
 
353 aa  217  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2499  LysR family transcriptional regulator  43.12 
 
 
278 aa  211  1e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.178908  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3329  LysR family transcriptional regulator  43.58 
 
 
323 aa  209  5e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.195009 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4909  transcriptional regulator, LysR family  41.28 
 
 
313 aa  204  2e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.622222  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2085  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 
325 aa  202  5e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0073681  normal  0.210389 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4363  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 
339 aa  196  5e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4003  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 
339 aa  196  5e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5091  transcriptional regulator, LysR family  41.2 
 
 
328 aa  195  7e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.518904  normal  0.269776 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1706  transcriptional regulator, LysR family  39.31 
 
 
317 aa  194  1e-48  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3520  LysR family transcriptional regulator  41.61 
 
 
319 aa  193  3e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.677616 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3916  LysR family transcriptional regulator  41.47 
 
 
323 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.993386  normal  0.61928 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3409  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 
325 aa  186  6e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.155989  normal  0.11434 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0459  transcriptional regulator, LysR family  39.39 
 
 
308 aa  184  2e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00764777  normal  0.120091 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2136  transcriptional regulator, LysR family  41.69 
 
 
303 aa  182  4e-45  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2067  transcriptional regulator, LysR family  39.22 
 
 
307 aa  161  1e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2241  LysR, substrate-binding  33.1 
 
 
309 aa  157  1e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5101  LysR family transcriptional regulator  36.21 
 
 
315 aa  158  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.428224  normal  0.402017 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4218  transcriptional regulator, LysR family  37.78 
 
 
300 aa  156  4e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3796  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.43 
 
 
299 aa  154  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00027848 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03220  Transcriptional regulator  32.63 
 
 
347 aa  152  7e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2175  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 
314 aa  147  1e-34  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.415931  normal  0.0244247 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1852  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 
314 aa  146  3e-34  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0106414 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0674  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 
334 aa  145  8e-34  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0775947  normal  0.69232 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6418  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 
300 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.461632  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6130  LysR family transcriptional regulator  31.08 
 
 
300 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.733212  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1231  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 
315 aa  144  2e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.864061  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2440  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 
311 aa  143  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.554767  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3209  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
312 aa  143  4e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.487782 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2535  transcriptional regulator, LysR family  36.24 
 
 
307 aa  142  6e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.799798 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2018  transcription regulator protein  32.99 
 
 
321 aa  140  2e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.416664  normal  0.213867 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2635  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
297 aa  140  2e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3336  transcriptional regulator, LysR family  35.19 
 
 
306 aa  141  2e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.347566 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0969  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 
313 aa  141  2e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.233069  normal  0.0392284 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2857  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 
298 aa  140  3e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2352  transcriptional regulator, LysR family protein  30.07 
 
 
314 aa  140  4e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  1.17377e-06  decreased coverage  1.5924e-07 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3766  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
297 aa  139  5e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.536746  normal  0.203175 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4597  LysR family transcriptional regulator  34.6 
 
 
297 aa  139  5e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1003  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
315 aa  139  6e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2111  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 
297 aa  139  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3757  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
297 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.200349  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0820  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 
310 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.24868  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0257  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 
331 aa  138  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.885703 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3138  transcriptional regulator, LysR family protein  29.08 
 
 
316 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.27318  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01325  transcriptional regulator, LysR family protein  30.13 
 
 
314 aa  137  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0111496  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0136  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
333 aa  136  4e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0532671 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2333  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 
297 aa  135  8e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4964  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 
297 aa  135  9e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2436  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 
308 aa  135  9e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3652  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 
314 aa  135  9e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0641656 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0997  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 
302 aa  135  1e-30  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.940452  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2081  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 
308 aa  134  1e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4143  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 
318 aa  135  1e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00216178  hitchhiker  0.000662316 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20790  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 
298 aa  134  1e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.596943  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1710  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
297 aa  134  2e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1192  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
297 aa  134  2e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2167  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
297 aa  134  2e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.229693  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5270  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
315 aa  134  2e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.444493  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0260  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
297 aa  134  2e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.184545  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0904  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
297 aa  134  2e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.427435  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0352  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
297 aa  134  2e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1894  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 
297 aa  134  2e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3034  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 
301 aa  134  2e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0386168  normal  0.816732 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3259  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 
307 aa  134  2e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.48256  normal  0.503791 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1214  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 
314 aa  134  2e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.134847  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2735  LysR family transcriptional regulator  34.25 
 
 
305 aa  133  4e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.101495  normal  0.0532303 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2223  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 
313 aa  133  4e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35830  Regulatory protein, LysR-family  34.56 
 
 
298 aa  133  4e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>