More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_B0006 on replicon NC_007641
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007641  Rru_B0006  NAD-dependent epimerase/dehydratase  100 
 
 
319 aa  657    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.312436  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4198  NAD-dependent epimerase/dehydratase  46.32 
 
 
345 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6713  NAD-dependent epimerase/dehydratase  38.76 
 
 
314 aa  226  3e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0954433  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2392  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.17 
 
 
316 aa  199  5e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.325743  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3445  glutamine amidotransferase  37.78 
 
 
332 aa  189  7e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.210367 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.25 
 
 
304 aa  187  3e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.365657  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2717  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.25 
 
 
308 aa  186  3e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2404  NAD-dependent epimerase/dehydratase  39.15 
 
 
307 aa  183  4.0000000000000006e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2297  NAD-dependent epimerase/dehydratase  35.29 
 
 
310 aa  182  6e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3989  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.58 
 
 
332 aa  179  5.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2922  NAD-dependent epimerase/dehydratase  37.03 
 
 
339 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.443287 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0803  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.34 
 
 
315 aa  167  2e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0943322  normal  0.641054 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0303  UDP-glucose 4-epimerase, putative  31.53 
 
 
314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0428  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.94 
 
 
309 aa  163  3e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000231351  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1255  NAD-dependent epimerase/dehydratase:3-beta hydroxysteroid dehydrogenase/isomerase  33.22 
 
 
325 aa  162  9e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.410518  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0338  UDP-glucose 4-epimerase  31.53 
 
 
314 aa  162  9e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0413  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.61 
 
 
309 aa  162  1e-38  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000968529  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0257  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.21 
 
 
315 aa  159  5e-38  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0523  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.11 
 
 
305 aa  157  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0323  UDP-glucose 4-epimerase  31.85 
 
 
315 aa  157  3e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.428855  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0308  UDP-glucose 4-epimerase  30.57 
 
 
314 aa  152  1e-35  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0378  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.44 
 
 
302 aa  151  2e-35  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1187  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.68 
 
 
335 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3097  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.23 
 
 
322 aa  144  2e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.675955 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0155  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.85 
 
 
310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.609306  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0415  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.29 
 
 
292 aa  140  3e-32  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.060465  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3113  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.69 
 
 
306 aa  139  4.999999999999999e-32  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1316  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.19 
 
 
310 aa  139  6e-32  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.368791  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4278  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.87 
 
 
312 aa  138  1e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0211938  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0145  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.91 
 
 
311 aa  137  2e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0494  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.54 
 
 
296 aa  137  2e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.417633  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0342  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.67 
 
 
292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.0000414523 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1577  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.96 
 
 
292 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1322  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.47 
 
 
313 aa  136  5e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.120479  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3929  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31 
 
 
310 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0421817 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0263  UDP-glucose 4-epimerase, C-terminus  32.5 
 
 
257 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1954  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.99 
 
 
310 aa  132  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1925  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
310 aa  132  9e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.239382  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2010  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.19 
 
 
310 aa  131  2.0000000000000002e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1901  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.49 
 
 
312 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.747333  normal  0.141884 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1942  UDP-glucose 4-epimerase  30.79 
 
 
302 aa  129  7.000000000000001e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0204  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.27 
 
 
333 aa  129  9.000000000000001e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1075  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.96 
 
 
327 aa  127  3e-28  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5461  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.59 
 
 
330 aa  126  4.0000000000000003e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1343  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.66 
 
 
322 aa  126  4.0000000000000003e-28  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1148  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.54 
 
 
305 aa  125  7e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000161478  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2916  UDP-glucose 4-epimerase  31.51 
 
 
320 aa  125  7e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.660815 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22780  Nucleoside-diphosphate-sugar epimerase  28.96 
 
 
318 aa  125  9e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5315  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.34 
 
 
309 aa  125  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1969  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.97 
 
 
310 aa  125  1e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1391  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.61 
 
 
314 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1432  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.66 
 
 
328 aa  123  3e-27  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0167  NAD-dependent epimerase/dehydratase  26.81 
 
 
328 aa  123  4e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3874  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.11 
 
 
306 aa  122  5e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.481806  normal  0.682249 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0554  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.24 
 
 
310 aa  123  5e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.108773 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1293  UDP-glucose 4-epimerase  32.59 
 
 
336 aa  122  6e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.606002  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0673  UDP-galactose 4-epimerase  31.96 
 
 
337 aa  122  9e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000299597 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1849  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.98 
 
 
331 aa  122  9e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.216355 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5030  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.88 
 
 
309 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.446377 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2136  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.78 
 
 
313 aa  121  9.999999999999999e-27  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0794715  normal  0.286988 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0284  UDP-galactose 4-epimerase  31.6 
 
 
330 aa  121  9.999999999999999e-27  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.555091  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3899  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.06 
 
 
329 aa  121  1.9999999999999998e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11260  putative epimerase  33.33 
 
 
309 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33900  UDP-glucose 4-epimerase  29.64 
 
 
313 aa  120  3e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0160  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.98 
 
 
310 aa  120  3e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0997  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.92 
 
 
306 aa  120  3.9999999999999996e-26  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0501  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.2 
 
 
310 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.95493  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0546  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.71 
 
 
310 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.466316  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0608  UDP-glucose 4-epimerase  30.25 
 
 
324 aa  119  7e-26  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000293819  hitchhiker  0.00261597 
 
 
-
 
NC_013747  Htur_5169  NAD-dependent epimerase/dehydratase  31.17 
 
 
325 aa  119  7.999999999999999e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1685  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.43 
 
 
309 aa  119  7.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1065  UDP-glucose 4-epimerase  31.53 
 
 
336 aa  119  9e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.319648 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1427  UDP-glucose 4-epimerase  31.65 
 
 
337 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.60129 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3907  UDP-glucose 4-epimerase  27.95 
 
 
336 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.179551 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1033  putative epimerase  32.97 
 
 
309 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0678  NAD-dependent epimerase/dehydratase family protein  32.62 
 
 
309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2382  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.87 
 
 
314 aa  118  1.9999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.62051  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1597  UDP-glucose 4-epimerase  31.04 
 
 
337 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.903427  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2921  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.74 
 
 
303 aa  117  3e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1068  UDP-galactose 4-epimerase  30.16 
 
 
334 aa  117  3e-25  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.715245  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0971  NAD-dependent epimerase/dehydratase  27.12 
 
 
309 aa  117  3e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0910  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  26.02 
 
 
307 aa  117  3e-25  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1161  UDP-glucose 4-epimerase  33.44 
 
 
338 aa  116  3.9999999999999997e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0299848  hitchhiker  0.000414813 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_08531  UDP-glucose 4-epimerase  30.91 
 
 
348 aa  117  3.9999999999999997e-25  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.264639  hitchhiker  0.00180619 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4475  NAD-dependent epimerase/dehydratase  32.26 
 
 
309 aa  116  5e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3691  UDP-glucose 4-epimerase  29.25 
 
 
319 aa  115  6.9999999999999995e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1609  UDP-glucose 4-epimerase  31.65 
 
 
337 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.647452  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3791  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.41 
 
 
313 aa  115  6.9999999999999995e-25  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0536  NAD-dependent epimerase/dehydratase  28.39 
 
 
310 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5674  UDP-galactose 4-epimerase  30.99 
 
 
337 aa  115  7.999999999999999e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.304425 
 
 
-
 
NC_011674  PHATRDRAFT_55575  nad-dependent epimerase/dehydratase  26.59 
 
 
593 aa  115  8.999999999999998e-25  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06580  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.45 
 
 
312 aa  115  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1626  UDP-galactose 4-epimerase  30.91 
 
 
331 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.467099  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0221  UDP-galactose 4-epimerase  29.48 
 
 
347 aa  114  2.0000000000000002e-24  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  decreased coverage  0.000600389  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2854  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.1 
 
 
307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000873024 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0668  UDP-glucose 4-epimerase  31.58 
 
 
319 aa  114  3e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0718222 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3491  NAD-dependent epimerase/dehydratase  29.18 
 
 
315 aa  113  5e-24  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009368  OSTLU_43376  predicted protein  27.44 
 
 
326 aa  113  5e-24  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.412352  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0935  NAD-dependent epimerase/dehydratase  30.83 
 
 
288 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2299  UDP-glucose 4-epimerase  28.85 
 
 
332 aa  112  8.000000000000001e-24  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>