99 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_AR0002 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_AR0002  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0034  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_R0064  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0036  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.550861 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4582  tRNA-Arg  92.54 
 
 		 77 bp  93.7  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0030  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0160344  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0003  tRNA-Arg  89.55 
 
 		 77 bp  77.8  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0019  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0987359  normal  0.649702 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0948  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 74 bp  69.9  0.00000000008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.391467  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0037  tRNA-Arg  88.06 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0828388  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0030  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000202832  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0005  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.20883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0050  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.347664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0954  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1960  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 79 bp  61.9  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.775984  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t41  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0465377  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0008  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.894814  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t16  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0054  tRNA-Arg  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0085  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000064682  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  97.06 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.189298  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0050  tRNA-Arg  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0023  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0022  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000850812  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0060  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0041  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00815383  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0035  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.16654  normal  0.524865 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0048  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  decreased coverage  0.00910953  normal  0.118857 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0036  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.962728 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0035  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.228505  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0022  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000177446  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0009  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0022  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0068  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0073  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.665129 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0012  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0042  tRNA-Arg  86.44 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0034  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.1136  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0038  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.217682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0055    85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.594029  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0016  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0002  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.259161  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0035  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0046  tRNA-Arg  86.57 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.837705  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0120  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0536302  normal  0.377929 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0056  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0007  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0021  tRNA-Arg  85.07 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0011  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.264666  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0015  tRNA-Arg  86.21 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.776869  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0038  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.903722  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0059  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.925034  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0057  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00918758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0012  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4575  tRNA-Arg  91.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.464921  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0056  tRNA-Met  85.96 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.764712  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0045  tRNA-Arg  85.71 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0067  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0004  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0200827  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0009  tRNA-Arg  91.67 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0002  tRNA-Arg  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000973138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2557  tRNA-Arg  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.55794e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0054  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.403688  hitchhiker  0.000271304 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0022  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0023  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0598975  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3097t  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000646764  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tArg01  tRNA-Arg  84.13 
 
 		 80 bp  46.1  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000810736  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna022  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000131099  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0053  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.686507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0016  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.228908 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0042  tRNA-Arg  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0051  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0016058 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0070  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.644432  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0040  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0042  tRNA-Arg  84.13 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0051  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0003  tRNA-Arg  84.75 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.972856  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0020  tRNA-Arg  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0801009 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00485  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0037  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0062  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.768136  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0013  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0697011  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0004  tRNA-Arg  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0054  tRNA-Arg  83.58 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0462421  normal  0.0117618 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1441  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0054  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0059  tRNA-Arg  84.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0048  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.427603  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0187  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0049  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0053  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.673095  normal  0.662911 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_R0036  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0219325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1721  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.422722  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0770  tRNA-Arg  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.595906  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0009  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.538917  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0055  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.300592 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna24  tRNA-Arg  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>