More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3783 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3783  tRNA pseudouridine synthase B  100 
 
 		 308 aa  617  1e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0711171  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2073  tRNA pseudouridine synthase B  54.1 
 
 		 306 aa  303  3.0000000000000004e-81  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.427039 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0039  tRNA pseudouridine synthase B  48.55 
 
 		 310 aa  291  6e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.651075  normal  0.326168 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3048  tRNA pseudouridine synthase B  47.78 
 
 		 318 aa  289  4e-77  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0059  tRNA pseudouridine synthase B  50.65 
 
 		 366 aa  285  5e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3630  tRNA pseudouridine synthase B  50.8 
 
 		 307 aa  284  1.0000000000000001e-75  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.326344  normal  0.032374 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0441  tRNA pseudouridine synthase B  51.13 
 
 		 311 aa  281  1e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0482  tRNA pseudouridine synthase B  49.36 
 
 		 387 aa  280  3e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.266724  normal  0.260963 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0603  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 351 aa  278  6e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0438  tRNA pseudouridine synthase B  50.32 
 
 		 366 aa  277  1e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0026  tRNA pseudouridine synthase B  50 
 
 		 358 aa  276  3e-73  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.148493 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0033  tRNA pseudouridine synthase B  49.35 
 
 		 412 aa  275  9e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0229  tRNA pseudouridine synthase B  48.39 
 
 		 368 aa  271  1e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00860319  normal  0.483452 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0084  tRNA pseudouridine synthase B  45.28 
 
 		 302 aa  261  8e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1108  tRNA pseudouridine synthase B  46.1 
 
 		 301 aa  258  7e-68  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.610694  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3042  tRNA pseudouridine synthase B  44.63 
 
 		 304 aa  256  2e-67  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.877322 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2922  tRNA pseudouridine synthase B  45.78 
 
 		 301 aa  256  3e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0680034  normal  0.150523 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3443  tRNA pseudouridine synthase B  45.4 
 
 		 310 aa  252  7e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2770  tRNA pseudouridine synthase B  46.1 
 
 		 301 aa  251  1e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4034  tRNA pseudouridine synthase B  44.81 
 
 		 301 aa  250  2e-65  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0171  tRNA pseudouridine synthase B  44.37 
 
 		 309 aa  248  9e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.347774  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3808  tRNA pseudouridine synthase B  45.43 
 
 		 324 aa  247  1e-64  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0201981 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2801  tRNA pseudouridine synthase B  47.54 
 
 		 298 aa  247  1e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.404125  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4385  tRNA pseudouridine synthase B  44.37 
 
 		 310 aa  248  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.5296 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4065  tRNA pseudouridine synthase B  44.05 
 
 		 310 aa  245  6e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0745  tRNA pseudouridine synthase B  42.38 
 
 		 324 aa  245  6e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.555354  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2167  tRNA pseudouridine synthase B  41.16 
 
 		 324 aa  243  3e-63  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2079  tRNA pseudouridine synthase B  41.16 
 
 		 324 aa  243  3e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.0054544  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2921  tRNA pseudouridine synthase B  45.9 
 
 		 341 aa  241  9e-63  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0697495  normal  0.0719894 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2817  tRNA pseudouridine synthase B  46.56 
 
 		 341 aa  241  1e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.779888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2695  tRNA pseudouridine synthase B  45.9 
 
 		 341 aa  241  1e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4620  tRNA pseudouridine synthase B  45.1 
 
 		 335 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.29706  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2609  tRNA pseudouridine synthase B  44.92 
 
 		 354 aa  239  5e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.225984 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1256  tRNA pseudouridine synthase B  39.63 
 
 		 320 aa  239  5.999999999999999e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3932  tRNA pseudouridine synthase B  43.26 
 
 		 312 aa  238  6.999999999999999e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138388  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3725  tRNA pseudouridine synthase B  46.71 
 
 		 342 aa  238  1e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0838427 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2484  tRNA pseudouridine synthase B  46.6 
 
 		 304 aa  236  3e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.468436  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2293  tRNA pseudouridine synthase B  43.52 
 
 		 299 aa  232  5e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.152736 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0291  tRNA pseudouridine synthase B  45.67 
 
 		 363 aa  231  1e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0204129 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0541  tRNA pseudouridine synthase B  43.73 
 
 		 318 aa  231  1e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.578827  normal  0.242004 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0336  tRNA pseudouridine synthase B  39.47 
 
 		 301 aa  226  4e-58  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.636591  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1045  tRNA pseudouridine synthase B  42.14 
 
 		 300 aa  225  6e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.128429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0728  tRNA pseudouridine synthase B  38.16 
 
 		 296 aa  223  3e-57  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1917  tRNA pseudouridine synthase B  43 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.274314  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1505  tRNA pseudouridine synthase B  43 
 
 		 321 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0993  tRNA pseudouridine synthase B  43 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.423513  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0173  tRNA pseudouridine synthase B  43 
 
 		 321 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.016553  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1764  tRNA pseudouridine synthase B  43 
 
 		 302 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.701485  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1059  tRNA pseudouridine synthase B  43 
 
 		 311 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00436099  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1742  tRNA pseudouridine synthase B  42.67 
 
 		 302 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00438072  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2562  tRNA pseudouridine synthase B  42.02 
 
 		 311 aa  215  8e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0616361  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3072  tRNA pseudouridine synthase B  40 
 
 		 307 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1022  tRNA pseudouridine synthase B  42.57 
 
 		 310 aa  212  7e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1502  tRNA pseudouridine synthase B  42.57 
 
 		 310 aa  212  7e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.424281  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1424  tRNA pseudouridine synthase B  42.67 
 
 		 310 aa  210  2e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0157045 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1384  tRNA pseudouridine synthase B  43 
 
 		 310 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2029  tRNA pseudouridine synthase B  40.92 
 
 		 314 aa  207  2e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0245667  normal  0.0911973 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4643  tRNA pseudouridine synthase B  42.95 
 
 		 322 aa  206  3e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0247266  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2026  tRNA pseudouridine synthase B  40.98 
 
 		 315 aa  206  5e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1478  tRNA pseudouridine synthase B  41.95 
 
 		 310 aa  206  6e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2818  tRNA pseudouridine synthase B  40.91 
 
 		 311 aa  203  2e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0130681  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1753  tRNA pseudouridine synthase B  41.31 
 
 		 310 aa  202  6e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0346238 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1634  tRNA pseudouridine synthase B  40.58 
 
 		 311 aa  202  8e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.767781  hitchhiker  0.000962415 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1727  tRNA pseudouridine synthase B  40.73 
 
 		 309 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.577271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3724  tRNA pseudouridine synthase B  42.15 
 
 		 319 aa  198  1.0000000000000001e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2118  tRNA pseudouridine synthase B  42.59 
 
 		 308 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.206379  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0908  tRNA pseudouridine synthase B  36.88 
 
 		 301 aa  193  4e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1747  tRNA pseudouridine synthase B  41.29 
 
 		 304 aa  190  2.9999999999999997e-47  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.108245  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1144  tRNA pseudouridine synthase B  39.03 
 
 		 315 aa  188  8e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.431473  normal  0.105946 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2450  tRNA pseudouridine synthase B  40.3 
 
 		 299 aa  188  9e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.226071  normal  0.847147 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3605  tRNA pseudouridine synthase B  35.62 
 
 		 314 aa  187  1e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0838  tRNA pseudouridine synthase B  35.06 
 
 		 305 aa  187  2e-46  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0587  tRNA pseudouridine synthase B  37.28 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.25247  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1291  tRNA pseudouridine synthase B  38.56 
 
 		 314 aa  185  7e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.227253  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03033  tRNA pseudouridine synthase B  35.31 
 
 		 314 aa  185  9e-46  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.975802  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0539  tRNA pseudouridine synthase B  35.31 
 
 		 314 aa  185  9e-46  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02984  hypothetical protein  35.31 
 
 		 314 aa  185  9e-46  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0532  tRNA pseudouridine synthase B  35.31 
 
 		 314 aa  185  9e-46  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000405191 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3358  tRNA pseudouridine synthase B  35.31 
 
 		 314 aa  185  9e-46  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.928747  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3462  tRNA pseudouridine synthase B  35.31 
 
 		 314 aa  185  9e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.266438 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1128  tRNA pseudouridine synthase B  41.58 
 
 		 297 aa  185  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.925084  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4487  tRNA pseudouridine synthase B  35.31 
 
 		 314 aa  184  1.0000000000000001e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1672  tRNA pseudouridine synthase B  41.9 
 
 		 292 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000366042  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0600  tRNA pseudouridine synthase B  36.59 
 
 		 318 aa  184  2.0000000000000003e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4575  tRNA pseudouridine synthase B  36.88 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0935427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4710  tRNA pseudouridine synthase B  36.54 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.201435 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1946  tRNA pseudouridine synthase B  40.61 
 
 		 308 aa  182  4.0000000000000006e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0313874 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0723  tRNA pseudouridine synthase B  36.48 
 
 		 305 aa  182  6e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  0.0309098 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1005  tRNA pseudouridine synthase B  39.93 
 
 		 307 aa  182  7e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319279  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3650  tRNA pseudouridine synthase B  35 
 
 		 314 aa  181  9.000000000000001e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3606  tRNA pseudouridine synthase B  36.36 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.825741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0810  tRNA pseudouridine synthase B  35.02 
 
 		 314 aa  181  1e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.384443  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1212  tRNA pseudouridine synthase B  39.6 
 
 		 318 aa  181  1e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.193622  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1694  tRNA pseudouridine synthase B  41.05 
 
 		 328 aa  180  2e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00112277  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42800  tRNA pseudouridine synthase B  36.57 
 
 		 305 aa  180  2e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62730  tRNA pseudouridine synthase B  37.1 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1119  tRNA pseudouridine synthase B  39.27 
 
 		 318 aa  180  2e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.717594  normal  0.307912 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1357  tRNA pseudouridine synthase B  33.88 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.531893  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1331  tRNA pseudouridine synthase B  33.88 
 
 		 305 aa  179  4e-44  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.284628  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1438  tRNA pseudouridine synthase B  40.2 
 
 		 302 aa  179  4.999999999999999e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>