261 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3782 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3782  ribosome-binding factor A  100 
 
 
164 aa  320  6e-87  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0911878  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0226  ribosome-binding factor A  52.34 
 
 
140 aa  127  7e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.435446  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1046  ribosome-binding factor A  49.58 
 
 
141 aa  125  4e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12886  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2696  ribosome-binding factor A  47.06 
 
 
145 aa  121  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.674256 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2922  ribosome-binding factor A  47.06 
 
 
145 aa  120  7e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0301917  normal  0.0601013 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2294  ribosome-binding factor A  46.67 
 
 
155 aa  118  4e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.121706 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0746  ribosome-binding factor A  44.68 
 
 
150 aa  117  9e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321784  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0058  ribosome-binding factor A  48.31 
 
 
138 aa  115  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.649534  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2071  ribosome-binding factor A  48.31 
 
 
145 aa  114  4e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.573719 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3629  ribosome-binding factor A  47.93 
 
 
140 aa  114  4e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.445652  normal  0.0497582 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4619  ribosome-binding factor A  49.19 
 
 
135 aa  114  5e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2818  ribosome-binding factor A  43.38 
 
 
145 aa  114  5e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.259467  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0613  ribosome-binding factor A  47.41 
 
 
136 aa  114  5e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.440259  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0481  ribosome-binding factor A  52.14 
 
 
137 aa  113  1e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.214856  normal  0.376721 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3815  ribosome-binding factor A  51.3 
 
 
132 aa  113  1e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.104911  normal  0.0213018 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0032  ribosome-binding factor A  47.29 
 
 
137 aa  112  2e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3046  ribosome-binding factor A  45.99 
 
 
141 aa  112  2e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2610  ribosome-binding factor A  47.73 
 
 
139 aa  112  2e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0292  ribosome-binding factor A  48.28 
 
 
151 aa  108  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.887654  normal  0.0167928 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3726  ribosome-binding factor A  48.12 
 
 
142 aa  108  4e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.879451  normal  0.0692072 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0025  ribosome-binding factor A  47.46 
 
 
146 aa  108  5e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.129398 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0601  ribosome-binding factor A  45.11 
 
 
135 aa  107  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3442  ribosome-binding factor A  40.94 
 
 
134 aa  107  1e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.728771  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0170  ribosome-binding factor A  39.29 
 
 
137 aa  105  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0610976  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2166  ribosome-binding factor A  46.22 
 
 
150 aa  106  2e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2488  ribosome-binding factor A  46.77 
 
 
135 aa  105  3e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.266682  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2078  ribosome-binding factor A  46.22 
 
 
197 aa  105  4e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0263191  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4066  ribosome-binding factor A  40.16 
 
 
134 aa  103  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0439  ribosome-binding factor A  44.2 
 
 
137 aa  103  1e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4036  ribosome-binding factor A  41.01 
 
 
143 aa  102  3e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0230  ribosome-binding factor A  46.34 
 
 
136 aa  100  8e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00202036  normal  0.436051 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4386  ribosome-binding factor A  40.16 
 
 
134 aa  100  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.4784 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0086  ribosome-binding factor A  44.92 
 
 
131 aa  99.4  2e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.744834  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3931  ribosome-binding factor A  45.38 
 
 
133 aa  99.4  2e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.627477  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2924  ribosome-binding factor A  42.42 
 
 
165 aa  98.6  3e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332986  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3041  ribosome-binding factor A  43.8 
 
 
135 aa  98.6  3e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.603703  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1255  ribosome-binding factor A  44.72 
 
 
148 aa  98.2  4e-20  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1106  ribosome-binding factor A  43.7 
 
 
140 aa  97.8  5e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2768  ribosome-binding factor A  44.07 
 
 
137 aa  96.7  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0038  ribosome-binding factor A  37.68 
 
 
164 aa  93.2  1e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623045  normal  0.446494 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2799  ribosome-binding factor A  44.36 
 
 
138 aa  93.2  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285538  normal  0.747306 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  36.43 
 
 
131 aa  75.9  2e-13  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  1.45103e-05  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  36.43 
 
 
123 aa  73.9  9e-13  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  40.95 
 
 
118 aa  72.4  2e-12  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  3.6841e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  40.57 
 
 
118 aa  72.4  3e-12  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  40.57 
 
 
118 aa  72.4  3e-12  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  40.95 
 
 
118 aa  72.4  3e-12  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  40.95 
 
 
118 aa  71.6  4e-12  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  40.95 
 
 
118 aa  72  4e-12  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  40.95 
 
 
118 aa  72  4e-12  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.32995e-63 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  40.95 
 
 
118 aa  71.6  4e-12  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  32.54 
 
 
119 aa  70.9  7e-12  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  31.75 
 
 
119 aa  69.7  1e-11  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  38.39 
 
 
118 aa  69.7  2e-11  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  38.39 
 
 
118 aa  69.7  2e-11  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  37.84 
 
 
123 aa  69.7  2e-11  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  38.39 
 
 
118 aa  69.7  2e-11  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  36.11 
 
 
141 aa  69.7  2e-11  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 
116 aa  68.2  5e-11  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 
116 aa  68.2  5e-11  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  33.63 
 
 
117 aa  66.6  1e-10  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1143  ribosome-binding factor A  39.81 
 
 
122 aa  65.9  2e-10  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.115087 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0319  ribosome-binding factor A  33.65 
 
 
122 aa  65.5  3e-10  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  32.85 
 
 
127 aa  65.5  3e-10  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  30.48 
 
 
123 aa  65.1  4e-10  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 
126 aa  64.7  6e-10  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  8.26248e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  27.35 
 
 
132 aa  64.3  7e-10  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  1.64371e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  38.18 
 
 
119 aa  63.5  1e-09  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  38.18 
 
 
119 aa  63.5  1e-09  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  32.38 
 
 
116 aa  63.2  1e-09  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1164  ribosome-binding factor A  36.29 
 
 
138 aa  63.2  2e-09  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.338865  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  38.89 
 
 
130 aa  62.4  2e-09  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  39.23 
 
 
126 aa  62.8  2e-09  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1232  ribosome-binding factor A  37.96 
 
 
139 aa  62.4  2e-09  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0340167  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1051  ribosome-binding factor A  32.74 
 
 
122 aa  62.8  2e-09  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  5.70949e-12  hitchhiker  1.54001e-07 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  36 
 
 
125 aa  62.4  2e-09  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  30.09 
 
 
130 aa  62  4e-09  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  30.36 
 
 
116 aa  61.6  4e-09  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  39.09 
 
 
121 aa  62  4e-09  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1104  ribosome-binding factor A  36.29 
 
 
138 aa  61.6  4e-09  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0588249  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3329  ribosome-binding factor A  33.11 
 
 
156 aa  61.6  4e-09  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.414674  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  35.92 
 
 
147 aa  61.6  5e-09  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  39.06 
 
 
121 aa  61.6  5e-09  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0998  ribosome-binding factor A  31.82 
 
 
126 aa  61.6  5e-09  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00108919  normal  0.25507 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3680  ribosome-binding factor A  34.38 
 
 
127 aa  61.2  5e-09  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00259102  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  35.85 
 
 
131 aa  60.8  7e-09  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1124  ribosome-binding factor A  33.94 
 
 
121 aa  60.8  8e-09  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.559774  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1557  ribosome-binding factor A  35.58 
 
 
119 aa  60.1  1e-08  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.52845e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1131  ribosome-binding factor A  35.94 
 
 
130 aa  60.1  1e-08  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0305445  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4876  ribosome-binding factor A  29.77 
 
 
127 aa  59.3  2e-08  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.26776 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1902  ribosome-binding factor A  30.56 
 
 
122 aa  58.9  3e-08  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0066847  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2350  ribosome-binding factor A  33.09 
 
 
140 aa  58.5  3e-08  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.840269  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  29.6 
 
 
118 aa  58.5  3e-08  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  31.36 
 
 
118 aa  58.2  5e-08  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  29.32 
 
 
133 aa  58.2  5e-08  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1069  ribosome-binding factor A  30 
 
 
130 aa  58.2  5e-08  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  26.17 
 
 
117 aa  58.2  5e-08  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  31.82 
 
 
122 aa  57.4  9e-08  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2118  Ribosome-binding factor A-like protein  33.58 
 
 
160 aa  57.4  9e-08  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.376562  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2027  ribosome-binding factor A  31.62 
 
 
122 aa  57  1e-07  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.373244  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>