More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3706 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3706  aminotransferase  100 
 
 		 460 aa  913    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4601  aminotransferase class I and II  52.14 
 
 		 398 aa  378  1e-103  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1301  aminotransferase class I and II  44.33 
 
 		 413 aa  311  1e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.54822 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2899  aminotransferase, class I and II  44.87 
 
 		 392 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.24547  normal  0.890178 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1480  succinyldiaminopimelate transaminase  44.7 
 
 		 402 aa  300  3e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17030  succinyldiaminopimelate transaminase  44.7 
 
 		 402 aa  300  4e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1494  aminotransferase  44.1 
 
 		 392 aa  297  3e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0109617  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0132  aminotransferase  42.56 
 
 		 404 aa  297  3e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.926406  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0060  aminotransferase class I and II  44.33 
 
 		 393 aa  297  3e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.119317  hitchhiker  0.0000032787 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0082  aminotransferase, class I and II  44.53 
 
 		 423 aa  296  5e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0909898 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0144  aminotransferase, class I and II  44.1 
 
 		 392 aa  296  5e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.680923  normal  0.141638 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5338  succinyldiaminopimelate transaminase  41 
 
 		 410 aa  295  1e-78  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.271745 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1248  succinyldiaminopimelate transaminase  40.6 
 
 		 410 aa  293  5e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2048  succinyldiaminopimelate transaminase  40.75 
 
 		 410 aa  292  1e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0089  aminotransferase, class I and II  41.78 
 
 		 423 aa  291  1e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.789487  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6048  succinyldiaminopimelate transaminase  40.75 
 
 		 410 aa  292  1e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2029  succinyldiaminopimelate transaminase  40.75 
 
 		 410 aa  292  1e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1930  succinyldiaminopimelate transaminase  39.52 
 
 		 420 aa  289  8e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.4255 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3056  succinyldiaminopimelate transaminase  42.49 
 
 		 398 aa  288  2e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.433541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2017  succinyldiaminopimelate transaminase  41.71 
 
 		 420 aa  288  2e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39020  succinyldiaminopimelate transaminase  43.41 
 
 		 398 aa  287  2e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0524021  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0427  aminotransferase  41.16 
 
 		 393 aa  286  4e-76  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1098  succinyldiaminopimelate transaminase  41.86 
 
 		 399 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1842  aminotransferase class I and II  44.02 
 
 		 416 aa  283  3.0000000000000004e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.134959  normal  0.168146 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2672  aminotransferase, class I and II  44.27 
 
 		 397 aa  283  4.0000000000000003e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0252  succinyldiaminopimelate transaminase  41.86 
 
 		 401 aa  283  4.0000000000000003e-75  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0555  succinyldiaminopimelate transaminase  39.11 
 
 		 409 aa  283  4.0000000000000003e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00147864 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1531  aminotransferase, classes I and II  42.89 
 
 		 397 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0059  aminotransferase  41.8 
 
 		 392 aa  283  6.000000000000001e-75  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.419945  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0281  aminotransferase class I and II  41.78 
 
 		 408 aa  282  7.000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0769639  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1143  succinyldiaminopimelate transaminase  41.97 
 
 		 399 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.385883  normal  0.91788 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1340  succinyldiaminopimelate transaminase  42.64 
 
 		 397 aa  281  1e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.313049 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0376  aminotransferase, class I and II  42.3 
 
 		 420 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1386  succinyldiaminopimelate transaminase  39.25 
 
 		 396 aa  281  1e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.849578 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4085  succinyldiaminopimelate transaminase  42.23 
 
 		 398 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.930262 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1866  succinyldiaminopimelate transaminase  41.69 
 
 		 396 aa  280  4e-74  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.402909  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2124  succinyldiaminopimelate transaminase  41.49 
 
 		 399 aa  279  6e-74  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1671  succinyldiaminopimelate transaminase  39.5 
 
 		 405 aa  278  1e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0235103 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4189  succinyldiaminopimelate transaminase  41.97 
 
 		 398 aa  278  2e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.199864  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2466  succinyldiaminopimelate transaminase  39.5 
 
 		 405 aa  277  2e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000138526 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2603  succinyldiaminopimelate transaminase  39.65 
 
 		 407 aa  276  4e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0445  aminotransferase, class I and II  42.3 
 
 		 412 aa  276  5e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.335861 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1588  succinyldiaminopimelate transaminase  41.71 
 
 		 398 aa  276  8e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.133702  normal  0.347765 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1565  succinyldiaminopimelate transaminase  41.98 
 
 		 415 aa  275  9e-73  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.155441  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2504  succinyldiaminopimelate transaminase  41.98 
 
 		 410 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181196  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2551  aminotransferase, class I and II  38.75 
 
 		 400 aa  275  1.0000000000000001e-72  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.138065  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1340  succinyldiaminopimelate transaminase  41.98 
 
 		 410 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3244  succinyldiaminopimelate transaminase  41.98 
 
 		 410 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.667849  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2068  succinyldiaminopimelate transaminase  41.98 
 
 		 410 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.854431  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1469  aminotransferase, class I and II  42.61 
 
 		 399 aa  275  2.0000000000000002e-72  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1491  succinyldiaminopimelate transaminase  40.41 
 
 		 398 aa  274  3e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.997861  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1850  succinyldiaminopimelate transaminase  39.6 
 
 		 397 aa  273  3e-72  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0598613  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2061  succinyldiaminopimelate transaminase  40.54 
 
 		 387 aa  273  4.0000000000000004e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2193  succinyldiaminopimelate transaminase  41.5 
 
 		 397 aa  273  5.000000000000001e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2448  succinyldiaminopimelate transaminase  41.73 
 
 		 410 aa  273  6e-72  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.805274  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1331  succinyldiaminopimelate transaminase  40 
 
 		 399 aa  272  8.000000000000001e-72  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.785266  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1267  succinyldiaminopimelate transaminase  39.74 
 
 		 399 aa  271  2e-71  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.589506  normal  0.362674 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0393  succinyldiaminopimelate transaminase  37.24 
 
 		 408 aa  271  2e-71  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205919 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0439  succinyldiaminopimelate transaminase  37.37 
 
 		 412 aa  271  2e-71  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1891  succinyldiaminopimelate transaminase  39.95 
 
 		 399 aa  270  5e-71  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0044  succinyldiaminopimelate transaminase  40.83 
 
 		 405 aa  270  5.9999999999999995e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1394  succinyldiaminopimelate transaminase  38.97 
 
 		 417 aa  268  1e-70  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0274  succinyldiaminopimelate transaminase  40.79 
 
 		 409 aa  268  1e-70  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0275  aminotransferase, class I and II  41.67 
 
 		 438 aa  267  2e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.224598 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1348  succinyldiaminopimelate transaminase  36.94 
 
 		 434 aa  268  2e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.248718 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1424  succinyldiaminopimelate transaminase  40.35 
 
 		 410 aa  267  2.9999999999999995e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.000365494  normal  0.0284066 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1153  succinyldiaminopimelate transaminase  40.41 
 
 		 398 aa  265  8.999999999999999e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1269  aminotransferase class I and II  37.94 
 
 		 395 aa  265  1e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.58359 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0560  succinyldiaminopimelate transaminase  41.21 
 
 		 399 aa  265  1e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.370858  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2485  succinyldiaminopimelate transaminase  40.85 
 
 		 400 aa  264  2e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.354726  normal  0.111472 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1889  succinyldiaminopimelate transaminase  41.25 
 
 		 404 aa  263  4.999999999999999e-69  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3617  succinyldiaminopimelate transaminase  40.45 
 
 		 401 aa  263  6.999999999999999e-69  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00115899  normal  0.0503817 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2720  succinyldiaminopimelate transaminase  41 
 
 		 403 aa  262  6.999999999999999e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0250139  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2066  succinyldiaminopimelate transaminase  41 
 
 		 404 aa  262  8.999999999999999e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.595829 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1221  succinyldiaminopimelate transaminase  40 
 
 		 398 aa  261  2e-68  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2515  succinyldiaminopimelate transaminase  39.3 
 
 		 407 aa  259  8e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0423889 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1997  succinyldiaminopimelate transaminase  40.1 
 
 		 405 aa  258  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.356902 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1807  succinyldiaminopimelate transaminase  39.95 
 
 		 400 aa  257  3e-67  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1727  succinyldiaminopimelate transaminase  38.6 
 
 		 396 aa  256  7e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.963211  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2047  succinyldiaminopimelate transaminase  40.44 
 
 		 409 aa  253  6e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1813  succinyldiaminopimelate transaminase  40.75 
 
 		 402 aa  251  2e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1032  succinyldiaminopimelate transaminase  39.35 
 
 		 397 aa  248  1e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1821  aminotransferase, classes I and II  39.65 
 
 		 406 aa  247  3e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1498  aminotransferase class I and II  39.65 
 
 		 401 aa  247  4e-64  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.632779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0759  hypothetical protein  35.75 
 
 		 378 aa  231  3e-59  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0344164  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0491  aminotransferase class I and II  32.22 
 
 		 376 aa  206  5e-52  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3027  aminotransferase class I and II  34.85 
 
 		 359 aa  153  7e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.290105  normal  0.396849 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1002  aminotransferase class I and II  25.33 
 
 		 386 aa  151  2e-35  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8434  aminotransferase class I and II  34.81 
 
 		 359 aa  149  1.0000000000000001e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2532  N-succinyldiaminopimelate aminotransferase  32.75 
 
 		 379 aa  146  9e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000986388 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0492  N-succinyldiaminopimelate aminotransferase  32.23 
 
 		 370 aa  145  2e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.711349  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3944  aminotransferase class I and II  32.01 
 
 		 388 aa  144  3e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.082916 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0361  LL-diaminopimelate aminotransferase  27.82 
 
 		 389 aa  142  1.9999999999999998e-32  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0125788 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7962  aminotransferase class I and II  34 
 
 		 365 aa  140  3.9999999999999997e-32  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1970  LL-diaminopimelate aminotransferase  28.73 
 
 		 388 aa  140  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0420706  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2812  N-succinyldiaminopimelate aminotransferase  32.84 
 
 		 382 aa  139  1e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3893  aminotransferase class I and II  32.15 
 
 		 396 aa  138  2e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3830  succinyldiaminopimelate aminotransferase  31.86 
 
 		 383 aa  137  4e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1431  LL-diaminopimelate aminotransferase  28.39 
 
 		 388 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.379208  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3971  aminotransferase class I and II  31.86 
 
 		 396 aa  136  9.999999999999999e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.661843  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>