More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3509 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3416  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding  60.54 
 
 		 656 aa  815    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5715  putative long-chain-fatty-acid-CoA ligase  60.47 
 
 		 642 aa  769    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.159052  normal  0.670212 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4572  AMP-dependent synthetase and ligase  61.32 
 
 		 643 aa  774    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2308  AMP-dependent synthetase and ligase  65.37 
 
 		 657 aa  791    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0111013 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0297  AMP-dependent synthetase and ligase  64.96 
 
 		 643 aa  800    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179639  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3136  AMP-dependent synthetase and ligase  61.37 
 
 		 654 aa  822    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.601879 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3509  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 		 655 aa  1320    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1560  AMP-dependent synthetase and ligase  61.76 
 
 		 643 aa  768    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.610668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4176  AMP-dependent synthetase and ligase  62.8 
 
 		 642 aa  792    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1569  AMP-dependent synthetase and ligase  60.75 
 
 		 642 aa  783    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.325884 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2610  AMP-dependent synthetase and ligase  61.59 
 
 		 655 aa  825    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1861  AMP-dependent synthetase and ligase  62.94 
 
 		 650 aa  796    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0661736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1832  AMP-dependent synthetase and ligase  60.69 
 
 		 655 aa  832    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.551344  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000403  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  61.16 
 
 		 650 aa  832    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.702328  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0623  AMP-dependent synthetase and ligase  47.83 
 
 		 647 aa  605  9.999999999999999e-173  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.431706  normal  0.0874065 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2424  AMP-dependent synthetase and ligase  47.78 
 
 		 649 aa  603  1.0000000000000001e-171  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0545  AMP-dependent synthetase and ligase  47.81 
 
 		 649 aa  590  1e-167  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1597  AMP-dependent synthetase and ligase  46.68 
 
 		 633 aa  556  1e-157  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2282  AMP-dependent synthetase and ligase  46.53 
 
 		 631 aa  557  1e-157  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0136  AMP-dependent synthetase and ligase  45.71 
 
 		 646 aa  552  1e-156  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1543  AMP-dependent synthetase and ligase  44.44 
 
 		 651 aa  516  1.0000000000000001e-145  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00460036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0249  AMP-dependent synthetase and ligase  40.85 
 
 		 655 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.463318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2217  AMP-dependent synthetase and ligase  38.94 
 
 		 653 aa  460  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0048  AMP-dependent synthetase and ligase  40.13 
 
 		 658 aa  461  9.999999999999999e-129  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.760787 
 
 
-
 
NC_002936  DET0946  AMP-binding protein  37.8 
 
 		 630 aa  457  1e-127  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.418296  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_817  AMP-binding protein, long-chain fatty-acid-CoA ligase  37.01 
 
 		 630 aa  454  1.0000000000000001e-126  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0830  AMP-dependent synthetase and ligase  37.32 
 
 		 630 aa  452  1.0000000000000001e-126  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0954  AMP-dependent synthetase and ligase  37.85 
 
 		 653 aa  451  1e-125  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2279  long chain acyl-CoA synthetase  37.69 
 
 		 653 aa  449  1e-125  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3365  AMP-dependent synthetase and ligase  38.5 
 
 		 661 aa  451  1e-125  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.865924  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0260  AMP-dependent synthetase and ligase  40.09 
 
 		 652 aa  444  1e-123  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2725  AMP-dependent synthetase and ligase  39.97 
 
 		 654 aa  442  1e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.171087 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0214  AMP-dependent synthetase and ligase  40.16 
 
 		 654 aa  440  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0373  acyl-CoA synthetase  38.29 
 
 		 656 aa  437  1e-121  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3542  AMP-dependent synthetase and ligase  38.59 
 
 		 648 aa  434  1e-120  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0604  AMP-dependent synthetase and ligase  38.97 
 
 		 648 aa  432  1e-120  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0571131  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0113  AMP-dependent synthetase and ligase  37.1 
 
 		 661 aa  435  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1159  AMP-dependent synthetase and ligase  39.47 
 
 		 645 aa  430  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5006  AMP-dependent synthetase and ligase  39.54 
 
 		 651 aa  429  1e-118  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.604122  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0461  AMP-dependent synthetase and ligase  38.9 
 
 		 644 aa  422  1e-117  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.185625  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0787  AMP-dependent synthetase and ligase  40.56 
 
 		 648 aa  424  1e-117  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.418663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3607  AMP-dependent synthetase and ligase  38.65 
 
 		 648 aa  424  1e-117  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.385801 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0470  AMP-dependent synthetase and ligase  38.9 
 
 		 682 aa  424  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.282335  normal  0.146944 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4012  AMP-dependent synthetase and ligase  37.64 
 
 		 657 aa  413  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3434  AMP-dependent synthetase and ligase  37.66 
 
 		 648 aa  410  1e-113  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00276334 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2441  AMP-dependent synthetase and ligase  40.64 
 
 		 636 aa  408  1.0000000000000001e-112  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5039  AMP-dependent synthetase and ligase  38.75 
 
 		 659 aa  405  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.578261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5287  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 		 648 aa  401  9.999999999999999e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2375  AMP-dependent synthetase and ligase  39.84 
 
 		 634 aa  399  9.999999999999999e-111  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3006  AMP-dependent synthetase and ligase  34.99 
 
 		 607 aa  355  1e-96  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000854556  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2355  AMP-dependent synthetase and ligase  33.83 
 
 		 610 aa  348  2e-94  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.115359  normal  0.295722 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3503  AMP-dependent synthetase and ligase  35.31 
 
 		 618 aa  344  4e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.129901  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0027  AMP-dependent synthetase and ligase  34.32 
 
 		 611 aa  343  5e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4099  AMP-dependent synthetase and ligase  35.07 
 
 		 623 aa  338  1.9999999999999998e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4067  AMP-dependent synthetase and ligase  33.83 
 
 		 603 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.675218  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0406  AMP-dependent synthetase and ligase  35.24 
 
 		 609 aa  337  5e-91  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3837  AMP-dependent synthetase and ligase  34.83 
 
 		 601 aa  328  2.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.427679  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4936  AMP-dependent synthetase and ligase  34 
 
 		 626 aa  324  4e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.457065  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0984  AMP-dependent synthetase and ligase  32.78 
 
 		 606 aa  268  2e-70  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.423354  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0925  AMP-dependent synthetase and ligase  33.11 
 
 		 606 aa  266  8e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0981  AMP-dependent synthetase and ligase  32.78 
 
 		 606 aa  265  2e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4574  AMP-dependent synthetase and ligase  31.07 
 
 		 649 aa  258  2e-67  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3196  AMP-dependent synthetase and ligase  31.3 
 
 		 622 aa  246  9e-64  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0968  AMP-dependent synthetase and ligase  30.79 
 
 		 607 aa  244  3e-63  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.114084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1388  AMP-dependent synthetase and ligase  31.35 
 
 		 602 aa  241  2.9999999999999997e-62  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2886  AMP-dependent synthetase and ligase  30.16 
 
 		 633 aa  239  1e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2093  AMP-dependent synthetase and ligase  30.02 
 
 		 603 aa  236  1.0000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000290316 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4907  AMP-dependent synthetase and ligase  30.31 
 
 		 635 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3256  AMP-dependent synthetase and ligase  30.31 
 
 		 635 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.653152 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2060  AMP-dependent synthetase and ligase  31.71 
 
 		 592 aa  234  6e-60  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_24920  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  29.36 
 
 		 599 aa  233  7.000000000000001e-60  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.485954 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6512  AMP-dependent synthetase and ligase  30.81 
 
 		 635 aa  229  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.583924 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1594  AMP-dependent synthetase and ligase  30.18 
 
 		 617 aa  229  2e-58  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.129447  normal  0.216287 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4679  AMP-dependent synthetase and ligase  28.83 
 
 		 596 aa  227  5.0000000000000005e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.155196  normal  0.22473 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3514  AMP-dependent synthetase and ligase  29.27 
 
 		 612 aa  227  6e-58  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28860  AMP-forming long-chain acyl-CoA synthetase  28.81 
 
 		 612 aa  226  7e-58  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.549892 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2458  AMP-dependent synthetase and ligase  29.79 
 
 		 612 aa  226  8e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1021  AMP-dependent synthetase and ligase  27.6 
 
 		 607 aa  225  2e-57  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.336741 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0626  AMP-dependent synthetase and ligase  28.32 
 
 		 633 aa  224  4e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2125  AMP-dependent synthetase and ligase  28.83 
 
 		 603 aa  224  4.9999999999999996e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00466238  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1590  AMP-dependent synthetase and ligase  26.73 
 
 		 603 aa  223  9e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000942642  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1114  AMP-dependent synthetase and ligase  27.75 
 
 		 596 aa  223  9.999999999999999e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.164574 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1529  AMP-dependent synthetase and ligase  28.69 
 
 		 605 aa  221  5e-56  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.275012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3046  AMP-dependent synthetase and ligase  28.95 
 
 		 607 aa  218  2e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2937  AMP-dependent synthetase and ligase  30.36 
 
 		 610 aa  217  5.9999999999999996e-55  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3729  AMP-dependent synthetase and ligase  27.38 
 
 		 594 aa  216  8e-55  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0072  AMP-dependent synthetase and ligase  27.79 
 
 		 597 aa  216  9.999999999999999e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0314  AMP-dependent synthetase and ligase  28.18 
 
 		 597 aa  216  9.999999999999999e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000490287  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1820  AMP-dependent synthetase and ligase  28.64 
 
 		 604 aa  215  1.9999999999999998e-54  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.591607 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2618  AMP-dependent synthetase and ligase  31.13 
 
 		 610 aa  215  1.9999999999999998e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1523  AMP-dependent synthetase and ligase  26.93 
 
 		 599 aa  214  2.9999999999999995e-54  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1519  AMP-dependent synthetase and ligase  26.75 
 
 		 610 aa  213  5.999999999999999e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.924461  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1953  AMP-dependent synthetase and ligase  31.78 
 
 		 613 aa  213  7e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.163962 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2081  AMP-dependent synthetase and ligase  29.98 
 
 		 598 aa  213  9e-54  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.39737  normal  0.0103069 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1040  AMP-dependent synthetase and ligase  29.58 
 
 		 597 aa  212  1e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.270253  normal  0.341952 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3973  AMP-dependent synthetase and ligase  27.5 
 
 		 597 aa  213  1e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2696  putative long-chain-fatty-acid--CoA ligase  29.71 
 
 		 597 aa  212  2e-53  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2259  AMP-dependent synthetase and ligase  29.04 
 
 		 616 aa  211  2e-53  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.000000572274  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0673  AMP-dependent synthetase and ligase  26.23 
 
 		 602 aa  212  2e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0141445 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1383  AMP-dependent synthetase and ligase  28.04 
 
 		 602 aa  212  2e-53  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.321435  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>