108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3500 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3500  cobalt transport protein CbiM  100 
 
 
211 aa  392  1e-108  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3436  cobalt transport protein CbiM  54.55 
 
 
203 aa  185  5e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.790482  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2022  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  52.28 
 
 
197 aa  182  3e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000920884  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1959  cobalt transport protein CbiM  47.72 
 
 
208 aa  173  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1951  cobalt transport protein CbiM  53.77 
 
 
211 aa  171  6.999999999999999e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.70301  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3140  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  53.33 
 
 
430 aa  171  9e-42  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00188953  normal  0.574819 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3139  cobalt transport protein CbiM  53.03 
 
 
204 aa  170  1e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1190  cobalt transport protein CbiM  48.78 
 
 
204 aa  162  3e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000465772  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3138  cobalt transport protein CbiM  48.31 
 
 
208 aa  158  6e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2093  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  46.19 
 
 
201 aa  144  8.000000000000001e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00179951  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1365  cobalt transport protein CbiM  46.23 
 
 
211 aa  143  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1321  cobalt transport protein CbiM  46.23 
 
 
211 aa  143  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1936  cobalt transport protein CbiM  53.54 
 
 
204 aa  139  3.9999999999999997e-32  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.219318 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0756  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  45.32 
 
 
204 aa  138  4.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.535261  normal  0.785347 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1471  cobalt transport protein CbiM  52.53 
 
 
207 aa  135  5e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.699456  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1133  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  43.72 
 
 
198 aa  132  3.9999999999999996e-30  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.540876 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1346  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  43.15 
 
 
198 aa  132  3.9999999999999996e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0137458  unclonable  0.00000105881 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3207  cobalt transport protein CbiM  48.53 
 
 
205 aa  123  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.268984  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0171  cobalt transport protein CbiM  38.69 
 
 
194 aa  118  7e-26  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2474  cobalt transport protein CbiM  37.31 
 
 
201 aa  117  9.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0543  cobalt transport protein CbiM  41.21 
 
 
193 aa  115  6.9999999999999995e-25  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0557  cobalt transport protein CbiM  38.07 
 
 
195 aa  110  1.0000000000000001e-23  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.583466  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3947  cobalt transport protein CbiM  47.34 
 
 
205 aa  109  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2782  cobalt transport protein CbiM  36.65 
 
 
214 aa  102  3e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.104857  decreased coverage  0.00186647 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2184  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  34.76 
 
 
241 aa  73.6  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00256059 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4182  cobalt transport protein CbiM  34.08 
 
 
251 aa  68.9  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4360  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.81 
 
 
328 aa  68.6  0.00000000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3004  cobalt transport protein CbiM  34.55 
 
 
321 aa  67.4  0.0000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1755  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  36.04 
 
 
306 aa  66.6  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.379762  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0174  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.97 
 
 
326 aa  67  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.801433  normal  0.632766 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1780  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  35.32 
 
 
307 aa  65.5  0.0000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.347196  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1044  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.84 
 
 
246 aa  65.5  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.116161 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3892  cobalt transport protein CbiM  37.44 
 
 
256 aa  65.1  0.0000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.885543 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0882  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  33.33 
 
 
421 aa  64.7  0.0000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1803  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  27.98 
 
 
352 aa  63.5  0.000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000373388  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3808  cobalt transport protein CbiM  34.7 
 
 
245 aa  63.9  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2131  cobalt transport protein CbiM  28.43 
 
 
197 aa  63.2  0.000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0273  cobalt transport protein CbiM  35.12 
 
 
231 aa  60.1  0.00000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.163023  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0330  cobalt transport protein CbiM  33.13 
 
 
325 aa  58.2  0.00000008  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0192  cobalt transport protein CbiM  31.05 
 
 
230 aa  58.2  0.00000009  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0108763  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0512  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  37.58 
 
 
343 aa  57.4  0.0000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.362733  normal  0.21192 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0743  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.1 
 
 
241 aa  57.4  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0772  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.1 
 
 
241 aa  57.4  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0519153  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0681  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  28.44 
 
 
333 aa  56.2  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1351  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  33.78 
 
 
233 aa  55.8  0.0000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.309906  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0062  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.43 
 
 
213 aa  55.1  0.0000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000311798  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1327  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.38 
 
 
229 aa  54.3  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.871033  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1739  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.7 
 
 
204 aa  53.1  0.000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.749284  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0163  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  36.43 
 
 
310 aa  53.1  0.000003  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.118647  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2752  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  28.57 
 
 
354 aa  52.4  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4293  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  34.58 
 
 
230 aa  51.6  0.000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.743699 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1085  hypothetical protein  27.4 
 
 
231 aa  51.6  0.000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1292  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  28.3 
 
 
299 aa  50.8  0.00001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.46518  normal  0.800906 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1480  cobalt transport protein CbiM  28.64 
 
 
213 aa  50.8  0.00002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1638  putative cobalamin biosyntheis protein M  30.34 
 
 
215 aa  50.4  0.00002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.092497  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5179  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  29.72 
 
 
229 aa  50.4  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11090  cobalt transport protein CbiM  36.84 
 
 
339 aa  49.7  0.00003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000340042  normal  0.0123253 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1057  cobalt transport protein CbiM  29.71 
 
 
330 aa  49.3  0.00004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0472  cobalt transport protein CbiM  31.94 
 
 
225 aa  49.7  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2134  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.23 
 
 
261 aa  49.3  0.00004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1959  cobalt transport protein CbiM  28.25 
 
 
226 aa  49.3  0.00004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1766  cobalt transport protein CbiM  29.19 
 
 
212 aa  49.3  0.00005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.386006  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1767  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  27.27 
 
 
219 aa  48.9  0.00005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.113369  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1927  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.11 
 
 
242 aa  48.9  0.00005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0790  cobalt transport protein CbiM  28.04 
 
 
225 aa  48.9  0.00006  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1182  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  30.97 
 
 
331 aa  48.5  0.00008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00505251  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1003  cobalamin biosynthesis protein CbiM  28.3 
 
 
236 aa  48.1  0.00009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1863  cobalt transport protein CbiM  34.21 
 
 
352 aa  47.8  0.0001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.292788  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1558  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  25.82 
 
 
202 aa  47.8  0.0001  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2305  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  41.59 
 
 
210 aa  48.1  0.0001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.707195 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0298  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.53 
 
 
213 aa  47.8  0.0001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.306858  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2567  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.26 
 
 
216 aa  47  0.0002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.29234  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0031  cobalt transport protein CbiM  27.4 
 
 
212 aa  47  0.0002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0137  cobalt transport protein CbiM  28.23 
 
 
212 aa  46.2  0.0004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.0440058 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2621  cobalt transport protein CbiM  28.31 
 
 
214 aa  45.8  0.0004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.78373  normal  0.0472515 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1193  cobalt transport protein CbiM  28.84 
 
 
225 aa  45.8  0.0005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2565  cobalt transport protein CbiM  28.48 
 
 
239 aa  45.1  0.0007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.779557  normal  0.114693 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1073  hypothetical protein  27.06 
 
 
599 aa  45.4  0.0007  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.842265 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1637  cobalt transport protein CbiM  30.82 
 
 
242 aa  45.4  0.0007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  hitchhiker  0.000771093 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0391  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  29.19 
 
 
202 aa  45.4  0.0007  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.026574  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1793  cobalt transport protein CbiM  30.7 
 
 
218 aa  44.3  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.00000000128429  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1370  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  34.57 
 
 
232 aa  44.7  0.001  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.711039  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0097  cobalt transport protein CbiM  28.84 
 
 
225 aa  44.3  0.001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0725  cobalt transport protein CbiM  28.37 
 
 
225 aa  44.7  0.001  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal  0.145999 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1148  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  28.14 
 
 
218 aa  44.3  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00870535  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1279  cobalamin biosynthesis protein CbiM, putative  29.25 
 
 
343 aa  43.9  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0499926  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3205  cobalt transport protein CbiM  25 
 
 
229 aa  44.3  0.002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0519  putative integral membrane protein  31.51 
 
 
235 aa  43.9  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00000288688  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2291  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  28.37 
 
 
235 aa  43.5  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.372139 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1402  cobalt transport protein CbiM  29.58 
 
 
212 aa  43.5  0.002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1116  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.17 
 
 
238 aa  43.5  0.002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1702  cobalamin biosynthesis protein CbiM  25.88 
 
 
231 aa  43.9  0.002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.254913  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1697  cobalt transport protein CbiM  31.63 
 
 
225 aa  43.1  0.003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.30926 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0531  cobalt transport protein CbiM  27.68 
 
 
230 aa  43.1  0.003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1006  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  33.04 
 
 
238 aa  43.5  0.003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.154415  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2769  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  32.09 
 
 
342 aa  43.1  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1805  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  31.37 
 
 
341 aa  42.7  0.004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000000423856  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1450  cobalt transport protein CbiM  29.82 
 
 
226 aa  42.4  0.005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.208192  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0495  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM  45.45 
 
 
210 aa  42.4  0.005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2033  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiM protein  38.46 
 
 
217 aa  42.4  0.005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>