131 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3411 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3411  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 		 97 aa  192  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3859  transcriptional regulator, XRE family  56.99 
 
 		 93 aa  93.2  1e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3174  XRE family transcriptional regulator  52.08 
 
 		 98 aa  84.3  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00826056  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5447  XRE family transcriptional regulator  46.81 
 
 		 103 aa  82.8  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4582  transcriptional regulator, XRE family  47.67 
 
 		 99 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.752323 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1165  toxin-antitoxin system, antitoxin component, Xre family  39.78 
 
 		 94 aa  75.5  0.0000000000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000604987 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0315  XRE family transcriptional regulator  51.28 
 
 		 117 aa  72  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0773865 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0074  hypothetical protein  43.53 
 
 		 94 aa  70.5  0.000000000007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3280  XRE family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 95 aa  69.7  0.00000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.843876 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2243  transcriptional regulator, XRE family  43.37 
 
 		 112 aa  69.7  0.00000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2787  transcriptional regulator, XRE family  52.78 
 
 		 99 aa  70.1  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0364  XRE family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 100 aa  68.9  0.00000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000740846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0834  XRE family transcriptional regulator  39.08 
 
 		 107 aa  66.6  0.0000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.259279 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1138  transcriptional regulator, XRE family  45.56 
 
 		 90 aa  66.2  0.0000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.4972  normal  0.249316 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0117  putative DNA-binding protein  46.84 
 
 		 105 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.197061  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1336  XRE family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 104 aa  65.5  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.40166 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2564  XRE family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 104 aa  65.5  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2735  XRE family transcriptional regulator  42.5 
 
 		 104 aa  65.5  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000363521 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4157  XRE family transcriptional regulator  45.74 
 
 		 95 aa  65.1  0.0000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.555179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0827  XRE family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 116 aa  64.7  0.0000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.551431  normal  0.496549 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0084  XRE family transcriptional regulator  40.23 
 
 		 109 aa  64.3  0.0000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0763  XRE family transcriptional regulator  44.59 
 
 		 91 aa  63.9  0.0000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3276  hypothetical protein  46.05 
 
 		 105 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0870  transcriptional regulator, XRE family  41.03 
 
 		 108 aa  63.5  0.0000000009  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5139  XRE family transcriptional regulator  42.55 
 
 		 95 aa  62.8  0.000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0928  DNA polymerase III delta prime subunit  40.26 
 
 		 90 aa  63.2  0.000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1724  transcriptional regulator, XRE family  36.96 
 
 		 108 aa  63.5  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0593  transcriptional regulator, XRE family  41.03 
 
 		 108 aa  61.6  0.000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0244812  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1361  transcriptional regulator, XRE family  44.59 
 
 		 93 aa  61.2  0.000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0601  transcriptional regulator, XRE family  41.03 
 
 		 108 aa  60.8  0.000000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0723  transcriptional regulator, XRE family  41.86 
 
 		 115 aa  60.8  0.000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000669172 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4023  transcriptional regulator, XRE family  36.99 
 
 		 94 aa  60.5  0.000000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0311  transcriptional regulator  39.13 
 
 		 108 aa  59.7  0.00000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1879  DNA-binding protein  39.13 
 
 		 108 aa  59.7  0.00000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2419  transcriptional regulator, XRE family  40.24 
 
 		 104 aa  59.7  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2042  putative cytochrome c  35.06 
 
 		 90 aa  58.5  0.00000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1829  transcriptional regulator, XRE family  39.77 
 
 		 103 aa  58.2  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1031  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 		 89 aa  56.6  0.0000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000313321  normal  0.707924 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01487  phage N15 gp48-like protein  40.79 
 
 		 94 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.497667  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01498  hypothetical protein  40.79 
 
 		 94 aa  55.5  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.573871  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0658  XRE family transcriptional regulator  44.62 
 
 		 95 aa  55.1  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0874  putative transcriptional regulator, XRE family  40.24 
 
 		 117 aa  52.4  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7086  transcriptional regulator, XRE family  41 
 
 		 119 aa  52.4  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.633613  normal  0.10188 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0889  putative transcriptional regulator, XRE family  44 
 
 		 99 aa  51.6  0.000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3620  transcriptional regulator, XRE family  44 
 
 		 99 aa  52  0.000003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.494695  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2226  transcriptional regulator  52.73 
 
 		 136 aa  51.2  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.782341  normal  0.540615 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4384  transcriptional regulator, XRE family  48.53 
 
 		 108 aa  51.2  0.000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3256  helix-turn-helix domain-containing protein  43.84 
 
 		 136 aa  51.6  0.000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.103023  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2529  transcriptional regulator, XRE family  35.71 
 
 		 93 aa  51.6  0.000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000784971  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0010  DNA-binding protein  39.74 
 
 		 93 aa  50.8  0.000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.235299  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0282  transcriptional regulator, XRE family  38.67 
 
 		 94 aa  50.8  0.000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3540  transcriptional regulator, XRE family  38.67 
 
 		 94 aa  50.8  0.000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3505  transcriptional regulator, XRE family  35.59 
 
 		 97 aa  49.7  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0039  DNA-binding protein  36.71 
 
 		 95 aa  49.7  0.00001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.514774  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0807  helix-turn-helix domain-containing protein  37.33 
 
 		 94 aa  49.3  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1124  XRE family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 105 aa  48.9  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.969354  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0033  transcriptional regulator, XRE family  48.33 
 
 		 169 aa  49.3  0.00002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.400371  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2319  transcriptional regulator, XRE family  31.94 
 
 		 124 aa  49.3  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3179  hypothetical protein  55.77 
 
 		 105 aa  48.1  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.534135  normal  0.837156 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0099  DNA-binding protein  35.44 
 
 		 95 aa  47.8  0.00005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2125  transcriptional regulator, XRE family  36.49 
 
 		 91 aa  47.8  0.00005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1817  DNA-binding protein  35.37 
 
 		 107 aa  47.4  0.00006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.252724  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2220  DNA-binding protein  35.37 
 
 		 107 aa  47.4  0.00006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0402427  normal  0.0285701 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1927  XRE family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 107 aa  47.4  0.00006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1888  XRE family transcriptional regulator  39.19 
 
 		 136 aa  47.4  0.00007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8282  putative transcriptional regulator, XRE family  41.18 
 
 		 92 aa  46.6  0.0001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.145655  normal  0.802866 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1542  hypothetical protein  31.68 
 
 		 102 aa  45.8  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6282  helix-turn-helix domain-containing protein  46.43 
 
 		 366 aa  45.8  0.0002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1462  XRE family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 104 aa  45.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 184 aa  44.7  0.0004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4362  XRE family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 69 aa  45.1  0.0004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3260  transcriptional regulator, XRE family  48.98 
 
 		 513 aa  45.1  0.0004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0795644  normal  0.23679 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1132  XRE family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 157 aa  44.7  0.0005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0744  DNA-binding protein  36.25 
 
 		 95 aa  44.3  0.0006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0511  DNA-binding protein  44.9 
 
 		 210 aa  43.9  0.0007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00239636 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3863  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  44 
 
 		 507 aa  43.5  0.0008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.640494  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11984  transcriptional regulator  36.11 
 
 		 149 aa  43.9  0.0008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0535  transcriptional regulator  29.41 
 
 		 131 aa  43.5  0.001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00965435  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1668  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 256 aa  43.1  0.001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000231765  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0650  XRE family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 91 aa  43.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0275  cupin 2 domain-containing protein  39.44 
 
 		 188 aa  43.5  0.001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000353927  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3858  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  44.44 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.793488  normal  0.0443892 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4149  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  44.44 
 
 		 120 aa  43.1  0.001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00609324  hitchhiker  0.00863395 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0273  XRE family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 176 aa  43.5  0.001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.0000144131  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0791  transcriptional regulator, XRE family  30.23 
 
 		 91 aa  43.5  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0017  transcriptional regulator, XRE family  43.86 
 
 		 134 aa  43.1  0.001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0346  transcriptional regulator of molybdate metabolism, XRE family  38.71 
 
 		 377 aa  42.7  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2363  transcriptional regulator, XRE family  38.71 
 
 		 117 aa  43.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17690  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  36.84 
 
 		 517 aa  42.7  0.002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.356525  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0647  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 		 97 aa  42.7  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.459505 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0285  XRE family transcriptional regulator  45.1 
 
 		 74 aa  42.4  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.17528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1827  XRE family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 252 aa  42.7  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0400601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1891  transcriptional regulator, XRE family  40.98 
 
 		 117 aa  42.4  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  decreased coverage  0.00988673  normal  0.0163804 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0543  helix-turn-helix domain protein  50 
 
 		 96 aa  42.4  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0888  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 67 aa  42.4  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0887  helix-turn-helix DNA binding domain-containing protein  42.59 
 
 		 120 aa  42.4  0.002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1221  XRE family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 119 aa  42.4  0.002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3013  XRE family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 182 aa  42  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6629  putative Phage-related transcriptional regulator  44.9 
 
 		 143 aa  42  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.275503 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1361  EPSP synthase (3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase)  44 
 
 		 516 aa  42  0.003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.419571  normal  0.53858 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>