More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3374 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  100 
 
 		 492 aa  979    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0537  sensory box/GGDEF family protein  36.42 
 
 		 682 aa  177  4e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2182  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.98 
 
 		 305 aa  177  4e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.724323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3843  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.04 
 
 		 407 aa  176  7e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000804532 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  36.19 
 
 		 548 aa  176  9.999999999999999e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1091  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.11 
 
 		 424 aa  172  1e-41  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1205  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.81 
 
 		 307 aa  169  1e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.618681  normal  0.182798 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2588  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  47.34 
 
 		 710 aa  167  5.9999999999999996e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0652312  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.68 
 
 		 769 aa  166  6.9999999999999995e-40  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1656  sensory box/response regulator  37.81 
 
 		 420 aa  166  8e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0164  diguanylate cyclase  33.12 
 
 		 437 aa  166  8e-40  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.890841  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  43.26 
 
 		 722 aa  166  1.0000000000000001e-39  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.02 
 
 		 1000 aa  166  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1917  response regulator receiver /GGDEF/PAS/PAC domain-containing protein  35.97 
 
 		 419 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0589316 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1583  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40 
 
 		 444 aa  164  3e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.185074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1272  diguanylate cyclase  49.44 
 
 		 632 aa  164  4.0000000000000004e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0623275  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2291  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.92 
 
 		 338 aa  162  1e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2333  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.29 
 
 		 578 aa  159  8e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0452  sensory box protein  31.41 
 
 		 451 aa  159  1e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26970  hypothetical protein  43.1 
 
 		 525 aa  157  4e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1156  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.38 
 
 		 469 aa  157  4e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4589  diguanylate cyclase  50.54 
 
 		 409 aa  157  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.365756  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0190  diguanylate cyclase  35.48 
 
 		 329 aa  157  6e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.32 
 
 		 827 aa  156  6e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.7 
 
 		 482 aa  156  9e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1197  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.11 
 
 		 457 aa  155  1e-36  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.72 
 
 		 407 aa  155  2e-36  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2284  hypothetical protein  42.67 
 
 		 525 aa  155  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0619167  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2511  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  36.42 
 
 		 419 aa  154  2.9999999999999998e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2634  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  31.35 
 
 		 843 aa  154  5e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0471  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.44 
 
 		 572 aa  153  7e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.634401  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4119  diguanylate cyclase  52.07 
 
 		 382 aa  152  1e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.898336 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1811  diguanylate cyclase  39.11 
 
 		 1037 aa  152  1e-35  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688838  normal  0.296213 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3442  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  46.77 
 
 		 646 aa  152  2e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0622548  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 308 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0691  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.99 
 
 		 686 aa  151  2e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.343759  normal  0.118762 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.71 
 
 		 308 aa  151  2e-35  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0088  PAS:GGDEF  34.19 
 
 		 335 aa  151  3e-35  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.10869  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6727  diguanylate cyclase  45.35 
 
 		 467 aa  151  3e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3863  diguanylate cyclase  45.51 
 
 		 426 aa  150  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0137114 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1521  diguanylate cyclase  50 
 
 		 237 aa  151  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.281404  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1405  diguanylate cyclase  46.39 
 
 		 464 aa  150  4e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  44.85 
 
 		 350 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0057  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.33 
 
 		 550 aa  150  4e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  48.84 
 
 		 324 aa  150  4e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0304  sensory box/GGDEF domain protein  33.87 
 
 		 332 aa  150  5e-35  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3066  GGDEF domain-containing protein  44.32 
 
 		 466 aa  150  5e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3750  PAS:GGDEF  39.25 
 
 		 721 aa  150  5e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.88 
 
 		 531 aa  150  5e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1551  GGDEF domain-containing protein  44.32 
 
 		 466 aa  150  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1222  GGDEF domain-containing protein  44.32 
 
 		 466 aa  150  5e-35  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0645  GGDEF domain-containing protein  44.32 
 
 		 454 aa  150  5e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1449  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 466 aa  150  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2824  GGDEF domain-containing protein  44.32 
 
 		 628 aa  150  5e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0508  GGDEF domain-containing protein  44.32 
 
 		 454 aa  150  5e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0802  diguanylate cyclase  39.42 
 
 		 321 aa  150  5e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1418  diguanylate cyclase  44.32 
 
 		 466 aa  150  5e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3508  diguanylate cyclase  44.51 
 
 		 638 aa  150  7e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0970585 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0493  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.86 
 
 		 431 aa  150  7e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000431095 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3430  diguanylate cyclase  43.5 
 
 		 513 aa  149  8e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3835  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 316 aa  149  8e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3923  sensory box protein  33.57 
 
 		 297 aa  149  1.0000000000000001e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  39.67 
 
 		 307 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.34 
 
 		 317 aa  149  1.0000000000000001e-34  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3477  diguanylate cyclase  51.48 
 
 		 342 aa  149  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.377939  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  44.26 
 
 		 295 aa  149  1.0000000000000001e-34  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  39 
 
 		 422 aa  148  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  45.25 
 
 		 730 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  39.6 
 
 		 411 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  43.56 
 
 		 364 aa  147  3e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.38 
 
 		 772 aa  147  4.0000000000000006e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.44 
 
 		 901 aa  146  8.000000000000001e-34  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  43.12 
 
 		 411 aa  146  8.000000000000001e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0470  GGDEF  45.14 
 
 		 412 aa  146  9e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.606028 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0231  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37 
 
 		 342 aa  146  9e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  44.86 
 
 		 411 aa  146  9e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 		 322 aa  146  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3092  diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 389 aa  145  1e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  46.82 
 
 		 301 aa  145  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3010  diguanylate cyclase  47.37 
 
 		 382 aa  145  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.359257 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0240  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37 
 
 		 342 aa  145  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1060  diguanylate cyclase  47.73 
 
 		 378 aa  145  2e-33  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0114541  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  44.26 
 
 		 345 aa  145  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0841  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.65 
 
 		 715 aa  144  3e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.101081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1821  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 466 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1715  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.46 
 
 		 791 aa  144  3e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.680174 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.93 
 
 		 301 aa  144  3e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0115  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  43.98 
 
 		 304 aa  144  3e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.113218  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1891  diguanylate cyclase  41.81 
 
 		 466 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.311116  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0476  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  32.97 
 
 		 431 aa  144  5e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3087  diguanylate cyclase  44.19 
 
 		 361 aa  144  5e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1851  diguanylate cyclase  35.61 
 
 		 620 aa  144  5e-33  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3108  diguanylate cyclase  45.41 
 
 		 411 aa  144  5e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1119  diguanylate cyclase  35.86 
 
 		 325 aa  144  5e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.282481  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1149  diguanylate cyclase  37.11 
 
 		 495 aa  143  7e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1371  diguanylate cyclase  37.67 
 
 		 466 aa  143  7e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.385487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1977  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.69 
 
 		 311 aa  143  8e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000486076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1926  diguanylate cyclase  36.74 
 
 		 466 aa  143  9e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.647076  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  37.09 
 
 		 220 aa  143  9e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6176  diguanylate cyclase  36.74 
 
 		 466 aa  143  9e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>