186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3242 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3242  XRE family transcriptional regulator  100 
 
 
149 aa  303  4e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3598  XRE family transcriptional regulator  45.27 
 
 
156 aa  112  2e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  hitchhiker  0.00212083  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3622  XRE family transcriptional regulator  39.42 
 
 
147 aa  102  2e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3775  XRE family transcriptional regulator  42.75 
 
 
210 aa  102  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1388  XRE family transcriptional regulator  41.8 
 
 
119 aa  101  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.346177 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0834  XRE family transcriptional regulator  42.34 
 
 
145 aa  101  4e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.211274  normal  0.760334 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0329  XRE family transcriptional regulator  44.2 
 
 
171 aa  100  8e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.846996  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1232  XRE family transcriptional regulator  42.28 
 
 
126 aa  98.2  4e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.236768  normal  0.265611 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0045  XRE family transcriptional regulator  38.76 
 
 
139 aa  97.8  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  7.42068e-06  hitchhiker  6.14145e-11 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0675  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 
120 aa  97.4  6e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00325967 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0540  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 
120 aa  97.4  6e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1892  XRE family transcriptional regulator  44.26 
 
 
120 aa  97.4  6e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5225  XRE family transcriptional regulator  42.97 
 
 
140 aa  96.3  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3177  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 
142 aa  96.3  1e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0647326  normal  0.0138701 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1909  XRE family transcriptional regulator  39.34 
 
 
123 aa  95.5  2e-19  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0016  transcriptional regulator, XRE family  38.64 
 
 
138 aa  95.9  2e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000711578 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0230  transcriptional regulator, XRE family  44.62 
 
 
137 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.737224  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0021  XRE family transcriptional regulator  36.76 
 
 
161 aa  94.7  4e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6091  transcriptional regulator, XRE family  39.86 
 
 
152 aa  94.7  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2104  transcriptional regulator, XRE family  37.59 
 
 
174 aa  94.7  4e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2775  putative transcriptional regulator  41.94 
 
 
123 aa  94  7e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3923  XRE family transcriptional regulator  37.59 
 
 
140 aa  93.6  9e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.680179  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2071  Cro/CI family transcriptional regulator  37.98 
 
 
137 aa  93.2  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0247654  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2159  Cro/CI family transcriptional regulator  37.98 
 
 
137 aa  93.2  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  unclonable  3.14405e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0443  transcriptional regulator  37.98 
 
 
140 aa  92.4  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  unclonable  5.54716e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3208  transcriptional regulator, XRE family  40.77 
 
 
141 aa  92  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3038  XRE family transcriptional regulator  35.66 
 
 
140 aa  91.7  3e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0014  transcriptional regulator, XRE family  38.64 
 
 
139 aa  91.3  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.881591  normal  0.120221 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0753  XRE family transcriptional regulator  39.53 
 
 
135 aa  90.9  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.057083  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2959  transcriptional regulator, XRE family  37.68 
 
 
141 aa  90.5  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.676432  normal  0.753241 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6504  transcriptional regulator, XRE family  39.86 
 
 
152 aa  89.7  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0237  XRE family transcriptional regulator  36.81 
 
 
139 aa  89.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0447  transcriptional regulator, XRE family  36.81 
 
 
139 aa  89.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0595  XRE family transcriptional regulator  37.41 
 
 
139 aa  89  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.958783  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1502  XRE family transcriptional regulator  40.62 
 
 
136 aa  89.4  2e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.662366  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1815  XRE family transcriptional regulator  38.28 
 
 
137 aa  89.4  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0843474  normal  0.166838 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0473  XRE family transcriptional regulator  36.96 
 
 
138 aa  88.6  3e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.54052 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7198  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 
134 aa  88.6  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0637638 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0026  XRE family transcriptional regulator  40.77 
 
 
144 aa  88.6  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.153059  normal  0.660956 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1248  DNA-binding protein  38.28 
 
 
137 aa  88.2  4e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.821781  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6040  transcriptional regulator, XRE family  35.82 
 
 
134 aa  87  7e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.591688 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0026  XRE family transcriptional regulator  37.14 
 
 
139 aa  87  8e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4834  transcriptional regulator, XRE family  36.03 
 
 
135 aa  86.7  9e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.592449  normal 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3777  XRE family transcriptional regulator  37.69 
 
 
125 aa  87  9e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0019  XRE family transcriptional regulator  35.17 
 
 
139 aa  86.7  1e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0558597 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0051  XRE family transcriptional regulator  35 
 
 
138 aa  85.5  2e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8067  transcriptional regulator  35.38 
 
 
146 aa  85.5  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.262846  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1020  XRE family transcriptional regulator  42.42 
 
 
149 aa  84.7  4e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.638142  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2892  transcriptional regulator, XRE family  36.18 
 
 
166 aa  84  6e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.203012 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2429  XRE family transcriptional regulator  37.32 
 
 
143 aa  84  6e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.214939  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0278  XRE family transcriptional regulator  56.72 
 
 
145 aa  84  7e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2935  XRE family transcriptional regulator  40.77 
 
 
128 aa  83.6  8e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3578  XRE family transcriptional regulator  57.14 
 
 
140 aa  83.6  1e-15  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7073  transcriptional regulator  34.35 
 
 
138 aa  82.4  2e-15  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3522  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 
135 aa  81.3  4e-15  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1061  XRE family transcriptional regulator  34.75 
 
 
155 aa  80.9  5e-15  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.161431  normal  0.803902 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1149  XRE family transcriptional regulator  40 
 
 
120 aa  81.3  5e-15  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.016899  hitchhiker  2.34075e-06 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3398  XRE family transcriptional regulator  37.7 
 
 
180 aa  80.5  7e-15  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2278  XRE family transcriptional regulator  40.3 
 
 
136 aa  80.5  8e-15  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.504941  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0971  transcriptional regulator, XRE family  37.41 
 
 
135 aa  80.1  8e-15  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.508784  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4530  XRE family transcriptional regulator  37.12 
 
 
152 aa  80.1  9e-15  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1041  helix-turn-helix domain-containing protein  37.41 
 
 
142 aa  79.7  1e-14  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0368815 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0230  DNA-binding protein  34.85 
 
 
144 aa  79.7  1e-14  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0592162  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3762  transcriptional regulator, XRE family  36.22 
 
 
135 aa  79.7  1e-14  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.117326  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1168  transcriptional regulator, XRE family  37.41 
 
 
142 aa  80.1  1e-14  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.092853  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0155  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 
135 aa  79.3  2e-14  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9533  transcriptional regulator Cro/CI family  36.3 
 
 
141 aa  79.3  2e-14  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.140693  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3125  XRE family transcriptional regulator  34.75 
 
 
162 aa  77.8  5e-14  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412901  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0066  XRE family transcriptional regulator  34.78 
 
 
146 aa  77.4  6e-14  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0319384  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4795  transcriptional regulator, XRE family  36.15 
 
 
134 aa  76.6  1e-13  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0939257  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2505  XRE family transcriptional regulator  41.96 
 
 
128 aa  75.5  2e-13  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1563  transcriptional regulator, XRE family  38.58 
 
 
135 aa  75.9  2e-13  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0154  helix-turn-helix domain-containing protein  34.04 
 
 
134 aa  75.1  3e-13  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2160  transcriptional regulator, XRE family  33.09 
 
 
134 aa  74.3  5e-13  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.468793  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2456  XRE family transcriptional regulator  33.8 
 
 
134 aa  73.9  8e-13  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.214066  normal  0.20041 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2806  putative transcriptional regulatory protein  33.58 
 
 
131 aa  73.6  1e-12  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1221  XRE family transcriptional regulator  39.13 
 
 
127 aa  69.3  2e-11  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.309245  normal  0.121494 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6073  XRE family transcriptional regulator  47.89 
 
 
148 aa  68.9  2e-11  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0894  transcriptional regulator  29.05 
 
 
215 aa  67.8  5e-11  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5909  transcriptional regulator, XRE family  45.57 
 
 
149 aa  67  8e-11  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.27764  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6290  transcriptional regulator, XRE family  36.23 
 
 
121 aa  65.9  2e-10  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2727  transcriptional regulator, XRE family  31.78 
 
 
133 aa  65.1  3e-10  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0591  XRE family transcriptional regulator  44.3 
 
 
113 aa  65.5  3e-10  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1118  putative transcriptional regulator  29.93 
 
 
213 aa  65.1  3e-10  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4492  XRE family transcriptional regulator  43.59 
 
 
135 aa  64.3  5e-10  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5287  XRE family transcriptional regulator  42.65 
 
 
149 aa  63.9  6e-10  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.511676  normal  0.279945 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4093  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
121 aa  60.8  6e-09  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3608  XRE family transcriptional regulator  40.45 
 
 
130 aa  60.8  6e-09  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3790  XRE family transcriptional regulator  43.94 
 
 
129 aa  60.5  7e-09  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  2.1488e-06 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4413  transcriptional regulator, XRE family  50 
 
 
121 aa  60.5  7e-09  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.465238  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2958  transcriptional regulator HTH family  38.24 
 
 
134 aa  57.8  5e-08  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1458  transcriptional regulator, XRE family  33.33 
 
 
114 aa  57.4  7e-08  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2415  XRE family transcriptional regulator  61.9 
 
 
108 aa  56.6  1e-07  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.747648  normal  0.205429 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5734  XRE family transcriptional regulator  44.44 
 
 
124 aa  56.6  1e-07  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6062  XRE family transcriptional regulator  43.48 
 
 
138 aa  55.1  3e-07  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0378  transcriptional regulator, XRE family  37.97 
 
 
120 aa  51.6  4e-06  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.309443  hitchhiker  0.00198984 
 
 
-
 
NC_002978  WD0508  transcriptional regulator, putative  43.64 
 
 
312 aa  50.4  8e-06  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0255  transcriptional regulator, putative  43.33 
 
 
308 aa  50.1  1e-05  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3505  transcriptional regulator, XRE family  34.18 
 
 
135 aa  48.9  2e-05  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.497351 
 
 
-
 
NC_002978  WD0622  transcriptional regulator, putative  36.84 
 
 
303 aa  48.9  2e-05  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.436499  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>