More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3209 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3209  ribonuclease HII  100 
 
 		 218 aa  422  1e-117  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3007  ribonuclease HII  63.32 
 
 		 224 aa  213  1.9999999999999998e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.654478  normal  0.32816 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0391  ribonuclease H  58.71 
 
 		 199 aa  202  3e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.451839 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2650  ribonuclease HII  55.5 
 
 		 229 aa  187  7e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0963  ribonuclease HII  59.78 
 
 		 198 aa  187  8e-47  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.765501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2102  ribonuclease HII  57.42 
 
 		 210 aa  187  9e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.497942 
 
 
-
 
NC_002978  WD1103  ribonuclease HII  50.5 
 
 		 198 aa  186  2e-46  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0703  ribonuclease H  57.28 
 
 		 269 aa  186  2e-46  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.076303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0120  ribonuclease HII  57.51 
 
 		 212 aa  185  5e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.105458 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1470  ribonuclease HII  57.51 
 
 		 212 aa  185  6e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.281309  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0508  RNase HII  55.02 
 
 		 213 aa  184  1.0000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.261807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0067  ribonuclease HII  56.46 
 
 		 212 aa  180  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.970815 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0173  ribonuclease HII  46.08 
 
 		 209 aa  178  5.999999999999999e-44  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1850  RNase HII  60.64 
 
 		 198 aa  178  5.999999999999999e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.26934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0023  ribonuclease HII  55.96 
 
 		 206 aa  177  9e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0404773  normal  0.332013 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1166  ribonuclease HII  51.46 
 
 		 206 aa  177  1e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1237  ribonuclease HII  57.37 
 
 		 209 aa  176  2e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2571  ribonuclease HII  57.37 
 
 		 209 aa  176  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.480513  normal  0.0641 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0154  RNase HII  54.89 
 
 		 198 aa  176  3e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.142664  hitchhiker  0.0000294513 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4574  ribonuclease H  55.05 
 
 		 202 aa  174  9.999999999999999e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.690757 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0554  Ribonuclease H  53.17 
 
 		 214 aa  174  9.999999999999999e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.14554 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1368  Ribonuclease H  55.1 
 
 		 216 aa  174  9.999999999999999e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1837  ribonuclease HII  53.85 
 
 		 240 aa  173  1.9999999999999998e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0298  ribonuclease HII  50 
 
 		 217 aa  172  2.9999999999999996e-42  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2022  ribonuclease H  52.88 
 
 		 201 aa  171  6.999999999999999e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1175  Ribonuclease H  54.21 
 
 		 202 aa  171  7.999999999999999e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1096  Ribonuclease H  47.34 
 
 		 277 aa  171  9e-42  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0149417  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1867  ribonuclease HII  52.28 
 
 		 218 aa  168  4e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0144978  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17230  ribonuclease HII  54.26 
 
 		 201 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2192  RNase HII  50.47 
 
 		 218 aa  168  6e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1497  ribonuclease HII  54.26 
 
 		 201 aa  167  9e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2613  ribonuclease HII  53.09 
 
 		 240 aa  167  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.750571  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0268  ribonuclease HII  52.13 
 
 		 198 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.443462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0252  ribonuclease HII  52.13 
 
 		 198 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.553168 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0271  ribonuclease HII  52.13 
 
 		 198 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.259033  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0252  ribonuclease HII  52.13 
 
 		 198 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.653457 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0256  ribonuclease HII  52.13 
 
 		 198 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2871  ribonuclease HII  49.23 
 
 		 203 aa  166  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.035191  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1115  ribonuclease HII  51.52 
 
 		 213 aa  166  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0946  ribonuclease HII  47.29 
 
 		 209 aa  166  2e-40  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.630405  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0667  ribonuclease H  51.6 
 
 		 221 aa  166  2.9999999999999998e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.368068  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1282  ribonuclease HII  48.76 
 
 		 225 aa  166  2.9999999999999998e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.000227459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4366  ribonuclease HII  51.49 
 
 		 230 aa  166  2.9999999999999998e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38850  ribonuclease HII  53.09 
 
 		 207 aa  166  2.9999999999999998e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.234048  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00181  ribonuclease HII  52.13 
 
 		 198 aa  165  4e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0135226  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00180  hypothetical protein  52.13 
 
 		 198 aa  165  4e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.010735  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3477  ribonuclease HII  52.13 
 
 		 198 aa  165  4e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000111932  normal  0.110141 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1696  ribonuclease HII  52.11 
 
 		 248 aa  165  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.915201  normal  0.585229 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4934  ribonuclease HII  50.93 
 
 		 235 aa  165  5.9999999999999996e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.207973  normal  0.116655 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0194  ribonuclease HII  52.13 
 
 		 198 aa  164  8e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00608058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0038  ribonuclease HII  49.24 
 
 		 205 aa  164  8e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3776  ribonuclease HII  51.85 
 
 		 197 aa  164  9e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0312514  hitchhiker  0.00441554 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3420  Ribonuclease H  52.13 
 
 		 198 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00118566  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0176  ribonuclease HII  52.13 
 
 		 198 aa  164  1.0000000000000001e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0723713  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0185  ribonuclease HII  52.13 
 
 		 198 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000292767  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0187  ribonuclease HII  52.13 
 
 		 198 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000269157  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0193  ribonuclease HII  52.13 
 
 		 198 aa  164  1.0000000000000001e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.614653  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1418  ribonuclease HII  50.24 
 
 		 236 aa  163  2.0000000000000002e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.222636  normal  0.0561712 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0955  ribonuclease HII  51.6 
 
 		 198 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0144418  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0920  ribonuclease HII  46.88 
 
 		 255 aa  163  2.0000000000000002e-39  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3151  ribonuclease HII  51.6 
 
 		 198 aa  163  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0033757  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1449  ribonuclease HII  48.53 
 
 		 226 aa  162  3e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000143368  normal  0.271939 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2441  ribonuclease HII  50.53 
 
 		 248 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0813221  normal  0.0206101 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2343  ribonuclease HII  53.26 
 
 		 292 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.391883 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4068  ribonuclease HII  53.48 
 
 		 207 aa  162  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0312759 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2966  ribonuclease HII  50.53 
 
 		 198 aa  161  6e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.208356  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0879  ribonuclease HII  51.65 
 
 		 215 aa  161  7e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00106841 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1772  ribonuclease HII  51.58 
 
 		 208 aa  161  7e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0435907 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0921  ribonuclease H  49.25 
 
 		 210 aa  161  7e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952016  normal  0.218653 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0765  ribonuclease HII  47.37 
 
 		 253 aa  161  7e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.587559  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3346  ribonuclease HII  51.6 
 
 		 198 aa  161  8.000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.114641  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0011  ribonuclease HII  54.59 
 
 		 208 aa  160  9e-39  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00000000150276  normal  0.177364 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1702  ribonuclease HII  43.65 
 
 		 242 aa  160  1e-38  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.778683  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1160  ribonuclease HII  53.48 
 
 		 207 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.392772  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1356  ribonuclease HII  52.38 
 
 		 232 aa  160  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2041  ribonuclease HII  54.45 
 
 		 214 aa  159  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00000010241  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2002  ribonuclease HII  53.57 
 
 		 207 aa  160  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0516  ribonuclease HII  48.04 
 
 		 229 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.337743  normal  0.991257 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1271  ribonuclease HII  52.13 
 
 		 210 aa  159  3e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.329181  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1756  ribonuclease HII  53.93 
 
 		 196 aa  159  3e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.384083  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0560  ribonuclease HII  48.53 
 
 		 229 aa  159  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1292  ribonuclease HII  51.85 
 
 		 232 aa  159  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.060784  normal  0.581124 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2568  ribonuclease HII  53.89 
 
 		 214 aa  159  4e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.446358  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1452  ribonuclease HII  52.63 
 
 		 209 aa  159  4e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.44522 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3054  Ribonuclease H  48.35 
 
 		 197 aa  158  5e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1548  ribonuclease HII  52.94 
 
 		 217 aa  158  6e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0639  ribonuclease H  58.88 
 
 		 199 aa  158  6e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.000711247  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1357  ribonuclease HII  46.04 
 
 		 211 aa  158  6e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2534  ribonuclease H  48.69 
 
 		 227 aa  158  6e-38  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1313  ribonuclease HII  53.89 
 
 		 214 aa  158  7e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00162066  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3270  ribonuclease HII  53.89 
 
 		 214 aa  158  7e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000737319  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1541  ribonuclease HII  53.89 
 
 		 214 aa  158  7e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0283248  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2041  ribonuclease HII  53.89 
 
 		 214 aa  158  7e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00230414  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2836  ribonuclease HII  50.25 
 
 		 218 aa  158  7e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2621  ribonuclease HII  48 
 
 		 208 aa  158  7e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.322497  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2485  Ribonuclease H  50 
 
 		 198 aa  158  7e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2478  ribonuclease HII  53.89 
 
 		 214 aa  158  7e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0544675  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1357  ribonuclease HII  52.94 
 
 		 218 aa  157  8e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03223  ribonuclease HII  48.15 
 
 		 212 aa  157  8e-38  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1837  ribonuclease HII  47.67 
 
 		 206 aa  157  9e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>