More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3187 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3187  two component transcriptional regulator  100 
 
 		 229 aa  443  1.0000000000000001e-124  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1066  two component transcriptional regulator, winged helix family  61.01 
 
 		 223 aa  281  6.000000000000001e-75  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0917  two component transcriptional regulator, winged helix family  60.55 
 
 		 223 aa  279  3e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.349593 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0894  two component transcriptional regulator  61.11 
 
 		 222 aa  274  1.0000000000000001e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1358  two component response regulator  58.26 
 
 		 224 aa  272  3e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.333715  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3444  two component transcriptional regulator  59.91 
 
 		 220 aa  272  4.0000000000000004e-72  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112849  normal  0.384843 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0801  two component transcriptional regulator  59.91 
 
 		 221 aa  271  7e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0203691 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0630  two component transcriptional regulator  58.26 
 
 		 223 aa  270  1e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0672917  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2066  two component transcriptional regulator  58.11 
 
 		 225 aa  270  1e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2674  two component transcriptional regulator  58.45 
 
 		 230 aa  270  2e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.238816  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0603  DNA-binding response regulator  56.88 
 
 		 229 aa  265  2.9999999999999995e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0434  two component transcriptional regulator, winged helix family  59.83 
 
 		 236 aa  265  5e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.569156 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5130  OmpR/winged helix family two component transcriptional regulator  59.03 
 
 		 223 aa  265  5.999999999999999e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.76336  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3067  two component transcriptional regulator  56.39 
 
 		 224 aa  263  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.43316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2126  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.92 
 
 		 224 aa  263  2e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.245988  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0604  DNA-binding response regulator  56.42 
 
 		 229 aa  261  4e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.121209  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4171  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.14 
 
 		 225 aa  262  4e-69  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3896  two component transcriptional regulator  62.5 
 
 		 226 aa  261  6e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.253425  normal  0.177785 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1997  winged helix family two component transcriptional regulator  57.4 
 
 		 224 aa  259  2e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.981118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4436  two component transcriptional regulator  56.68 
 
 		 227 aa  260  2e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.177006  normal  0.889846 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1685  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.5 
 
 		 225 aa  258  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00118059  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1411  response regulator receiver  54.5 
 
 		 225 aa  258  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1407  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.42 
 
 		 225 aa  258  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.440596  normal  0.126744 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3454  two component transcriptional regulator  56.14 
 
 		 257 aa  258  5.0000000000000005e-68  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.215717 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1187  two component transcriptional regulatory protein  56.5 
 
 		 223 aa  256  1e-67  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0936  two component transcriptional regulator  56.5 
 
 		 225 aa  256  2e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.966492  normal  0.099028 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4988  two component transcriptional regulator  53.6 
 
 		 225 aa  256  3e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000131605 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0928  two component transcriptional regulator  60.71 
 
 		 223 aa  255  4e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3176  two component transcriptional regulator  61.47 
 
 		 223 aa  254  6e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.987704  normal  0.0233237 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1433  two component transcriptional regulator  55.61 
 
 		 223 aa  254  8e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2228  two component transcriptional regulator  59.63 
 
 		 235 aa  250  1e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4326  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  59.26 
 
 		 222 aa  248  4e-65  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0885545 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1830  two component transcriptional regulator  58.33 
 
 		 229 aa  244  6e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.000334727  normal  0.705517 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4311  two component transcriptional regulator  55.09 
 
 		 221 aa  242  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0333339  normal  0.0442497 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4595  two component transcriptional regulator, winged helix family  56.56 
 
 		 224 aa  241  7e-63  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4083  two component transcriptional regulator  59.26 
 
 		 223 aa  240  1e-62  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.193454 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5099  two component transcriptional regulator  58.11 
 
 		 223 aa  240  1e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.620422  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0428  transcriptional regulator FeuP  52.78 
 
 		 221 aa  239  2e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.461578  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3431  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.85 
 
 		 223 aa  239  2.9999999999999997e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.866455  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6194  two component transcriptional regulator, winged helix family  54.5 
 
 		 222 aa  237  1e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4482  two component transcriptional regulator, winged helix family  57.01 
 
 		 221 aa  236  2e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.273549  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4114  response regulator receiver  57.01 
 
 		 221 aa  236  2e-61  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1884  two component transcriptional regulator  56.54 
 
 		 222 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0239131 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1311  two component transcriptional regulator  55.09 
 
 		 220 aa  231  8.000000000000001e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.821017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1585  two component transcriptional regulator  54.63 
 
 		 220 aa  228  5e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.346975  normal  0.0159834 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3779  two component transcriptional regulator  58.3 
 
 		 224 aa  225  5.0000000000000005e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0761961  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3765  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.29 
 
 		 219 aa  225  5.0000000000000005e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.757734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02297  response regulator in two-component regulatory system with PhoQ  49.77 
 
 		 224 aa  224  6e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5125  two component response regulator  50.92 
 
 		 222 aa  223  3e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2615  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.22 
 
 		 229 aa  222  4e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.507206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1039  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.78 
 
 		 222 aa  221  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232578  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5304  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.93 
 
 		 221 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2065  two component transcriptional regulator  51.13 
 
 		 221 aa  219  3e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0454664 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3060  two component transcriptional regulator  52.25 
 
 		 223 aa  219  3.9999999999999997e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5573  two component transcriptional regulator  51.4 
 
 		 221 aa  218  5e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.106335 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4694  two component transcriptional regulator  50.47 
 
 		 221 aa  218  7e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.73278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0630  two component transcriptional regulator  53.36 
 
 		 223 aa  217  1e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000549408  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0229  two component transcriptional regulator, winged helix family  49.13 
 
 		 227 aa  217  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.069189  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2695  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 226 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000581772  normal  0.101861 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2840  two component transcriptional regulator  49.33 
 
 		 226 aa  215  4e-55  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1842  response regulator receiver protein  50 
 
 		 227 aa  215  5e-55  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1773  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 227 aa  215  5e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.894508  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4404  winged helix family two component transcriptional regulator  49.09 
 
 		 221 aa  215  5e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.656013  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1885  two component transcriptional regulator  48.6 
 
 		 221 aa  215  5e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2283  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.25 
 
 		 222 aa  214  9e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02658  hypothetical protein  47.49 
 
 		 219 aa  212  3.9999999999999995e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003784  two-component system response regulator QseB  46.12 
 
 		 219 aa  210  1e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000147394  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4647  DNA-binding response regulator  47.83 
 
 		 231 aa  209  2e-53  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02836  two-component system regulatory protein (response regulator) required for AvrXa21 activity R2 (raxR2)  49.54 
 
 		 223 aa  209  2e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4932  two component transcriptional regulator  48.13 
 
 		 221 aa  209  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.202515 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1995  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 222 aa  208  6e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.21218 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1787  two component transcriptional regulator  50.7 
 
 		 222 aa  207  1e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.132601  normal  0.0795693 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1979  putative transcriptional regulator  45.66 
 
 		 219 aa  207  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2347  winged helix family two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 222 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302018 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3353  response regulator receiver domain-containing protein  45.98 
 
 		 225 aa  207  2e-52  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.000000000371413  normal  0.100473 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1947  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 222 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.421076  normal  0.0119241 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3349  two component transcriptional regulator  50.23 
 
 		 222 aa  206  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1956  two component transcriptional regulator  50.45 
 
 		 223 aa  206  3e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000121146  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1264  response regulator receiver  45.18 
 
 		 243 aa  206  3e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000227049  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1026  two component transcriptional regulator  46.88 
 
 		 224 aa  206  4e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000442073 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29730  putative two-component response regulator  49.1 
 
 		 223 aa  205  4e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1244  DNA-binding response regulator  45.21 
 
 		 219 aa  205  6e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000551267  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3156  two component transcriptional regulator  48.17 
 
 		 220 aa  204  8e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0570697 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3246  two component transcriptional regulator  47.73 
 
 		 231 aa  204  8e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000050319  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0312  two component transcriptional regulator  50 
 
 		 221 aa  204  8e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2543  putative two-component response regulator  50 
 
 		 223 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0177943  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0282  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  48.18 
 
 		 230 aa  204  1e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0932199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3511  two component transcriptional regulator  48.17 
 
 		 220 aa  204  1e-51  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.346117  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1132  two component transcriptional regulator, winged helix family protein  45 
 
 		 227 aa  203  1e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.12057  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3381  DNA-binding response regulator  49.3 
 
 		 222 aa  202  4e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.060909  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3852  two component transcriptional regulator  47.06 
 
 		 231 aa  201  6e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.15775  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3212  response regulator receiver:transcriptional regulatory protein, C-terminal  48.85 
 
 		 222 aa  201  7e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.326214 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3817  two component transcriptional regulator  46.72 
 
 		 227 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.00000444115  decreased coverage  0.00121668 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3908  two component transcriptional regulator  46.72 
 
 		 227 aa  200  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000011766  normal  0.487109 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1388  transcriptional regulatory protein PhoP  47.73 
 
 		 224 aa  200  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3772  two component transcriptional regulator  47.77 
 
 		 222 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.701851  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0588  two component transcriptional regulator, winged helix family  51.63 
 
 		 220 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28580  Response regulator  48.85 
 
 		 221 aa  199  3e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2935  two component transcriptional regulator  49.03 
 
 		 229 aa  199  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000047512  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4025  two component transcriptional regulator  46.72 
 
 		 227 aa  199  3e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>