More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3135 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3135  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  100 
 
 
404 aa  784    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0167539  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1392  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  52.84 
 
 
415 aa  389  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0214918  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3805  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  52.01 
 
 
404 aa  387  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1957  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.63 
 
 
410 aa  384  1e-105  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.47769  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0126  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.38 
 
 
411 aa  378  1e-103  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0421  putative Orn/DAP/Arg decarboxylase  50.62 
 
 
402 aa  374  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4274  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  49.48 
 
 
402 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000282467 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7006  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  50.5 
 
 
408 aa  371  1e-101  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0015439 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2669  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  47.38 
 
 
410 aa  370  1e-101  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.499942  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0136  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  47.63 
 
 
402 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2435  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  49.88 
 
 
412 aa  360  3e-98  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2528  pyridoxal-dependent decarboxylase, exosortase system type 1 associated  48.99 
 
 
416 aa  358  9.999999999999999e-98  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0397628 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1565  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.23 
 
 
411 aa  357  2.9999999999999997e-97  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0700  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.64 
 
 
414 aa  345  6e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2337  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  46.9 
 
 
408 aa  323  2e-87  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1929  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  48.88 
 
 
409 aa  313  3.9999999999999997e-84  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4030  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  44.42 
 
 
413 aa  299  8e-80  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.157056  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1835  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.74 
 
 
430 aa  277  2e-73  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.59311  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2019  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.16 
 
 
419 aa  241  2e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.225254 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3620  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.9 
 
 
429 aa  237  3e-61  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0244678 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3734  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.45 
 
 
428 aa  236  8e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3425  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.95 
 
 
431 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.569361  normal  0.792047 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2511  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.78 
 
 
416 aa  231  1e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1290  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  39.39 
 
 
414 aa  217  4e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0486  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.23 
 
 
417 aa  207  2e-52  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.252649  normal  0.657753 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3879  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  37.3 
 
 
508 aa  198  2.0000000000000003e-49  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00597643  normal  0.0295865 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0113  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.75 
 
 
442 aa  193  5e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0528354  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3255  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.63 
 
 
415 aa  187  4e-46  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0098  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.13 
 
 
440 aa  182  7e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2078  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  40.16 
 
 
428 aa  178  2e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.192664  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3140  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.51 
 
 
392 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4867  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.49 
 
 
373 aa  162  8.000000000000001e-39  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00155396  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0681  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.81 
 
 
416 aa  162  1e-38  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  34.22 
 
 
397 aa  161  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.585964  normal  0.770001 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3096  diaminopimelate decarboxylase  35.41 
 
 
394 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.294938  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2585  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2:Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  32.98 
 
 
402 aa  155  1e-36  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.126508  decreased coverage  0.000677908 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1275  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.72 
 
 
421 aa  154  2.9999999999999998e-36  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.548043  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001062  vibrioferrin decarboxylase protein PvsE  30.16 
 
 
400 aa  150  3e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0114  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.19 
 
 
400 aa  149  7e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0110  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  28.19 
 
 
400 aa  149  7e-35  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0318  diaminopimelate decarboxylase  33.33 
 
 
394 aa  148  2.0000000000000003e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.833211 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0584  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  29.09 
 
 
405 aa  147  4.0000000000000006e-34  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000391397  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2972  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.08 
 
 
362 aa  145  9e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.980745 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3058  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.42 
 
 
418 aa  145  1e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.700588  hitchhiker  0.00347473 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8366  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  35.64 
 
 
392 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2676  Diaminopimelate decarboxylase  31.95 
 
 
418 aa  143  4e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.438266  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0038  diaminopimelate decarboxylase  30.43 
 
 
429 aa  143  5e-33  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3735  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.07 
 
 
388 aa  142  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0413562  normal  0.130406 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0336  diaminopimelate decarboxylase  28.11 
 
 
402 aa  140  4.999999999999999e-32  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4782  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  33.16 
 
 
408 aa  140  4.999999999999999e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.49913  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01927  diaminopimelate decarboxylase  33.69 
 
 
398 aa  137  2e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1651  diaminopimelate decarboxylase  27.72 
 
 
402 aa  137  3.0000000000000003e-31  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.0000231454  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0359  diaminopimelate decarboxylase  27.84 
 
 
402 aa  136  6.0000000000000005e-31  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.604138  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00881  diaminopimelate decarboxylase protein  31.68 
 
 
413 aa  136  7.000000000000001e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0145136  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2097  diaminopimelate decarboxylase  30.05 
 
 
430 aa  136  8e-31  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.579458  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6954  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  31.75 
 
 
403 aa  134  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.160275  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1665  diaminopimelate decarboxylase  28.5 
 
 
399 aa  130  5.0000000000000004e-29  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1916  diaminopimelate decarboxylase  30.68 
 
 
430 aa  129  7.000000000000001e-29  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09300  diaminopimelate decarboxylase  34.55 
 
 
396 aa  128  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.000620759  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2967  diaminopimelate decarboxylase  28.95 
 
 
409 aa  126  7e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0468  diaminopimelate decarboxylase  28.53 
 
 
403 aa  125  1e-27  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0634  diaminopimelate decarboxylase  28.61 
 
 
433 aa  125  1e-27  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0717  diaminopimelate decarboxylase  31.1 
 
 
402 aa  124  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0591874 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0271  diaminopimelate decarboxylase  28.53 
 
 
403 aa  124  3e-27  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.760215  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1775  diaminopimelate decarboxylase  29.68 
 
 
447 aa  124  4e-27  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4145  diaminopimelate decarboxylase  30.26 
 
 
417 aa  124  4e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0554  diaminopimelate decarboxylase  29.49 
 
 
419 aa  122  8e-27  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1034  diaminopimelate decarboxylase  31.4 
 
 
448 aa  122  9.999999999999999e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1629  diaminopimelate decarboxylase  31.03 
 
 
459 aa  122  9.999999999999999e-27  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.46186  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3213  diaminopimelate decarboxylase  32.32 
 
 
432 aa  121  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.399743 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1362  diaminopimelate decarboxylase  28.38 
 
 
401 aa  119  9e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.884156  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0997  diaminopimelate decarboxylase  30.38 
 
 
421 aa  119  9e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.877632  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4395  decarboxylase domain-containing protein  45.22 
 
 
171 aa  119  9.999999999999999e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4053  diaminopimelate decarboxylase  33.61 
 
 
484 aa  119  9.999999999999999e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1588  diaminopimelate decarboxylase  28.27 
 
 
407 aa  118  1.9999999999999998e-25  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1978  diaminopimelate decarboxylase  28.06 
 
 
415 aa  118  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00280212  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4055  diaminopimelate decarboxylase  30.03 
 
 
417 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2420  diaminopimelate decarboxylase  29.54 
 
 
417 aa  117  3e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.04804e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4218  diaminopimelate decarboxylase  30.77 
 
 
427 aa  117  3.9999999999999997e-25  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.15741  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0523  diaminopimelate decarboxylase  28.53 
 
 
402 aa  117  5e-25  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2942  diaminopimelate decarboxylase  28.02 
 
 
430 aa  116  6e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000269013  normal  0.385916 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4193  diaminopimelate decarboxylase  30.92 
 
 
427 aa  115  1.0000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2534  diaminopimelate decarboxylase  26.77 
 
 
416 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.73799  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1983  diaminopimelate decarboxylase  28.95 
 
 
421 aa  115  2.0000000000000002e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1908  diaminopimelate decarboxylase  28.95 
 
 
421 aa  115  2.0000000000000002e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2159  diaminopimelate decarboxylase  25.86 
 
 
407 aa  115  2.0000000000000002e-24  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0262  diaminopimelate decarboxylase  30.56 
 
 
464 aa  115  2.0000000000000002e-24  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0720  diaminopimelate decarboxylase  29.85 
 
 
429 aa  115  2.0000000000000002e-24  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  hitchhiker  0.00473762  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0233  diaminopimelate decarboxylase  28.8 
 
 
417 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.601671  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1724  diaminopimelate decarboxylase  29.57 
 
 
435 aa  114  3e-24  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0729  diaminopimelate decarboxylase  30.71 
 
 
421 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0214  diaminopimelate decarboxylase  26.49 
 
 
401 aa  114  3e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0693  diaminopimelate decarboxylase  27.01 
 
 
417 aa  114  3e-24  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0357164  unclonable  3.07983e-19 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1588  diaminopimelate decarboxylase  29.24 
 
 
410 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.220702 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4070  diaminopimelate decarboxylase  30.29 
 
 
427 aa  114  4.0000000000000004e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2384  diaminopimelate decarboxylase  30.38 
 
 
421 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.193755  normal  0.99015 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0976  diaminopimelate decarboxylase  29.52 
 
 
416 aa  113  5e-24  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.351187  normal  0.117285 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1301  diaminopimelate decarboxylase  26.42 
 
 
412 aa  113  5e-24  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0790  diaminopimelate decarboxylase  31.56 
 
 
385 aa  113  6e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.867864 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1495  Orn/DAP/Arg decarboxylase 2  30.85 
 
 
401 aa  113  6e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>